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Statistical identification of epidemics for rare events point processes. A case of listeriosis in Lombardy
The aim of this work is to present a MP test for extreme monotone randomized models. In particular it tests whether the extreme event of a sample comes from the same distribution as the other data. The application we present concerns the detection of epidemics of listeriosis in Lombardy from 2005 to 2011
Sorveglianza della listeriosi in Lombardia 2011-2016: pattern epidemiologici e identificazione di cluster mediante genotipizzazione degli isolati di Listeria monocytogenes
INTRODUZIONE
La listeriosi è considerata una delle più importanti malattie infettive a trasmissione alimentare, per la gravità della sintomatologia e per gli elevati tassi di ospedalizzazione e letalità. Negli ultimi decenni, nei Paesi industrializzati, il maggior consumo di prodotti ready-to-eat e la produzione di alimenti con lunga shelf-life hanno portato a un incremento dell’incidenza di questa patologia.
MATERIALI E METODI
Gli stipiti di Listeria monocytogenes isolati da casi di listeriosi invasiva verificatisi in Lombardia nel periodo gennaio 2011-giugno 2016 e collezionati presso il laboratorio enterobatteri universitario (N=232) sono stati caratterizzati mediante elettroforesi a campo pulsato (PFGE), in accordo con il protocollo standardizzato PulseNet, e a cluster-analysis mediante il software InfoQuest (BioRad).
RISULTATI
L’analisi molecolare ha evidenziato che l’81,5% degli stipiti è raggruppabile in 23 cluster, di cui due (cluster 8 e 15) protratti nel tempo ed estesi su tutta l’area lombarda. Lo studio, in associazione all’indagine spazio-temporale, ha permesso di individuare 9 gruppi di isolati con profilo molecolare identico, insorti in un arco di tempo e in un’area geografica circoscritta, rappresentando di conseguenza potenziali focolai epidemici.
DISCUSSIONE E CONCLUSIONI
L’individuazione di cluster di grandi dimensioni e con un’ampia estensione temporale confermano la tendenza di Listeria monocytogenes a contaminare in maniera persistente le filiere alimentari. Ne deriva che gli eventi epidemici risultano di difficile individuazione, non potendo escludere che anche i casi apparentemente isolati siano in realtà parte di cluster non identificati. La cluster-analysis si è rivelata un importante supporto alle attività di sorveglianza volte ad individuare focolai di infezione e a determinarne la catena di contagio
Identificazione dei cluster degli isolati di Listeria monocytogenes rilevati in Lombardia nel periodo 2011-2016, per la ricostruzione dei focolai epidemici
INTRODUZIONE Negli ultimi decenni, nel mondo occidentale, il maggior consumo di prodotti ready-to-eat e la produzione di alimenti con lunga shelf-life hanno portato a un incremento dell’incidenza della listeriosi invasiva, patologia considerata atipica per le sue peculiari caratteristiche di invasività e severità clinica, gravata da una letalità pari al 20-30%.
METODI Gli stipiti di Listeria monocytogenes isolati da casi di listeriosi invasiva verificatisi in Lombardia nel periodo 2011-giugno 2016 e collezionati presso il Laboratorio enterobatteri universitario (N=232) sono stati caratterizzati mediante elettroforesi a campo pulsato (PFGE), in accordo con il protocollo standardizzato PulseNet, e a cluster-analysis mediante il software InfoQuest (BioRad).
RISULTATI L’analisi molecolare ha evidenziato che l’81,5% degli stipiti è raggruppabile in 23 cluster, di cui due (cluster 8 e 15) protratti nel tempo ed estesi su tutta l’area lombarda (Figura 1). Lo studio, in associazione all’indagine spazio-temporale, ha permesso di individuare 9 gruppi di isolati con profilo molecolare identico, insorti in un arco di tempo e in un’area geografica circoscritta, rappresentando di conseguenza potenziali focolai epidemici (Tabella 1).
CONCLUSIONI L’individuazione di cluster di grandi dimensioni e con un’ampia estensione temporale confermano la tendenza di Listeria monocytogenes a contaminare in maniera persistente le filiere alimentari, portando all’insorgenza di casi di infezione in diverse aree geografiche e in lassi di tempo prolungati, complicando la ricostruzione dei focolai epidemici. La cluster analysis, assieme all’individuazione tempestiva degli alimenti coinvolti nei focolai epidemici, rappresentano strumenti essenziali per inattivare la via di trasmissione del patogeno
A randomized most powerful test to detect a cheater's action. Applicaton to identification of listeriosis in Lombardy
This article presents a new randomized non-parametric test based on a sample of independent but not identically distributed variables; this test detects if a cheater replaces one of the distributions of the sample with a convex-dominating one. The presented test is the uniformely most powerful, in the sense that it is the most powerful for any change of the cheater. We show that this test may be applied when we have variables with distribution satisfying the monotone likelihood ratio property and we need to check whether a parameter of a variable has been changed. The application we present concerns the detection of epidemics of listeriosis in Lombardy from 2005 to 2011
Igiene e sanità Pubblica : Educazione sanitaria, strategie educative e preventive per il paziente e la comunità
Antimicrobial resistance of Listeria monocytogenes strains isolated from humans in Northern Italy
Background: Listeria monocytogenes rarely develops acquired resistance to antibiotics. However, some studies have recently reported an increased rate of resistance to one or several clinically relevant antibiotics in environmental isolates and less frequently in clinical strains. This probably remains a marginal phenomenon for clinical strains, although only a limited number of studies have focused on the evaluation of antimicrobial resistance in Listeria.
The objective of this study was to investigate the antimicrobial susceptibility of L. monocytogenes strains isolated from humans in Northern Italy.
Materials: A total of 61 clinical strains of L. monocytogenes identified in Lombardy region during the years 2012-2013 were studied. All strains were tested with the disk diffusion method as recommended by European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST). Molecular subtyping were performed by Pulsed-Field Gel Electropheresis (PFGE) according to the PulseNet protocol with AscI and ApaI enzymes to detect clusters and support epidemiological investigations.
Results: All 61 human L. monocytogenes strains were found to be susceptible to penicillin G (1 unit), ampicillin (2 μg) and meropenem (10 μg), while resistance to trimethoprim-sulfamethoxazole (1.25-23.75 μg) and erythromycin (15 μg) were found in 11 (18%) and 6 (9.8%) clinical strains according to EUCAST breakpoint. Twenty-one PFGE pulsotypes and seven clusters with homology over 80% were recognized, but no correlation was observed between L. monocytogenes molecular type and resistance to trimethoprim-sulfamethoxazole and/or erythromycin. Finally, only one of the seven clusters shows a PFGE homology of 100% and a complete overlap with the drug susceptibility pattern.
Conclusion: Our findings reveal an increased rate of resistance compared to the previous study in the same geographical area (Madeo et al., 2014). Despite the low prevalence of antimicrobial resistance presently observed in human strains of L. monocytogenes isolated in Northern Italy, the emergence of resistant strains worldwide underlines the need for a continuous surveillance for this pathogen. Moreover, new susceptibility data for human strains of L. monocytogenes can provide useful information for epidemiological and public health purposes
Public food service in Milan city and Hinterland: GMP application (Part 1)
Food service establishments are recognized as a critical sector concerning foodborne diseases occurrence, that is associated to contributing factors such as the anticipated preparation of meals that are often highly handled, and long-time distributed. A survey has been planned to evaluate the application of HACCP plan, in order to select a statistically representative sample of food services (restaurant, pizza-shop, bar, ..) in two Milan area' Public Health Units (PHU). During the inspections a proper check-list has been filled up in order to give a conformity evaluation about the global situation and about three specific sections: hygiene of food-handlers, procedures control, temperatures management. The food services have been found satisfactory in 9/106 and 5/54 cases in Milan City and in hinterland, respectively; among the two areas, highly significant differences have been revealed about temperatures management (68% and 28% unsatisfactory, respectively). In Milan City restaurants provided with HACCP plan scores are significantly different from unprovided restaurants scores (global and the three sections' evaluation); in Milan hinterland differences between provided and unprovided HACCP plan restaurants regard temperature management scores only. Useful suggestions to improve the quality of surveillance activity come from complex and heterogeneous findings shown in this study
Salmonellosi non tifoidee: l’anomala distribuzione dei sierotipi in Lombardia
Introduzione. Tra i sierotipi agenti di salmonellosi non tifoidea (SNT) in Europa, S. Enteritidis rappresenta il primo in ordine di frequenza (39.5%, report EFSA/ECDC 2014), mentre in Italia i dati Enter-Net evidenziano che il sierotipo prevalente è S. Typhimurium (29.4%), seguito dalla sua variante monofasica S. 4,[5],12:i:- (15.5%) e da S. Enteritidis (10.4%). Nell’ultima decade, è stato registrato un significativo aumento degli isolamenti di S. Napoli, attualmente quinto sierotipo più diffuso (4.1%) in Italia ed emergente soprattutto in Lombardia (Graziani et al., 2013), ma non incluso tra i sierotipi top-ten europei.
Metodi. La distribuzione dei sierotipi responsabili di casi di SNT in Lombardia è stata ricavata dall’analisi dei dati raccolti dal sistema di sorveglianza di laboratorio Enter-Net per il periodo 2010-2014.
Risultati. I risultati evidenziano un progressivo aumento degli isolamenti di S. Napoli, che nel 2014, su un totale di 1645 casi di SNT, si è attestata al terzo posto (8.1%), preceduta solamente da S. Typhimurium (15.9%) e da S. 4,[5],12:i:- (40.7%), mentre S. Enteritidis ha subito una drastica riduzione, occupando la quarta posizione (7.2%). La distribuzione dei casi non si è rivelata omogenea, con i più alti valori di incidenza nelle province di Varese, Como e Lecco, dove si è anche osservata una netta stagionalità, con un picco tra giugno e ottobre.
Conclusioni. Lo studio ha evidenziato interessanti differenze nella distribuzione dei sierotipi non solo rispetto al resto d’Europa e alle altre regioni italiane, ma anche all’interno della Lombardia. In particolare, sono emerse la ridotta frequenza di S. Enteritidis e la rilevanza del sierotipo Napoli, che richiede ulteriori indagini per identificare la nicchia ecologica, probabilmente associata all’ecosistema dei laghi prealpini che caratterizzano le province più interessate e che potrebbe essere all’origine della trasmissione all’uomo, sia waterborne che foodborne
Principi di Igiene. Volume II Epidemiologia e profilassi speciale Igiene ambientale e dell'alimentazione
manuale di igiene per studenti. Epidemiologia e profilassi speciale, igiene ambientale e dell'alimentezion
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