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Metabolismo de L-Rhamnose em Pichia stipitis (Pignal, 1967)
No full textOrientadora: Profa. Liu Un RigoDissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Curso de Pós-Graduação em BioquímicaInclui referências: p. 112-122Resumo: O crescimento de Pichia stipitis estirpe NRC 5568 em meio contendo L-rhamnose como única fonte de carbono, induz a síntese das enzimas que degradam este desoxiaçúcar (6-desoxi-L-manose)- L-Rhamnose é inicialmente oxidada por uma L-rhamnose desidrogenase NAD + - dependente. A L..-rhamnono-(delta)-lactona é o produto imediato da reação e devido a sua instabilidade, é hidrolisada espontaneamente convertendo-se em L-rhamnonato, o produto final desta oxidação. O L-rhamnonato é, por sua vez, desidratado a 2-ceto-3-desoxi-L-rhamnonato, pela rhamnonat o desidratase. Este produto , o 2-ceto-3-de soxi-L-rhamnonato, é clivado em piruvato e L-lactaldeído por ação da 2-ceto-3-desoxi--L-rhamnonato aldolase. Finalmente, devido uma lactaideído desidrogenase NAD + - dependente, o lactaldeído é oxidado a lactato. Portanto a via de degradação da L-rhamnose é oxidativa direta, não envolvendo intermediários fosforilados . A existência das enzimas desta via oxidativa, foi também confirmada no mutante regulatório PR1 de Pichia stipitis NRC 5568 e em Pichia pseudopolymorphaÍ7A7,
Análise genética e funcional dos genes nifENXorf1orf2, nifQmodABCfixXC de Herbaspirillum seropedicae
No full textOrientadora: Prof.ª Dr.ª Liu Un RigoTese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Curso de Pós-Graduação em Ciências-BioquímicaInclui referências: p. 104-14
Metabolismo da L-arabinose em Herbaspirillum seropedicae
No full textOrientador: Dr. Fábio de Oliveira PedrosaCoorientador: Dra. Liu Un RigoDissertação (mestrado) -Universidade Federal do Paraná, Curso de Pós-Graduação em BioquímicaInclui referências: p. 58-67Resumo: O metabolismo da L-arabinose foi determinado em Herbaspirillum seropedicae estirpe Z-78. Esta via envolve intermediários não fosforilados e converte a L-arabinose em alfa-ceto-glutarato. A L-arabinose é inicialmente oxidada por uma L-arabinose desidrogenase NAD (P) dependente a L-arabinono-gama-lactona, que é então hidrolizado em L-arabinonato por uma lactonase. O L-arabinonato é por sua vez desidratado para formar o 2-ceto-3-desoxi-L-arabinonato, que é posteriormente desidratado a semialdeído do alfa-ceto-glutarato pela 2-ceto-3-desoxi-L-arabinonato desidratase. O semialdeído é finalmente oxidado por uma semialdeído do alfa-ceto-glutarato NAD (P) + - dependente formando alfa-ceto-glutarato. A síntese das enzimas L-arabinose desidrogenase, L-arabinose desidratase, 2-ceto-3-desoxi-L-arabinonato desidratase e semialdeído do alfa-ceto-glutarato desidrogenase é induzida pela L-arabinose. Não foram detectadas atividades significativas para outras vias de metabolização de L-arabinose. Atividades enzimáticas de L-arabinose desidrogenase e de semialdeído do alfa-ceto-glutarato desidrogenase, enzimas chaves do metabolismo oxidativo com formação de alfa-ceto-glutarato, foram encontradas em várias estirpes de H.seropedicae de diversas origens
Determinaçăo da biodiversidade de Archaea e Bacteria da mata atlântica paranaense /
No full textOrientador: Fábio de Oliveira PedrosaCo-orientadora: Liu Un RigoInclui apęndiceDissertaçăo (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Cięncias Biológicas, Programa de Pós-Graduaçăo em Bioquímica. Defesa: Curitiba, 06/06/2006Inclui bibliografi
WT LP01 from Liu lab, Yale
No full textType four secretion system, T4SS<strong>Tilt Series Date:</strong> 2016-11-28</p>
<strong>Data Taken By:</strong> Yuxi Liu</p>
<strong>Species / Specimen:</strong> Legionella pneumophila</p>
<strong>Strain:</strong> Philadelphia-1_Lp02</p>
<strong>Tilt Series Settings:</strong> Single Axis, tilt range: (-51.0°, 51.0°), step: 3°, constant angular increment, dosage: 50.0 eV/Ų, defocus: -5.0 μm, magnification: 15500x. </p>
<strong>Microscope:</strong> Caltech Polara</p>
<strong>Acquisition Software:</strong> Serial EM</p>
<strong>Upload Method:</strong> pipeline</p>
<strong>Processing Software Used:</strong> None</p>
<strong>Collaborators and Roles:</strong> Data collected by Bo Hu in Jun Liu lab at Yale from their Polara. Partial WT strain data set. Primary literature: doi: 10.1038/s41564-018-0165-z</p>Files available via S3 at https://renc.osn.xsede.org/ini210004tommorrell/tomography_archive/ylx2016-11-28-320</p>T4SSWTNov26A027_driftcorr.mrc, Tilt Series (Pixel Size 0.25 nm), 2.0 GB
<a role="button" class="ui compact mini button" href="https://renc.osn.xsede.org/ini210004tommorrell/tomography_archive/ylx2016-11-28-320/rawdata/T4SSWTNov26A027_driftcorr.mrc"
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WT LP01 from Liu lab, Yale
No full textType four secretion system, T4SS<strong>Tilt Series Date:</strong> 2016-11-28</p>
<strong>Data Taken By:</strong> Yuxi Liu</p>
<strong>Species / Specimen:</strong> Legionella pneumophila</p>
<strong>Strain:</strong> Philadelphia-1_Lp02</p>
<strong>Tilt Series Settings:</strong> Single Axis, tilt range: (-51.0°, 51.0°), step: 3°, constant angular increment, dosage: 50.0 eV/Ų, defocus: -5.0 μm, magnification: 15500x. </p>
<strong>Microscope:</strong> Caltech Polara</p>
<strong>Acquisition Software:</strong> Serial EM</p>
<strong>Upload Method:</strong> pipeline</p>
<strong>Processing Software Used:</strong> None</p>
<strong>Collaborators and Roles:</strong> Data collected by Bo Hu in Jun Liu lab at Yale from their Polara. Partial WT strain data set. Primary literature: doi: 10.1038/s41564-018-0165-z</p>Files available via S3 at https://renc.osn.xsede.org/ini210004tommorrell/tomography_archive/ylx2016-11-28-371</p>T4SSWTNov26A078_driftcorr.mrc, Tilt Series (Pixel Size 0.25 nm), 2.0 GB
<a role="button" class="ui compact mini button" href="https://renc.osn.xsede.org/ini210004tommorrell/tomography_archive/ylx2016-11-28-371/rawdata/T4SSWTNov26A078_driftcorr.mrc"
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WT LP01 from Liu lab, Yale
No full textType four secretion system, T4SS<strong>Tilt Series Date:</strong> 2016-11-28</p>
<strong>Data Taken By:</strong> Yuxi Liu</p>
<strong>Species / Specimen:</strong> Legionella pneumophila</p>
<strong>Strain:</strong> Philadelphia-1_Lp02</p>
<strong>Tilt Series Settings:</strong> Single Axis, tilt range: (-51.0°, 51.0°), step: 3°, constant angular increment, dosage: 50.0 eV/Ų, defocus: -5.0 μm, magnification: 15500x. </p>
<strong>Microscope:</strong> Caltech Polara</p>
<strong>Acquisition Software:</strong> Serial EM</p>
<strong>Upload Method:</strong> pipeline</p>
<strong>Processing Software Used:</strong> None</p>
<strong>Collaborators and Roles:</strong> Data collected by Bo Hu in Jun Liu lab at Yale from their Polara. Partial WT strain data set. Primary literature: doi: 10.1038/s41564-018-0165-z</p>Files available via S3 at https://renc.osn.xsede.org/ini210004tommorrell/tomography_archive/ylx2016-11-28-187</p>T4SSWTDec12A032_driftcorr.mrc, Tilt Series (Pixel Size 0.25 nm), 2.0 GB
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WT LP01 from Liu lab, Yale
No full textType four secretion system, T4SS<strong>Tilt Series Date:</strong> 2016-11-28</p>
<strong>Data Taken By:</strong> Yuxi Liu</p>
<strong>Species / Specimen:</strong> Legionella pneumophila</p>
<strong>Strain:</strong> Philadelphia-1_Lp02</p>
<strong>Tilt Series Settings:</strong> Single Axis, tilt range: (-51.0°, 51.0°), step: 3°, constant angular increment, dosage: 50.0 eV/Ų, defocus: -5.0 μm, magnification: 15500x. </p>
<strong>Microscope:</strong> Caltech Polara</p>
<strong>Acquisition Software:</strong> Serial EM</p>
<strong>Upload Method:</strong> pipeline</p>
<strong>Processing Software Used:</strong> None</p>
<strong>Collaborators and Roles:</strong> Data collected by Bo Hu in Jun Liu lab at Yale from their Polara. Partial WT strain data set. Primary literature: doi: 10.1038/s41564-018-0165-z</p>Files available via S3 at https://renc.osn.xsede.org/ini210004tommorrell/tomography_archive/ylx2016-11-28-75</p>LP02Jan30A017_driftcorr.mrc, Tilt Series (Pixel Size 0.25 nm), 2.0 GB
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WT LP01 from Liu lab, Yale
No full textType four secretion system, T4SS<strong>Tilt Series Date:</strong> 2016-11-28</p>
<strong>Data Taken By:</strong> Yuxi Liu</p>
<strong>Species / Specimen:</strong> Legionella pneumophila</p>
<strong>Strain:</strong> Philadelphia-1_Lp02</p>
<strong>Tilt Series Settings:</strong> Single Axis, tilt range: (-51.0°, 51.0°), step: 3°, constant angular increment, dosage: 50.0 eV/Ų, defocus: -5.0 μm, magnification: 15500x. </p>
<strong>Microscope:</strong> Caltech Polara</p>
<strong>Acquisition Software:</strong> Serial EM</p>
<strong>Upload Method:</strong> pipeline</p>
<strong>Processing Software Used:</strong> None</p>
<strong>Collaborators and Roles:</strong> Data collected by Bo Hu in Jun Liu lab at Yale from their Polara. Partial WT strain data set. Primary literature: doi: 10.1038/s41564-018-0165-z</p>Files available via S3 at https://renc.osn.xsede.org/ini210004tommorrell/tomography_archive/ylx2016-11-28-71</p>LP02Jan30A015_driftcorr.mrc, Tilt Series (Pixel Size 0.25 nm), 2.0 GB
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WT LP01 from Liu lab, Yale
No full textType four secretion system, T4SS<strong>Tilt Series Date:</strong> 2016-11-28</p>
<strong>Data Taken By:</strong> Yuxi Liu</p>
<strong>Species / Specimen:</strong> Legionella pneumophila</p>
<strong>Strain:</strong> Philadelphia-1_Lp02</p>
<strong>Tilt Series Settings:</strong> Single Axis, tilt range: (-51.0°, 51.0°), step: 3°, constant angular increment, dosage: 50.0 eV/Ų, defocus: -5.0 μm, magnification: 15500x. </p>
<strong>Microscope:</strong> Caltech Polara</p>
<strong>Acquisition Software:</strong> Serial EM</p>
<strong>Upload Method:</strong> pipeline</p>
<strong>Processing Software Used:</strong> None</p>
<strong>Collaborators and Roles:</strong> Data collected by Bo Hu in Jun Liu lab at Yale from their Polara. Partial WT strain data set. Primary literature: doi: 10.1038/s41564-018-0165-z</p>Files available via S3 at https://renc.osn.xsede.org/ini210004tommorrell/tomography_archive/ylx2016-11-28-100</p>LP02May18B031_driftcorr.mrc, Tilt Series (Pixel Size 0.25 nm), 2.0 GB
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