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Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Plasmodium ovale spp. : analyse moléculaire des accès de reviviscence et de la résistance à la pyriméthamine
No full textPlasmodium ovale curtisi and P. ovale curtisi (formerly known as P. ovale) are two Plasmodium human-infecting species, mainly found in sub-Saharan Africa and capable of causing relapses. In a recent meta-analysis, the prevalence of P. ovale spp. was estimated at around 1% of all Plasmodium infections, a value that is probably greatly underestimated due to the difficulties in diagnosing these infections. The clinical and biological characteristics of infections associated with these two species have now been widely described, but there has been little research on other aspects of P. ovale spp. The lack of tools for studying these parasites on a genetic and genomic scale is a major obstacle to a better understanding of the biology and epidemiology of these two species. In this work, we first developed various methods for obtaining P. ovale spp. genetic and genomic data: (i) a selective-Whole Genome Amplification protocol dedicated to each species, as well as a leukodepletion protocol adapted from that developed by the Sanger Institute for P. falciparum; (ii) protocols for sequencing the pocdhfr and powdhfr genes; (iii) protocols for genotyping microsatellite markers located around the powdhfr gene and genome-wide for P. ovale wallikeri. Preliminary data obtained from initial whole-genome sequencing highlighted mutations in the dhfr gene of P. ovale curtisi and P. ovale wallikeri. Sequencing of the dhfr gene in more than 500 isolates confirmed these mutations, present in 47% of P. ovale curtisi isolates (including 40% A15S+S58R mutants) and 19% of P. ovale wallikeri isolates (including 17% F57L+S58R mutants). The haplotypic study based on analysis of full sequencing data and microsatellite markers showed the existence of a selective sweep around the two main mutants - probably under the influence of the widespread use of sulfadoxine-pyrimethamine in endemic areas. Finally, the use of a bacterial model expressing the mutant plasmodial enzymes PocDHFR A15S+S58R or PowDHFR F57L+S58R demonstrated the impact of these mutations on pyrimethamine sensitivity. The second part of this study focused on relapses. From the epidemiological data collected by the National Malaria Reference Centre, we identified - over a period from 2013 to 2021 - 15 patients who had suffered a P. ovale wallikeri relapsing infection. The analysis of eight genome-wide microsatellites and the complete sequencing of the genomes of four pairs of isolates highlighted a very close genetic relationship between the isolate of the initial infection and the isolate of the relapsing infection for 12 of the 15 patients studied. This result, which was expected in our context of imported malaria with patients mostly living outside malaria-endemic areas - thereby limiting the risk of multiple infections or previous infection - is, in our opinion, the first genetic proof of the existence of reviviscence in P. ovale spp. This work has enabled us to study and apply the methods we have developed to various aspects of P. ovale spp. Despite the data on population genetics acquired with the complete sequencing data and the study of microsatellites, much remains to be done to better understand the divergence between P. ovale curtisi and P. ovale wallikeri and the structure of these two populations in sub-Saharan Africa. In addition, it seems essential to better study the resistance of P. ovale spp. to antimalarial drugs, by continuing this work through the study of other genes known to be associated with drug resistance.Plasmodium ovale curtisi et P. ovale wallikeri (anciennement P. ovale) sont deux espèces de Plasmodium infectant l'homme, majoritairement retrouvées en Afrique sub-Saharienne et capables de provoquer des accès de reviviscence. Dans une méta-analyse récente, la prévalence de P. ovale spp. a été estimée à environ 1% de l'ensemble des infections plasmodiales, valeur probablement très largement sous-estimée en raison des difficultés à diagnostiquer ces infections. Les caractéristiques cliniques et biologiques des infections associées à ces deux espèces sont à présents largement décrites, mais les travaux de recherche sur P. ovale spp. restent peu nombreux. L'absence d'outils permettant l'étude de ces parasites à l'échelle génétique et génomique constitue en effet un frein majeur à une meilleure compréhension de la biologie et de l'épidémiologie de ces deux espèces. Dans ce travail de thèse, nous avons tout d'abord développé différentes méthodes permettant l'obtention de données de génétique et de génomique de P. ovale spp. : (i) un protocole de selective-Whole Genome Amplification dédié pour chaque espèce, ainsi qu'un protocole de déleucocytation adapté de celui développé par le Sanger Institute pour P. falciparum ; (ii) des protocoles pour le séquençage des gènes pocdhfr et powdhfr ; (iii) des protocoles pour le génotypage de marqueurs microsatellites situés autour du gène powdhfr ainsi que sur l'ensemble du génome de P. ovale wallikeri. Les données préliminaires obtenues à partir des premiers séquençages complets ont révélé l'existence de mutations dans le gène dhfr de P. ovale curtisi et P. ovale wallikeri. Le séquençage du gène dhfr de plus de 500 isolats a confirmé ces mutations, présentes chez 47% des isolats de P. ovale curtisi (dont 40% de mutants A15S+S58R) et 19% des isolats de P. ovale wallikeri (dont 17% de mutants F57L+S58R). L'étude haplotypique réalisée à partir de l'analyse des données de séquençage complet et des marqueurs microsatellites a montré l'existence d'un balayage sélectif autour des deux mutants principaux, sous l'influence probable de l'utilisation à large échelle en zone d'endémie de la sulfadoxine-pyriméthamine. Enfin, l'utilisation d'un modèle bactérien exprimant les enzymes plasmodiales mutantes PocDHFR A15S+S58R ou PowDHFR F57L+S58R démontra l'impact de ces mutations sur la sensibilité à la pyriméthamine. Le second volet de ce travail s'est intéressé aux reviviscences. À partir des données épidémiologiques collectées par le Centre National de Référence du paludisme, nous avons identifié, sur une période allant de 2013 à 2021, 15 patients ayant présenté un accès de reviviscence à P. ovale wallikeri. L'analyse de huit microsatellites répartis dans l'ensemble du génome et du séquençage complet des génomes de quatre paires d'isolats a mis en évidence une très grande proximité génétique entre l'isolat de l'accès initial et l'isolat de l'accès de reviviscence pour 12 des 15 patients étudiés. Ce résultat, attendu dans notre contexte particulier de paludisme d'importation avec des patients vivant hors zone d'endémie palustre - limitant de ce fait le risque d'infection multiple ou d'infection antérieure - constitue, selon nous, la première preuve génétique de l'existence de reviviscence chez P. ovale spp. Ce travail de thèse aura donc permis d'étudier et d'appliquer à l'étude de différents aspects de P. ovale spp. les méthodes que nous avons développées. Malgré des données encore limitées sur la génétique des populations acquises grâce aux données de séquençage complet et à l'étude des microsatellites, il reste encore beaucoup à faire pour mieux comprendre la divergence entre P. ovale curtisi et P. ovale wallikeri et la structure de ces deux populations parasitaires en Afrique sub-Saharienne. De plus, il semble essentiel de mieux caractériser la résistance de P. ovale spp. aux antipaludiques, en poursuivant ce travail par l'étude des autres gènes connus comme associés à la résistance médicamenteuse
Plasmodium ovale spp. : analyse moléculaire des accès de reviviscence et de la résistance à la pyriméthamine
No full textPlasmodium ovale curtisi and P. ovale curtisi (formerly known as P. ovale) are two Plasmodium human-infecting species, mainly found in sub-Saharan Africa and capable of causing relapses. In a recent meta-analysis, the prevalence of P. ovale spp. was estimated at around 1% of all Plasmodium infections, a value that is probably greatly underestimated due to the difficulties in diagnosing these infections. The clinical and biological characteristics of infections associated with these two species have now been widely described, but there has been little research on other aspects of P. ovale spp. The lack of tools for studying these parasites on a genetic and genomic scale is a major obstacle to a better understanding of the biology and epidemiology of these two species. In this work, we first developed various methods for obtaining P. ovale spp. genetic and genomic data: (i) a selective-Whole Genome Amplification protocol dedicated to each species, as well as a leukodepletion protocol adapted from that developed by the Sanger Institute for P. falciparum; (ii) protocols for sequencing the pocdhfr and powdhfr genes; (iii) protocols for genotyping microsatellite markers located around the powdhfr gene and genome-wide for P. ovale wallikeri. Preliminary data obtained from initial whole-genome sequencing highlighted mutations in the dhfr gene of P. ovale curtisi and P. ovale wallikeri. Sequencing of the dhfr gene in more than 500 isolates confirmed these mutations, present in 47% of P. ovale curtisi isolates (including 40% A15S+S58R mutants) and 19% of P. ovale wallikeri isolates (including 17% F57L+S58R mutants). The haplotypic study based on analysis of full sequencing data and microsatellite markers showed the existence of a selective sweep around the two main mutants - probably under the influence of the widespread use of sulfadoxine-pyrimethamine in endemic areas. Finally, the use of a bacterial model expressing the mutant plasmodial enzymes PocDHFR A15S+S58R or PowDHFR F57L+S58R demonstrated the impact of these mutations on pyrimethamine sensitivity. The second part of this study focused on relapses. From the epidemiological data collected by the National Malaria Reference Centre, we identified - over a period from 2013 to 2021 - 15 patients who had suffered a P. ovale wallikeri relapsing infection. The analysis of eight genome-wide microsatellites and the complete sequencing of the genomes of four pairs of isolates highlighted a very close genetic relationship between the isolate of the initial infection and the isolate of the relapsing infection for 12 of the 15 patients studied. This result, which was expected in our context of imported malaria with patients mostly living outside malaria-endemic areas - thereby limiting the risk of multiple infections or previous infection - is, in our opinion, the first genetic proof of the existence of reviviscence in P. ovale spp. This work has enabled us to study and apply the methods we have developed to various aspects of P. ovale spp. Despite the data on population genetics acquired with the complete sequencing data and the study of microsatellites, much remains to be done to better understand the divergence between P. ovale curtisi and P. ovale wallikeri and the structure of these two populations in sub-Saharan Africa. In addition, it seems essential to better study the resistance of P. ovale spp. to antimalarial drugs, by continuing this work through the study of other genes known to be associated with drug resistance.Plasmodium ovale curtisi et P. ovale wallikeri (anciennement P. ovale) sont deux espèces de Plasmodium infectant l'homme, majoritairement retrouvées en Afrique sub-Saharienne et capables de provoquer des accès de reviviscence. Dans une méta-analyse récente, la prévalence de P. ovale spp. a été estimée à environ 1% de l'ensemble des infections plasmodiales, valeur probablement très largement sous-estimée en raison des difficultés à diagnostiquer ces infections. Les caractéristiques cliniques et biologiques des infections associées à ces deux espèces sont à présents largement décrites, mais les travaux de recherche sur P. ovale spp. restent peu nombreux. L'absence d'outils permettant l'étude de ces parasites à l'échelle génétique et génomique constitue en effet un frein majeur à une meilleure compréhension de la biologie et de l'épidémiologie de ces deux espèces. Dans ce travail de thèse, nous avons tout d'abord développé différentes méthodes permettant l'obtention de données de génétique et de génomique de P. ovale spp. : (i) un protocole de selective-Whole Genome Amplification dédié pour chaque espèce, ainsi qu'un protocole de déleucocytation adapté de celui développé par le Sanger Institute pour P. falciparum ; (ii) des protocoles pour le séquençage des gènes pocdhfr et powdhfr ; (iii) des protocoles pour le génotypage de marqueurs microsatellites situés autour du gène powdhfr ainsi que sur l'ensemble du génome de P. ovale wallikeri. Les données préliminaires obtenues à partir des premiers séquençages complets ont révélé l'existence de mutations dans le gène dhfr de P. ovale curtisi et P. ovale wallikeri. Le séquençage du gène dhfr de plus de 500 isolats a confirmé ces mutations, présentes chez 47% des isolats de P. ovale curtisi (dont 40% de mutants A15S+S58R) et 19% des isolats de P. ovale wallikeri (dont 17% de mutants F57L+S58R). L'étude haplotypique réalisée à partir de l'analyse des données de séquençage complet et des marqueurs microsatellites a montré l'existence d'un balayage sélectif autour des deux mutants principaux, sous l'influence probable de l'utilisation à large échelle en zone d'endémie de la sulfadoxine-pyriméthamine. Enfin, l'utilisation d'un modèle bactérien exprimant les enzymes plasmodiales mutantes PocDHFR A15S+S58R ou PowDHFR F57L+S58R démontra l'impact de ces mutations sur la sensibilité à la pyriméthamine. Le second volet de ce travail s'est intéressé aux reviviscences. À partir des données épidémiologiques collectées par le Centre National de Référence du paludisme, nous avons identifié, sur une période allant de 2013 à 2021, 15 patients ayant présenté un accès de reviviscence à P. ovale wallikeri. L'analyse de huit microsatellites répartis dans l'ensemble du génome et du séquençage complet des génomes de quatre paires d'isolats a mis en évidence une très grande proximité génétique entre l'isolat de l'accès initial et l'isolat de l'accès de reviviscence pour 12 des 15 patients étudiés. Ce résultat, attendu dans notre contexte particulier de paludisme d'importation avec des patients vivant hors zone d'endémie palustre - limitant de ce fait le risque d'infection multiple ou d'infection antérieure - constitue, selon nous, la première preuve génétique de l'existence de reviviscence chez P. ovale spp. Ce travail de thèse aura donc permis d'étudier et d'appliquer à l'étude de différents aspects de P. ovale spp. les méthodes que nous avons développées. Malgré des données encore limitées sur la génétique des populations acquises grâce aux données de séquençage complet et à l'étude des microsatellites, il reste encore beaucoup à faire pour mieux comprendre la divergence entre P. ovale curtisi et P. ovale wallikeri et la structure de ces deux populations parasitaires en Afrique sub-Saharienne. De plus, il semble essentiel de mieux caractériser la résistance de P. ovale spp. aux antipaludiques, en poursuivant ce travail par l'étude des autres gènes connus comme associés à la résistance médicamenteuse
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
Author-wise bibliometric analysis based on entropy.
No full textAuthor-wise bibliometric analysis based on entropy.</p
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