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La MSP pour la détermination du phénotype CIMP dans le cancer colorectal
No full textPARIS-BIUP (751062107) / SudocSudocFranceF
Evaluation de l'expression des gènes impliqués dans le point de contrôle mitotique dans le cancer du sein
No full textPARIS-BIUP (751062107) / SudocSudocFranceF
Proto-oncogène ERBB2 (structure, fonction, methodes d'étude, applications cliniques et thérapeutiques)
No full textPARIS-BIUP (751062107) / SudocSudocFranceF
Implication des remaniements géniques dans l'inactivation des gènes de prédisposition au cancer du sein
No full textParmi les cancers du sein, 5 à 10% serait associé à une prédisposition génétique familiale. La prise en charge des patients prédisposés nécessite une bonne définition des risques de cancer. L identification de l altération moléculaire causale dans chacune de ces familles est donc un enjeu essentiel dans la prise en charge médicale. Deux gènes, BRCA1 et BRCA2, sont associés à une prédisposition majeure au cancer du sein et de l ovaire depuis le milieu des années 1990, expliquant environ 15% des formes héréditaires. L analyse moléculaire de ces deux gènes est désormais réalisée en routine pour la recherche de variations nucléotidiques et plus récemment de remaniements géniques ce qui a permis d améliorer le taux de détection de mutations délétères. Cependant, pour près de 85% des familles avec une agrégation familiale ou un âge anormalement jeune de cancer du sein, aucune mutation délétère n a pu être mise en évidence. Dans ce contexte, mon travail de thèse a eu pour objectif de tester plusieurs hypothèses permettant d expliquer les risques de cancer du sein observés chez des familles montrant l absence de mutation des gènes BRCA1 et BRCA2. Nous avons ainsi recherché des mécanismes d altération rarement explorés pour les gènes BRCA1 et BRCA2, et enfin analysé d autres gènes candidats dont le gène CDH1 et huit autres gènes impliqués dans la réparation de l ADN. Nous avons pu mieux caractériser des remaniements sur les gènes BRCA1 et BRCA2. Enfin, nous avons pu évaluer l impact de variants de signification inconnue et des réarrangements détectés par l étude de leurs transcrits. Dans un premier temps, nous avons mis en place et validé de nouvelles approches techniques de détection et de caractérisation : la CGH-array dédiée, la qPCR-HRM et le peignage moléculaire. Ces techniques ont ensuite été utilisées pour étudier les remaniements géniques et leur fréquence pour onze gènes candidats à la prédisposition au cancer du sein à partir de 472 familles négatives aux mutations délétères BRCA1 et BRCA2. Parmi ces 11 gènes, nous pouvons conclure que les remaniements géniques détectés concernent principalement les gènes BRCA1 et BRCA2, et à un moindre degré le gène CHEK2. En appliquant ces techniques, nous avons pu décrire de nouveaux événements, deux larges délétions et une duplication intronique, pour les gènes CDH1 et BARD1, ouvrant de nouvelles perspectives sur l étude des transcrits alternatifs. Nous avons en particulier pu décrire la grande diversité des réarrangements délétères en 5 du gène BRCA1. L enjeu est ensuite l interprétation de ces événements. Notre étude des transcrits a permis de décrire un variant exonique d épissage entraînant une délétion de l exon 23 au niveau du transcrit BRCA1. Nous avons aussi validé la pathogénicité d un réarrangement en phase de l exon 3 de BRCA2 par une étude quantitative du transcrit et une évaluation de la coségrégation. Au final, moins de 1% de nouveaux remaniements ont été mis en évidence. Ce travail est riche d enseignement pour les nouvelles investigations à mettre en place pour les familles prédisposées. En dehors de la technique d identification, il est nécessaire de développer des stratégies de validation basées principalement sur la quantification des effets de ces altérations au niveau de l ARN et des protéines. Cependant, il manque encore de nombreux chaînons pour expliquer l héritabilité des cancers du sein. Les études sur les nouveaux gènes candidats et l avènement des techniques de séquençage pangénome à haut débit, devraient permettre d avoir une meilleure vision des phénomènes pathobiologiques liés à la prédisposition au cancer du sein.Five to 10% of breast cancers are linked to a genetic predisposition. The management of patients at risk requires a good definition in the risk of cancer. The identification of causal molecular alterations in each of these families is a key issue in medical care. Two genes, BRCA1 and BRCA2, are related with the greatest susceptibility to breast cancer and ovarian cancer since the mid-1990s, accounting for about 15% of hereditary forms. Molecular analysis of these two genes is now routinely performed for the detection of nucleotide variations and more recently large rearrangements which have improved the detection rate of deleterious mutations. However, for more than 85% of families, no mutation explains familial aggregation or unusual young age of breast cancer onset. In this context, my thesis aimed at testing several hypotheses to explain the risks of breast cancer observed in families without any identified mutations in the BRCA1 and BRCA2 genes. We investigated some mechanisms of genic rearrangements rarely explored for BRCA1 and BRCA2 genes, and finally investigated other candidate genes, especially CDH1 gene and eight other genes involved in double-strand DNA repair. We have better characterized some rearrangements in the BRCA1 and BRCA2 genes. Finally, we applied RNA quantitative approaches to better assess the impact from variants of unknown significance and detected rearrangements. Initially, we developed and validated new technical approaches for detection and characterization such as dedicated CGH-array, qPCR-HRM and molecular combing. Rare large germline rearrangements and their frequency in eleven candidate genes for susceptibility to breast cancer were studied among 472 families negative by routine testing for BRCA1 and BRCA2 genes. Of these 11 genes, we conclude that genic rearrangements are found then mainly in the BRCA1 and BRCA2 genes, and to a lesser extent in the CHEK2 gene. We were able to describe two large intronic deletions and one duplication for the CDH1 and BARD1 genes, opening new perspectives on the regulation of their alternative transcript. In particular, we described the wide diversity of new rearrangements involving the 5' region of the BRCA1 gene. Then, it is necessary to validate and interpret those new events. Our transcript analysis described a new exonic variant causing the splice deletion of exon 23 in BRCA1 gene. We have developed tools to validate an in-frame large rearrangement of BRCA2 exon 3 with some transcript quantitative approaches and disease cosegregation.Finally, less than 1% of new rearrangements have been identified. This work is instructive for further investigations to establish molecular etiology in those families with breast cancer predisposition. Not only by applying new technologies, it is necessary to develop other strategies based primarily on quantifying effects of these alterations on transcription and traduction. However, it still lacks many links to explain the heritability of breast cancer. The combination of new candidate genes studies and the advent of high-throughput sequencing are expected to give a better vision of pathobiological phenomena related to the breast cancer predisposition.PARIS11-SCD-Bib. électronique (914719901) / SudocSudocFranceF
Marqueurs moléculaires impliqués dans la résistance au tamoxifène dans le cancer du sein
No full textDans le cancer du sein, l'action des estrogènes (E) médiée par son récepteur a, est bien documentée. Après un premier temps de réponse au cours d'un traitement par le tamoxifène (Tam), une résistance pharmacologique peut survenir. Nous avons étudié l'expression de gènes pouvant être impliqués dans cette résistance. Parmi des corégulateurs transcriptionnels, seul le corépresseur NCOR1 a conservé son potentiel prédictif. L'étude des DNMTs a révélé une association uniquement entre l'expression de DNMT3B et un mauvais pronostic. L'étude de l'aromatase n'a pas permis d'établir de relation avec un mécanisme de résistance. Enfin, nous avons identifié le gène NAT1, dont la sur-expression s'est révélée associée à une survie favorable. La résistance au Tam apparaît donc multifactorielle, impliquant diverses voies métaboliques dont la compréhension permet la mise en place d'outils diagnostics et/ou thérapeutiques visant à diminuer la sélection de cellules tumorales résistantes.In breast cancer, estrogens (E) action, mediated by its receptor a, is well documented. After a first period of response during a treatment by the tamoxifen (Tam), a pharmacological resistance may occur. We studied the expression of several genes which may be involved in Tam resistance. Among transcriptional coregulators, the corepressor NCOR1 was the only gene associated with a predictive value. The study of DNMTs genes only revealed a relationship between DNMT3B expression and markers of poor pronostic. The expression of aromatase was not associated with Tam resistance. Finally, we identified the NAT1 gene which expression was linked with a good outcome. In conclusion, the Tam resistance appears to involve several metabolic pathways. A better understanding of these pathways may lead to the use of new diagnostics markers or treatments in order to overcome the Tam resistance.PARIS5-BU Méd.Cochin (751142101) / SudocSudocFranceF
Altérations moléculaires au cours de la carcinogenèse urothéliale vésicale
No full textRésuméLes tumeurs de vessie représentent la sixième cause de mortalité par cancer en France et le pronostic des formes infiltrantes reste très péjoratif en raison de l’efficacité limitée des traitements conventionnels. Les récentes avancées de la biologie moléculaire appliquée aux tumeurs et les résultats des récentes études pangénomiques ont permis une meilleure compréhension de la carcinogenèse urothéliale vésicale. Les principales altérations moléculaires concernent FGFR3, TP53 et HER2, et permettent désormais de différencier trois sous-groupes de tumeurs, de profil moléculaire et de pronostic différents. Cet article se propose de faire une mise au point sur les différentes altérations génétiques et épigénétiques observées dans les cancers de vessie, leur rôle potentiel comme marqueurs théranostiques en cancérologie clinique et les nouvelles approches thérapeutiques ciblées selon le concept de médecine personnalisée.SummaryBladder cancer is the sixth cause of cancer mortality in France and prognosis of muscle-invasive tumors remains poor due to lack of effective treatments. Recent advances in molecular biology applied to tumors and results of recent genome-wide studies have brought a important impact on the understanding of bladder carcinogenesis. Main molecular alterations concern FGFR3, TP53 and HER2, and it is now possible to distinguish three subgroups of tumors according to molecular profile. This paper proposes a review of different genetic and epigenetic alterations in bladder cancer, their potential role as theranostic markers in clinical oncology and new targeted therapies according to the concept of personalized medicine
OTX008, a selective small-molecule inhibitor of galectin-1, downregulates cancer cell proliferation, invasion and tumour angiogenesis
No full textBackground
Galectin-1 (Gal1), a carbohydrate-binding protein is implicated in cancer cell proliferation, invasion and tumour angiogenesis. Several Gal1-targeting compounds have recently emerged. OTX008 is a calixarene derivative designed to bind the Gal1 amphipathic β-sheet conformation. Our study contributes to the current understanding of the role of Gal1 in cancer progression, providing mechanistic insights into the anti-tumoural activity of a novel small molecule Gal1-inhibitor.
Methods
We evaluated in vitro OTX008 effects in a panel of human cancer cell lines. For in vivo studies, an ovarian xenograft model was employed to analyse the antitumour activity. Finally, combination studies were performed to analyse potential synergistic effects of OTX008.
Results
In cultured cancer cells, OTX008 inhibited proliferation and invasion at micromolar concentrations. Antiproliferative effects correlated with Gal1 expression across a large panel of cell lines. Furthermore, cell lines expressing epithelial differentiation markers were more sensitive than mesenchymal cells to OTX008. In SQ20B and A2780-1A9 cells, OTX008 inhibited Gal1 expression and ERK1/2 and AKT-dependent survival pathways, and induced G2/M cell cycle arrest through CDK1. OTX008 enhanced the antiproliferative effects of Semaphorin-3A (Sema3A) in SQ20B cells and reversed invasion induced by exogenous Gal1. In vivo, OTX008 inhibited growth of A2780-1A9 xenografts. OTX008 treatment was associated with downregulation of Gal1 and Ki67 in treated tumours, as well as decreased microvessel density and VEGFR2 expression. Finally, combination studies showed OTX008 synergy with several cytotoxic and targeted therapies, principally when OTX008 was administered first.
Conclusion
This study provides insights into the role of Gal1 in cancer progression as well as OTX008 mechanism of action, and supports its further development as an anticancer agent.Fil: Astorgues Xerri, Lucile. Inserm; FranciaFil: Riveiro, Maria Eugenia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental (i); ArgentinaFil: Tijeras Raballand, Annemila. Inserm; FranciaFil: Serova, Maria. Inserm; FranciaFil: Rabinovich, Gabriel Adrián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; ArgentinaFil: Bieche, Ivan. Inserm; FranciaFil: Vidaud, Michel. Inserm; FranciaFil: de Gramont, Armand. Inserm; FranciaFil: Martinet, Mathieu. Inserm; FranciaFil: Cvitkovic, Esteban. Oncoethix SA; SuizaFil: Faivre, Sandrine. Inserm; FranciaFil: Raymond, Eric. Inserm; Franci
Marqueurs pronostiques et prédictifs des cancers du sein - La voie de signalisation PI3K
No full textLes résultats des projets actuels apportent une information, sur différents aspects des rôles de la voie PI3K, dans le développement du cancer du sein, et la réponse au traitement. Les projets particuliers couvrent des sujets liés à la voie aux niveaux concernant les récepteurs de la famille HER, activant la voie PI3K, ainsi que PI3K et les effecteurs en découlant. Les effets pronostic et prédictif de la dérégulation de PI3K sont les sujets centraux de la recherche décrite ici. Une baisse d expression de PI3KR1 est associée à une survie réduite dans notre cohorte de patients. Une attention particulière a été portée aux mutations de PIK3CA communes dans le cancer du sein. Tandis que les mutations de PIK3CA agissent comme des marqueurs de bon pronostic chez les patients anti-HER2-naïfs, ces mutations agissent au contraire comme prédicteurs négatifs de la réponse au traitement par trastuzumab. Les résultats décrits mènent un peu plus vers l implication de plusieurs voies moléculaires altérées, en particulier la voie de signalisation Wnt, dans la tumorigénèse des cancers du sein PIK3CA mutés. De plus, nous avons testé les taux de lapatinib plasmatique montrant une augmentation pertinente dans les périodes d état d équilibre du traitement. Par ailleurs, nous avons démontré des incohérences dans l évaluation de l EGFR et proposé des approches pour l interprétation des comptages d immunohistochimie et de FISH. Tous ces sujets sont connectés par la 170 voie PI3K, et le besoin d approfondir les connaissances actuelles, et d apporter de nouvelles informations utiles applicables dans le futur dans les pratiques cliniquesResults of the presented research projects bring information about several aspects of the PI3K signaling pathway roles in breast cancer development and treatment response. The particular projects covered the subjects connected with the signaling pathway, ranging from the HER family receptors activating the pathway, and PI3K to the downstream levels of signalisation. The prognostic and predictive effect of PI3K deregulation was the central subject of the described research. The decreased expression of PIK3R1 associated with reduced survival of our patients. A special focus was put on the PIK3CA mutations which are common in breast cancer. Whereas the PIK3CA mutations act as a good prognostic marker in patients non-treated with the HER2 inhibitors, these mutations predict a negative response to trastuzumab treatment. The described results, furthermore, draw attention to the role of several altered molecular signaling pathways in breast cancer development, especially to the Wnt signaling pathway. The lapatinib plasma levels showing the relevant increase in comparison with the already described efficient steady-state levels were also described in one of the projects. Moreover, various modifications to EGFR status assessment were compared and showed that EGFR FISH and IHC count interpretation depended significantly on method and thresholds used. All these subjects are connected by the PI3K pathway, the need to deepen current knowledge and bring new useful information applicable in future clinical practice.PARIS11-SCD-Bib. électronique (914719901) / SudocSudocFranceF
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