133 research outputs found
Synthesis, radiolabeling and in vitro evaluation of azathioprine loaded magnetic solid lipid nanoparticles
No full textBu tezin, veri tabanı üzerinden yayınlanma izni bulunmamaktadır. Yayınlanma izni olmayan tezlerin basılı kopyalarına Üniversite kütüphaneniz aracılığıyla (TÜBESS üzerinden) erişebilirsiniz.Ill ÖZET İZMİR İLİ VE ÇEVRESİNDE SATIŞA SUNULAN, MISIR GEVREĞİNİN KÜF İZOLASYONU VE İDENTİFİKASYONU KARABULUT, Yasemin Yüksek Lisans Tezi, Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Yrd. Doç. Dr. Alev HALİKI Aralık 2000, 104sf. Bu çalışmada, çeşitli zamanlarda İzmir ili çevresindeki hipermarketlerde satışa sunulan 51 adet mısır gevreği örnekleri incelenmiştir. Bu örneklerde bulunan funguslann izolasyon ve identifikasyonu amaçlanmıştır. Toplam 76 küf izole edilmiş ve farklı 21 küf türü tammlanmıştır; 4 Aspergillus genusunda; 6 Penicillum genusunda ve 11 tanesi Fungi Imperfecti sınırındadır. Çalışmalar sonucunda toplam 76 küf türü izole edilmiş olup bu küflerin bir kısmının toksik etki yapabilecek küf türleri arasında olduğu saptanmıştır. Anahatar sözcükler = Küf, mısır, mısır gevreğiABSTRACT THE IDENTIFICATION AND ISOLATION OF FUNGI IN CORNFLAKES ON SALE IN AND AROUND IZMIR KARABULUT, Yasemin MSc in Biology Department SupervisonAssoc.Prof.Dr. Alev HALİKI December 2000, 104p. In this study, cornflakes samples on sale in hypermarkets in and around Izmir were taken periodically and their mycoflora were examined. The aim of the study was to identify and isolate the mould found in the 51 samples. A total of 76 mould were isolated and 21 different types of mould were identified; momely, 4 Aspergillus sp., 6 Penicillium sp. and 1 1 Fungi Imperfect class. As a result of our investigations a total of 76 mould species were isolated and some of these mould were determined as being among the species of mould which have toxic effects. Keywords:Mycoflora, maize, cornflake
Research on antimicrobial activities of raw materials used in preparation of coating solutions in pharmaceutical industry
No full textBu tezin, veri tabanı üzerinden yayınlanma izni bulunmamaktadır. Yayınlanma izni olmayan tezlerin basılı kopyalarına Üniversite kütüphaneniz aracılığıyla (TÜBESS üzerinden) erişebilirsiniz.V ÖZET İLAÇ ENDÜSTRİSİNDE KAPLAMA SOLÜSYONU HAZIRLANMASINDA KULLANILAN HAMMADDELERİN ANTİMİKROBİYAL ETKİNLİKLERİ ÜZERİNE BİR ARAŞTIRMA GÜNERİ, Halil Yüksek Lisans Tezi, Biyoloji Anabilim Dalı Tez Yöneticisi : Yrd. Doç. Dr. Alev HALİKİ Kasım 1999, 54 sayfa Çalışmamızda; kaplama solüsyonu hammaddesi olarak kullanılan 20 adet kimyasal maddenin, 9 adet test mikroorganizması kullanılarak, "Agar Dilüsyon Yöntemi" ile MIC (Minimum İnhibisyon Konsantrasyonu) değerleri belirlenerek incelenmiştir. Bu kimyasal maddelerden sodyum benzoat, sorbik asit, metil paraben ve vanilin'in tüm test mikroorganizmaları üzerine; sodyum lauril sülfat'ın özellikle Gram(+) test bakterileri üzerine etkili olduğu, ayrıca vanilin'in tat ve koku giderici özelliğinin yanında, kaplama solüsyonlarında antimikrobiyal koruyucu olarak da kullanılabileceği saptanmıştır. Anahtar kelimeler : İlaç kaplama, Koruyucular, Antimikrobiyal aktivitevn ABSTRACT RESEARCH ON ANTIMICROBIAL ACTIVITIES OF RAW MATERIALS USED IN PREPARATION OF COATING SOLUTIONS IN PHARMACEUTICAL INDUSTRY GÜNERİ, Halil MSc in Biology Supervisor : Yrd. Doç. Dr. Alev HALİKİ November 1999, 54 pages In our study; 20 chemical substances which are used as coating solution materials are observed via determining their MIC (Minimum Inhibitory Concentration) values with "Agar Dilution Method" by using 9 test microorganisms. It is determined that sodium benzoate, sorbic acid, methyl paraben and vanillin are effective on all test microorganisms; sodium lauryl sulphate is effective especially on Gram(+) test bacteria; vanillin, besides its flavoring properties, may be used as antimicrobial preservative in preparation of coating solutions. Key Words : Pharmaceutical coating, Preservatives, Antimicrobial Activit
A research on mould flora in stored feeds
No full textBu tezin, veri tabanı üzerinden yayınlanma izni bulunmamaktadır. Yayınlanma izni olmayan tezlerin basılı kopyalarına Üniversite kütüphaneniz aracılığıyla (TÜBESS üzerinden) erişebilirsiniz.V ÖZET DEPOLANMIŞ HAYVAN YEMLERİNİN KUF FLORASI ÜZERİNE BİR ARAŞTIRMA ERDOĞAN, Aylin Yüksek Lisans Tezi, Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Yrd. Doç. Dr. Alev HALİKİ Mayıs 2001, 63 sf Bu çalışmada, İzmir ilinde bulunan iki ayrı yem fabrikasından alınan 13 çeşit toplam 22 adet yem hammaddesi örneği incelenmiştir. Bu örneklerde bulunan küflerin izolasyon ve identifıkasyonları amaçlanmıştır. Toplam 147 izolat elde edilmiştir ve farklı 1 7 küf türü tanımlanmıştır; 6 Aspergillus genusunda, 6 Penicillium genusunda ve 5 tanesi Fungi İmperfecti sınıfındadır. Çalışmalar sonucunda izole edilen küf türlerinin bir kısmının toksik etki yapabilecek küf türleri arasında olduğu saptanmıştır. Anahtar sözcükler; Yem, küf florası, mikotoksigenik küflerVII ABSTRACT A RESEARCH ON MOULD FLORA IN STORED FEEDS ERDO?AN, Aylin MSc in Biology Supervisor Assoc. Prof.Dr. Alev HALİKİ April 2001 In this research, 1 3 different types and total 22 pieces of raw feed samples which were received from 2 different feed production plant. It is aimed at the isolation and identifications of moulds in this samples. It is gained 147 isolates in total and 17 different mould types are identified: 6 in Aspergillus. 6 in Penicillium species and 5 Fungi Imperfecti class. It is detected that some part of the isolated mould types may have toxic effect. Keywords: feed, mycofiora. mycotoxigenic moulds
Phenylobacterium immobile (lingens. et al. ) strainlerinin 16S rRNA geri sekvenz analizi
No full textBu tezin, veri tabanı üzerinden yayınlanma izni bulunmamaktadır. Yayınlanma izni olmayan tezlerin basılı kopyalarına Üniversite kütüphaneniz aracılığıyla (TÜBESS üzerinden) erişebilirsiniz.ÖZET Phenylobacterium immobile (Lingens et al.) STRAİNLERİNİN 16S rRNA GENİ SEKUENZ ANALİZİ ÖZYURT, Banş Selahattin Yüksek Lisans Tezi, Biyoteknoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Doç. Dr. Alev Haliki Şubat 2000, 110 Sayfa Phenylobacterium genusuna ait bilinen tek tür olan Phenylobacterium immobile'ye (Lingens et al.) ait altı farklı strainin 16S rRNA genine ait sequensleri kısmi olarak belirlenmiştir. Bu araştırmada strainlerden DNA'mn izolasyonu, DNA' dan 16S rRNA geninin amplifikasyonu ve bu amplifikasyon ürününün Sanger sekuenzleme analizi yöntemleri uygulanmıştır. Elde edilen sonuçlar NCBI (National Center for Biotechnology Information) veri bankasında bulunan DNA sekuenz verileri ile karşılaştırılmıştır. Sonuç olarak farklı strainlerde 16S rRNA diagnostik signature sekuenzlerinin değişmediği, ancak genin bazı kısımlarında mutasyonlanmn olduğu görülmüştür. Anahtar sözcükler : 16S rRNA, Phenylobacterium immobile, PZR, Sanger sekuenzleme yöntemi, Herbisitvn ABSTRACT 16S rRNA GENE SEQUENCE ANALYSIS OF Phenylobacterium immobile (Lingens et al.) STRAINS ÖZYURT, Bans Selahattin MSc in Biotechnology Supervisor: Assoc. Prof. Dr. Alev HALIKİ February 2000, 1 10 Pages The sequence of 16S rRNA gene from six different strains of the Phenylobacterium immobile (Lingens et al.), which is the only species of the genus Phenylobacterium, was partially determined. For this purpose, the bacterial DNA of the cells of P. immobile was extracted and purified. Later the 16S rRNA gene was amplificated by Polymerise chain reaction. The amplification products are separated by agarose gel elektroforesis. The resultant product was then purified for the chain termination sequencing. All of the stages were optimised for each of the strains. The results are then compared with the sequence data on the NCBI (National Center for Biotechnology Information) database of DNA sequences. We have found out that the signature sequences of 16S rRNA genes of the strains have not been changed, but few mutations on the 16S rRNA genes occured. Keywords:16S rRNA, Phenylobacterium immobile, Chain termination sequencing, PCR, Herbicide
Candida Albicans (Robin) Berkhout'un species-specific PCR ve DNA düzeyinde tanısının standardizasyonu
No full textBu çalışmada C.albicansʼın Species-Specific PCR ile tanısının yapılması amaçlanmıştır. Bu amaç ile 5 C.albicans referans straini, 9 farklı Candida türü (referans strainler ve klinik izolatlar), Cyrptococcus neoformans, 4 filamentöz fungus (referans strainler ve klinik izolatlar), 3 bakteri referans straininden DNA izolasyonu yapılmıştır. İnsan DNAʼsı hazır olarak elde edilmiştir. C.albicansʼın büyük alt birim rDNA gen bölgesinde yer alan D1/D2 bölgesine spesifik primer seti (CAL5,NL4CAL,NL5CAL) kullanılmış ve Species-Specific PCRʼın standardizasyonu yapılmıştır. Bu amaç ile farklı MgCl2 konsantrasyonları, agaroz konsantrasyonları, farklı PCR döngü profilleri, farklı DNA konsantrasyonlarının PCRʼa etkisi denenmiştir. Bu primerlerin 19 pg kromozomal DNAʼyı saptadığı bulunmuştur. Bu PCRʼda bu primerler sadece C.albicans kromosomal DNAʼsı mevcut iken 175 bçʼlik (baz çifti)ʼlik ürün oluşturmuştur ve fenotipik olarak C.dubliniensis ve C.tropicalis olarak tanılanmış iki klinik izolat hariç diğer DNAʼlar mevcut olduğunda hiçbir ürün oluşmamıştır. C.albicans DNAʼsını içeren ve 2 farklı Candida (CDU2,NL4CAL ve CWO2,L4LEL) türüne ait primerler ile bir seri PCR gerçekleştirilmiş ve hiçbir çoğaltım gözlenmemiştir
Determination of microbial allergens from biological risk factors and risk analysis in feed factories around Izmir province
No full textBu tez çalışmasının amacı, biyoaerosol bakımından oldukça zengin mesleki çevrelerden biri olan yem fabrikalarının havasındaki mikrobiyal konsantrasyonun saptanması, alerjik reaksiyonlar ile ilişkili Aspergillus, Penicillium, Alternaria ve Cladosporium genuslarının oranlarının belirlenmesi ve 5x5 L - Tipi Matris yöntemi ile risk analizinin yapılmasıdır. Bu kapsamda, bakteri ve küflerin toplanması Eco-Mass 100 Hava Örnekleme cihazı ile yapılmıştır. 9,4×103 kob/m3 (9382 koloni) bakteri ve 9,4×103 kob/m3 (9412 koloni) fungus kolonisi izole edilmiştir. İdentifikasyonu yapılan 4 alerjen genusun koloni sayılarına göre dağılımları; 4489 koloni Aspergillus spp. (%47.7), 2179 koloni Cladosporium spp. (%23.2), 795 koloni Alternaria spp. (%8.5), 590 koloni Penicillium spp. (%6.3) ve 1359 koloni diğer grup (%14.4) şeklindedir. Bu çalışmada, örnekleme yapılan 3 yem fabrikasında da baskın genus Aspergillus spp. olarak saptanmıştır. Biyolojik risk etmenleri belirlenmiş ve risk analizi 5x5 L- Tipi Matris ile yapılmıştır.The aim of this thesis is to determine the microbial concentration in the air of feed mills, which is one of the very rich occupational environments in bioaerosol, to determine the percentage of Aspergillus, Penicillium, Alternaria and Cladosporium genera related to allergic reactions and to perform risk analysis by 5x5 L-Type matrix method. In this context, bacteria and molds were samples collected with Eco-Mass 100 Air Sampling Device. 9,4×103 cfu/m3 (9382 colonies) bacteria and 9,4×103 cfu/m3 (9412 colonies) fungi colonies were isolated. The distribution of 4 allergen genera identified according to the number of colonies were 4489 colonies Aspergillus spp. (%47.7), 2179 colonies Cladosporium spp. (%23.2), 795 colonies Alternaria spp. (%8.5), 590 colonies Penicillium spp. (%6.3) and 1359 colonies others (%14.4). In this study, the dominant genus was determined as Aspergillus spp. in all 3 feed factories. Biological risk factors were determined and risk analysis was performed with 5x5 L-Type Matrix
Türkiye'de üretilen bitkisel ve hayvansal organik kompostun mikroflorası ve antimikrobiyal etkinliği
No full textGelişen dünyada hızla artan nüfusa bağlı olarak uzun yıllar, tarımsal sistemlerin sürdürülebilirliği, ürün kalitesi, istihdam sorunları ve doğanın kendi iç dinamikleri yani çevre ve doğal kaynakların karşılaşabileceği zararlar gibi kavramlar göz önüne alınmaksızın hızlı bir üretim sürecine girilmiştir. Ancak son yıllarda bu olumsuz koşulların giderek yarattığı sorunları ortadan kaldırarak insana her açıdan sağlıklı çeşitli çevre ve beslenme stratejileri geliştirilmek gereği ortaya çıkmış; bunlardan biri olarak sağlıklı tarım ürünleri yetiştirme ve ekolojik dengenin korunması temel ilkesine dayanan bitkisel ve hayvansal materyal kökenli organik gübreler gerek organik tarımda gerekse iyi tarım uygulamalarında giderek değer kazanmıştır. Ülkemizde kompost üretimi özel girişimcilerle gerçekleştirilmektedir, çok sayıda üretici firma tarafından çiftçiye çok sayıda farklı bitkisel ve hayvansal kökenli organik gübre arz edilmektedir. Bitkisel ve hayvansal kökenli materyalin mikrobiyolojik fermentasyon ile olgunlaşması yoluyla elde edilen kompostların yapımında yararlanılan materyallerin içeriği ve çeşitliliği nedeniyle barındırabileceği olası patojen mikroorganizmaların gerek kompostun içerisinde gerekse uygulanan tarım toprakları ve o topraklarda yetiştirilen ürünlerde izlenmesi nedeniyle gıda güvenliği bakımından üzerinde hassasiyetle durulması gereken ayrı bir değerlendirmeye gereksinim duyulmuştur. Araştırmamızda Türkiyede üretilen 10ar farklı bitkisel ve hayvansal kökenli katı ve sıvı kompostta; T.C. Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı tarafından 4 Haziran 2010 tarih ve 27601 sayı ile çıkartılan "Tarımda Kullanılan Organik, Organomineral Gübreler ve Toprak Düzenleyiciler İle Mikrobiyal, Enzim İçerikli ve Diğer Ürünlerin Üretimi, İthalatı ve Piyasaya Arzına Dair Yönetmelik'te önerilen toplam bakteri (anaerob), maya-küf, toplam koliform, fekal koliform, Escherichia coli, Clostridium spp., Salmonella spp., Enterobacteriaceae, Staphylococcus aureus , Bacillus anthracis, Bacillus cereus ve Mycobacterium spp. analizleri ve sayımları yapılmıştır. Mikrobiyolojik kalite analizlerinde elde edilen veriler yönetmelikte istenen standartlarla karşılaştırılmış ve bazı örnekler standartlara uygunluk gösterirken, bazı örneklerin uygunluk göstermediği saptanmıştır. Çalışmamızda ayrıca aynı kompost ve sıvı kompost örneklerinin bitki patojeni bakteriler ( Clavibacter spp.ve Pseudomonas fluorescens) ve funguslara (Alternaria spp., Fusarium solani, Fusarium moniliforme, Fusarium oxysporum, Pyricularia oryzae, Verticillium spp.) karşı antimikrobiyal aktiviteleri araştırılmıştır. Sıvı kompost ve kompostlardan elde ettiğimiz ekstraktların, sadece Pseudomonas fluorescens, Fusarium solani, Fusarium moniliforme, Fusarium oxysporum türleri üzerinde antimikrobiyal etkinlik gösterdiği saptanmıştır
Aspergillus fumigatus Fresenius'un PCR ile DNA düzeyinde tanısının standardizasyonu
No full textA. fumigatusʼun neden olduğu aspergillosis vakalarında son yıllarda, özellikle şiddetli immunosuppressive terapilerin uygulanmasındaki artış nedeniyle dramatik bir artış meydana gelmiştir. A. fumigatus; gelişmiş ülkelerde yirmi yıl önce nispeten bilinmeyen bir hastalıktı, ancak günümüzde ölümcül hale gelen pulmonar invaziv aspergillosis vakalarındaki artış nedeniyle en önemli hava kaynaklı patojen halini almıştır. Bu çalışmada A. fumigatusʼun PCR ile tanısının yapılması amaçlanmıştır. Bu amaçla Aspergillus fumigatus NRRL 2999, A. flavus, A. janus, A. fischerii, A. terreus, C. albicans CDC 385, Alternaria alternata NRRL 20593, Penicillium cylindrosporum NRRL 2673, Trichoderma viride NRRL 1698, E. coli ATCC 23999, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Staphylococcus aureus ATCC 6538-P ve insan DNAʼsı test edildi. Ancak kullanılan primerlerin spesifik olmadığı anlaşılmıştır
Investigation of protease enzyme activities of entomopathogenic Beauveria bassiana isolates
No full textBu tezde entomopatojen olan Beauveria bassiana izolatlarının proteaz enzim aktiviteleri incelenmiştir. Beauveria bassiana' yı böylesine önemli kılan özellikleri çok çeşitli ve etkin virulans faktörlerine ve toksinlerine sahip olmasıdır. Fenotipik ve genotipik tayinleri yapılmış olan toplamda 31 adet Beauveria bassiana izolatı ile çalışılmıştır. Bütün izolatlar proteaz enzim ön taraması yapılmak üzere Skim milk agara inokule edilmiştir. Skim milk agarda kontaminasyonu önlemek amacıyla plateleme yöntemi kullanılmıştır. Bunun için öncelikle gliserol içeren cryo tüplere stok kültürler hazırlanmıştır. 5 gün inkübasyon süresi sonunda izolatların koloni ve zon çapları ölçülmüştür. Fungal izolatlar proteaz aktivitesi yönünden ICMC (Index of Relative Enzyme Activity) kriterlerine göre proteaz enzim aktivitesi yüksek ve düşük olarak sınıflandırılmıştır. Buna göre 12 izolat çok yüksek proteaz aktivitesine sahip olarak değerlendirilmiştir. Diğer izolatlardan 9 tanesi yüksek ve 10 tanesi de orta düzeyde aktivite göstermiştir.In this thesis, protease enzyme activities of entomopathogenic Beauveria bassiana isolates were investigated. What makes Beauveria bassiana so important is that it has a wide variety of effective virulence factors and toxins. Phenotypic and genotypic determinations were performed and 31 Beauveria bassiana isolates were studied. All isolates were inoculated into Skim mil agar for protease enzyme pre-screening. Plating method was used to prevent contamination on skim milk agar. For this, stock cultures were prepared primarily in cryo tubes containing glycerol. After 5 days incubation period, colony and zone diameters of the isolates were measured. Fungal isolates were classified as high and low protease enzyme activity according to ICMC (Index of Relative Enzyme Activity) criteria for protease activity. Accordingly, 12 isolates were evaluated as having very high protease activity. 9 of the other isolates showed high activity and 10 of them showed moderate activity
Investigation and characterization of protease enzyme activities that is one of the virulence factors of potential pathogen Aspergillus fumigatus Fresen. isolated from hospital neonatal intensive care unıt at Ege University
No full textBu çalışmada, bir yenidoğan yoğun bakım ünitesinin havasal florasından izole edilmiş potansiyel patojen fungal türlerden biri olan Aspergillus fumigatus adlı küfün moleküler tanılanması ve virülans faktörlerinden biri olan proteaz enziminin belirlenip karakterize edilmesi amaçlanmıştır. Morfolojik olarak klasik yöntemlerle tanımlanmış bu türe ait 29 farklı A.fumigatus izolatının iki farklı ülkede ve iki farklı araştırma merkezinde hem klasik DNA izolasyon yöntemleri kullanılarak, hem de standart kit prosedüründen yararlanılarak moleküler tanılaması yapılmıştır. Sekans işlemi sonucunda elde edilen baz dizileri NCBI gen bankasına yollanıp, sonuçları alınmıştır. Bu sonuçlar doğrultusunda, suşların %99,9 Aspergillus fumigatus olduğu kanıtlanmıştır. Proteaz taraması için içeriğinde Skim-milk bulunan besiyerleri kullanılmış ve bu suşların sütteki kazeini parçalamasından yararlanılmıştır. Kazeini parçalayıp, açık zon oluşturmaları sayesinde, enzim aktivitesi olduğu tespit edilmiştir. En iyi aktivitenin hangi Aspergillus fumigatus izolatına ait olduğunu belirlemek için ise; (Solid State Fermentation) SSF'de üretim yapılarak 3., 5. ve 7. günlerde alınan sıvılardan spektrofotometrik yöntemlerle ölçüm yapılmış ve en yüksek aktiviteye sahip olan izolat belirlenmiştir. eAP27 kodunu taşıyan bu suş için fermantasyon şartları optimize edildi. Optimum fermantasyon şartları 37ºC ve 5 gündür. Bu suşun optimum çalışma koşulları incelendiğinde ise; inkübasyon pH: 7,5-8; en iyi aktivite gözlenen substrat: Casein olarak bulunmuş ve inhibitör maddeler ile metal iyonlarının enzim üretimi üzerinde etkileri olduğu gösterilmiştir.This study aimed to identify Aspergillus fumigatus, one of the widely pathogen fungal species with molecular diagnosis methods and characterize protease enzymes, which is the virulence factors of Aspergillus fumigatus is isolated from airborne flora in intensive care units. This species morphologically defined by using conventional methods. Molecular identification of these 29 different isolates of Aspergillus fumigatus, is completed by both conventional DNA isolation methods and molecular diagnostic kit utilizing standard procedures in two different countries and in two different research center. The sequences obtained from the Sequence PCR processing, are send to NCBI gene bank and the results were received. These results have proved that, our all species are 99.9% Aspergillus fumigatus. Skim-milk media is used for scanning protease enzymes, and it is benefited fragmentation of casein molecules in the milk media of these strains. With the fragmentation casein molecules, it was appeared a clear zone and this has been a proof for enzyme activity. To determine which Aspergillus fumigatus isolate has the best enzyme activity is used Solid State Fermentation (SSF), fermentation liquid as a enzyme was collected on 3th, 5th and 7th and measurements were scanned with spectrophotometric methods. This isolate has been tagging as a eAP27 and optimized fermentation conditions for this strain. The optimum fermentation conditions are 37ºC and 5 days. When these strain investigated for optimum process conditions; incubation pH 7.5-8; the substrat is observed for best activity: Casein; and it has been shown that the inhibitory agents and the metal ions are effective on enzyme production
- …
