144 research outputs found
Objective Clustering of sequenced Rabies samples by means of Affinity Propagation Clustering
No full textDie klassische Tollwut (Rabies Virus, RABV) gilt als eine der ältesten Zoonosen der Welt und fordert bis heute jährlich zehntausende Todesopfer (Knobel et al., 2005), dies vor allem in den Entwicklungsländern Asiens und Afrikas. Auch wenn die Erkrankung in Deutschland entsprechend den Statuten der Weltorga-nisation für Tiergesundheit (OIE) seit 2008 als ausgerottet gilt, erfordert die globale Situation weiterhin Achtsamkeit (Muller et al., 2012). Um ein besseres Verständnis des vorangegangenen Ausbreitungsge-schehens von RABV zu erlangen, erfolgen molekular-epidemiologische Untersuchungen mittels Se-quenzanalysen von Virusproben. Aus den Datenbanken des NCBI konnten für diese Arbeit etwa 21.000 Datensätze mit RABV Teil- und Vollgenomsequenzen identifiziert werden. Die Einteilung der Viren in diese Spezies erfolgte nach den Statuten des Committee on Taxonomy of Viruses ICTV (Adams et al., 2017; ICTV, 2015) und wurde speziell durch die Rhabdovirus-Forschungsgruppe definiert. Dabei bilden Sequenzen des Genus Lyssavirus unter anderem dann eine gemeinsame Spezies, wenn sie nicht mehr als 18-20% Unterschiede in ihren Nukleotidsequenzen aufweisen (Dietzgen et al., 2011). Durch das ICTV wird zudem nicht nur die Nomenklatur, sondern auch die Entstehung neuer Taxa (dazu gehören: Ord-nung, Familie, Unterfamilie, Gattung und Art/Spezies) reguliert. Dank dieser Anstrengungen ist die Eintei-lung für verschiedenste Viren klar und transparent nachvollziehbar (ICTV, 2015). Eine weitere Untertei-lung der Spezies RABV und somit der 21.000 genannten Sequenzen ist jedoch nicht einheitlich vorge-schlagen. In vorangegangenen Studien wurden Teile dieser Sequenzen zumeist nach regionalen, zeitli-chen oder wirtsspezifischen Fragestellungen begutachtet (Bourhy et al., 1999; Kuzmin et al., 2004; Talbi et al., 2009; Talbi et al., 2010; X. Y. Tao et al., 2009).
Die Clusterdefinition an den standardmäßig berechneten binären, phylogenetischen Bäumen erfolgte zumeist mit Hilfe der Metadaten oder über die Bewertung von signifikanten Bootstrapwerten (Baldauf, 2003). Demnach kann die Einteilung der RABV Sequenzen in Cluster als relativ subjektiv betrachtet wer-den, zudem wird die Vergleichbarkeit verschiedener Studien untereinander durch diese unterschiedli-chen Ansätze erschwert. Für die Vereinheitlichung der Clustereinteilung wurden in dieser Arbeit zu-nächst global verteilte Vollgenomsequenzen als Standardvergleich ausgewertet. Vollgenome bieten den Vorteil, dass sich Mustervergleiche über das gesamte Genom nachvollziehen lassen und dass sie statistisch signifikantere Ergebnisse produzieren (Ahmed et al., 2015).
Um eine eindeutige Clusterzuordnung zu erreichen, wurde zudem die Methode des affinity propagation clustering (AP) eingesetzt (Frey & Dueck, 2007). Die sehr kurze Rechenzeit für diese Methode sowie vor allem der Vorteil der Berechnung von sogenannten Cluster-„Exemplaren“, die als reales Clustermitglied in weiteren Studien als Repräsentant eines Clusters die Rechenzeiten verkürzen könnten, machte AP bereits zu einer geeigneten Methode für die Bioinformatik, z.B. bei der Aufklärung von Proteinstruk-turmotiven (Bodenhofer, Kothmeier, & Hochreiter, 2011). Zusätzlich wurden die Ergebnisse mit den Er-gebnissen der bereits etablierten phylogenetischen Auswertungen verglichen und ein entsprechender Workflow erstellt. Für die verwendeten Vollgenome konnte insgesamt gezeigt werden, dass auf globaler Ebene die räumliche Herkunft der Isolate den größten Einfluss auf die Hauptclustereinteilung aufweist. Es konnten mit Hilfe von AP vier Hauptcluster definiert werden (Cosmopolitan, Asian, New World und Arctic/Arctic-like). Auf Ebene der Untercluster wurden mittels AP insgesamt 12-13 Cluster definiert, für diese konnten jedoch auch wirtsspezifische Einflüsse auf die Einteilung festgestellt werden. Diese grund-legenden Einteilungen könnten die Basis für ein globales Klassifizierungssystem der klassischen Tollwutviren auf Vollgenomebene bilden und als Vergleichsbasis für Arbeiten mit Teilgenomsequenzen eingesetzt werden. Zudem kann der entstandene Workflow auch auf andere Virusspezies oder auf weiterge-hende, gröbere Gruppierungen auf Spezies-, Gattung- oder Ordnungsebene (wie bereits für die verschie-denen Spezies der Lyssaviren in dieser Arbeit dargestellt) durchgeführt werden.Virus taxonomy is regulated by the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) which not only regulates a code of nomenclature, but also the creation of novel virus taxa (currently orders, families, subfamilies, genera and species). Thanks to long-lasting efforts of the ICTV, the classification of viruses has become clearer and more transparent. But in recent years, more than 21,000 nucleotide sequences of the species rabies lyssavirus (RABV) have been deposited in public databases, which are officially not further classified. This increasing number of available RABV sequences represents a challenge for conventional computation of phylogenetic inferences and cluster allocation. In my dissertation I tried to overcome this limitation with the help of a centroid-based clustering method, called affinity propagation clustering (AP), which was used the first time for such kind of purposes. A panel of existing and novel RABV full genome sequences was used to demonstrate the application of AP clustering for RABV on a global scale. These analyses gained four generic main clusters for the RABV species discrimination on basis of RABV full genomes. According to their geographic distribution, the clusters were named “Arctic”, “Cosmopolitan”, “Asian” and “New World”. Further analyses with AP clustering also enable the division of the four main clusters into 12-13 sub-clusters. In addition, I established a combination of AP clustering and phylogenetic analyses to resolve phylogenetic relationships between verifiably determined clusters and sequences. This workflow could help to substantiate a transparent cluster distribution, not only for RABV but also for other comparative sequence analyses
Switchen zorgverzekeraar van noorderlingen in 2021
No full textCorona geen invloed op overstap naar andere zorgverzekeraar: het gaat om de prijs.Zo’n een op de tien inwoners uit Noord-Nederland geeft aan vrijwel zeker over te willen stappen naar een andere zorgverzekeraar. Het motief is vrij plat: het is goedkoper.Dat blijkt uit een onderzoek van Marklinq (onderzoeksgroep van de Hanzehogeschool Groningen) onder ruim duizend Drenten, Groningers en Friezen, in december 2020. Het is de tweede maal dat het regionale onderzoek is uitgevoerd.Een opmerkelijke conclusie is volgens onderzoekers Karel Jan Alsem en Tom Fischer dat corona amper van invloed is geweest op de keuze van noorderlingen om over te stappen naar een andere zorgverzekeraar. Terwijl toch ruim 11 procent van de ondervraagden aangaf zelf met de ziekte te maken hebben gehad. Uit het onderzoek bleek dat degenen die direct met corona te maken hebben gehad niet vaker of minder vaak willen switchen. ,,Corona blijkt amper of geen enkele invloed te hebben op waarom mensen overstappen naar een andere verzekeraar. Mensen zijn niet bang dat ze met alleen een basisverzekering niet geholpen worden", zegt Alsem. Ruim een op de vier noorderlingen, zo blijkt uit het Marklinq-onderzoek, heeft geen aanvullende verzekering bovenop de basisverzekering. Het is ook vaak deze groep die jaarlijks wisselt van verzekeraar. En het motief is vrijwel altijd: het scheelt in de portemonnee.Zo'n tien procent heeft aangegeven voor 2021 over te gaan naar een andere zorgverzekeraar. ,,Het is wel een interessante groep, want het zijn vooral mensen die denken geen zorg nodig te hebben. Ondanks dat zij de laagste prijs zoeken, kan dat vaak ook wel uit voor de verzekeraars", zegt mede-onderzoeker Fischer. ,,Ze gebruiken namelijk relatief weinig zorg. De groep die loyaal blijft aan de verzekeraar zou je uit financieel oogpunt juist kwijt willen." Want de noorderling blijkt eigenlijk wel heel erg tevreden over de lokale zorg. Die tevredenheid is ten opzichte van vorig jaar zelfs licht gestegen: van 78 naar 83 procent. De betrokkenheid bij de zorgverzekeraar is dan ook hoog: bijna drie op de vier noorderlingen vindt het kiezen van een zorgverzekeraar heel erg belangrijk. De loyaliteit is ook vrij hoog: 57 procent zit al zeker vijf jaar bij dezelfde zorgverzekeraar.Opvallend is ook dat Drenten, Groningers en Friezen erg verzekeraar-gebonden zijn. Er is echt een locatie-effect. In Drenthe zie je vooral Univé, in Groningen Menzis en in Friesland De Friesland", vertelt Alsem. ,,De klantenkring van deze verzekeraars is ook veel loyaler."Dat het aantal noorderlingen dat overweegt over te stappen stabiel is gebleven, past ook wel in het beeld dat Zorgverzekeraars Nederland eerder naar buiten bracht. Volgens de brancheorganisatie zijn er zo'n 1,1 miljoen overstappers. Het percentage overstappers is, ondanks corona, vrijwel hetzelfde als voorgaande jaren.<br/
Switchen zorgverzekeraar van noorderlingen in 2021
No full textCorona geen invloed op overstap naar andere zorgverzekeraar: het gaat om de prijs.Zo’n een op de tien inwoners uit Noord-Nederland geeft aan vrijwel zeker over te willen stappen naar een andere zorgverzekeraar. Het motief is vrij plat: het is goedkoper.Dat blijkt uit een onderzoek van Marklinq (onderzoeksgroep van de Hanzehogeschool Groningen) onder ruim duizend Drenten, Groningers en Friezen, in december 2020. Het is de tweede maal dat het regionale onderzoek is uitgevoerd.Een opmerkelijke conclusie is volgens onderzoekers Karel Jan Alsem en Tom Fischer dat corona amper van invloed is geweest op de keuze van noorderlingen om over te stappen naar een andere zorgverzekeraar. Terwijl toch ruim 11 procent van de ondervraagden aangaf zelf met de ziekte te maken hebben gehad. Uit het onderzoek bleek dat degenen die direct met corona te maken hebben gehad niet vaker of minder vaak willen switchen. ,,Corona blijkt amper of geen enkele invloed te hebben op waarom mensen overstappen naar een andere verzekeraar. Mensen zijn niet bang dat ze met alleen een basisverzekering niet geholpen worden", zegt Alsem. Ruim een op de vier noorderlingen, zo blijkt uit het Marklinq-onderzoek, heeft geen aanvullende verzekering bovenop de basisverzekering. Het is ook vaak deze groep die jaarlijks wisselt van verzekeraar. En het motief is vrijwel altijd: het scheelt in de portemonnee.Zo'n tien procent heeft aangegeven voor 2021 over te gaan naar een andere zorgverzekeraar. ,,Het is wel een interessante groep, want het zijn vooral mensen die denken geen zorg nodig te hebben. Ondanks dat zij de laagste prijs zoeken, kan dat vaak ook wel uit voor de verzekeraars", zegt mede-onderzoeker Fischer. ,,Ze gebruiken namelijk relatief weinig zorg. De groep die loyaal blijft aan de verzekeraar zou je uit financieel oogpunt juist kwijt willen." Want de noorderling blijkt eigenlijk wel heel erg tevreden over de lokale zorg. Die tevredenheid is ten opzichte van vorig jaar zelfs licht gestegen: van 78 naar 83 procent. De betrokkenheid bij de zorgverzekeraar is dan ook hoog: bijna drie op de vier noorderlingen vindt het kiezen van een zorgverzekeraar heel erg belangrijk. De loyaliteit is ook vrij hoog: 57 procent zit al zeker vijf jaar bij dezelfde zorgverzekeraar.Opvallend is ook dat Drenten, Groningers en Friezen erg verzekeraar-gebonden zijn. Er is echt een locatie-effect. In Drenthe zie je vooral Univé, in Groningen Menzis en in Friesland De Friesland", vertelt Alsem. ,,De klantenkring van deze verzekeraars is ook veel loyaler."Dat het aantal noorderlingen dat overweegt over te stappen stabiel is gebleven, past ook wel in het beeld dat Zorgverzekeraars Nederland eerder naar buiten bracht. Volgens de brancheorganisatie zijn er zo'n 1,1 miljoen overstappers. Het percentage overstappers is, ondanks corona, vrijwel hetzelfde als voorgaande jaren.<br/
Booms, Recessions and Financial Turmoil: A Fresh Look at Investment Decisions under Cyclical Uncertainty
No full textThe paper studies the interaction between cyclical uncertainty and investment in a stochastic real option framework where demand shifts stochastically between three different states, each with different rates of drift and volatility. In our setting the shifts are governed by a three-state Markov switching model with constant transition probabilities. The magnitude of the link between cyclical uncertainty and investment is quantified using simulations of the model. The chief implication of the model is that recessions and financial turmoil are important catalysts for waiting. In other words, our model shows that macroeconomic risk acts as an important deterrent to investments.business cycles, real options, investment, Markov switching, Tobin’s q, uncertainty
A Multiplicity of Approaches to Institutional Analysis. Applications to the Government and the Arts
No full textFour types of “economics” relevant for institutional analysis are distinguished: Standard Neoclassical Economics; Socio-Economics or Social Economics; New Institutional Economics; and Psychological Economics (often misleadingly called Behavioural Economics). The paper argues that an extension of Neoclassical Economics with elements from other social sciences (including political science, sociology, psychology, law and anthropology) is fruitful to explain institutions because it allows us to maintain the strength of that approach. Social Economics can play an important role helping to overcome the limitations of Neoclassics. However, it should become more concrete, integrate what is useful in Neoclassics, and should seriously engage in empirical research.Institutional Economics, Neoclassics, Psychological Economics, Behavioural Economics, institutions
Can Integrity Replace Institutions? Theory and Evidence
No full textInstitutions are important for proper economic performance, but are replaceable by trust or other social norms. We show that when proper institutions and trust are missing, integrity of the individuals can replace them. We construct a model of a transactions-based economy with contracts preceding the transactions, and show that any one of (1) institutions, (2) trust, or (3) integrity, foster economic growth. We construct data of economic performance of social groups in Lebanon, measure integrity and other values of these groups, and use this data and data from Kenya to support one of the model’s predictions. Policy implications are discussed.economic development, institutions, integrity, Lebanon, social norms, trust
Uncertain Productivity Growth and the Choice between FDI and Export
No full textThe underlying model analyzes the first time foreign market entry decision of a representative investor who can choose between export and FDI. The model combines the proximity-concentration trade-off framework with the real option methodology and sheds light on the effects of productivity growth. On the basis of a Geometric Brownian motion, three different productivity scenarios are considered (no growth, deterministic growth, uncertain growth) and opposed to each other. The introduction of productivity growth increases the likeliness of first time market entry through FDI. If the firm is confronted with uncertain productivity growth, market entry through FDI increases even further. Uncertainty is identified as a compounding force for the derived growth effects. The findings contribute to the static general equilibrium models which neglect intertemporal selection effects.export, FDI, uncertain productivity growth, real option approach
Invloed van corona op het MKB
No full textUit een enquete onder 1800 MKB-ers in Nederland blijkt dat het MKB, ondanks de coronacrisis, overwegend positief over de toekomst is. 72% ziet die positief in. Toch is ruim 40% van de MKB-ers, een week na de eerste verlichtingen, nog niet goed voorbereid op een vrijere situatie. Circa 2% verwacht door de crisis niet te overleven
Het effect van crisisissues op regio-imago’s
No full textEen presentatie over de effecten van Project X Haren op het imago van Haren, gegeven tijdens de lancering van Marklinq
Climate Change Mitigation Strategies in Fast-Growing Countries: The Benefits of Early Action
No full textThis paper builds on the assumption that OECD countries are (or will soon be) taking actions to reduce their greenhouse gas emissions. These actions, however, will not be sufficient to control global warming, unless developing countries also get involved in the cooperative effort to reduce GHG emissions. This paper investigates the best short-term strategies that emerging economies can adopt in reacting to OECD countries’ mitigation effort, given the common long-term goal to prevent excessive warming without hampering economic growth. Results indicate that developing countries would incur substantial economic losses by following a myopic strategy that disregards climate in the short-run, and that their optimal investment behaviour is to anticipate the implementation of a climate policy by roughly 10 years. Investing in innovation ahead of time is also found to be advantageous. The degree of policy anticipation is shown to be important in determining the financial transfers of an international carbon market meant to provide incentives for the participation of developing countries. This is especially relevant for China, whose recent and foreseeable trends of investments in innovation are consistent with the adoption of domestic emission reduction obligations in 2030.energy-economy modelling, climate policy, developing countries
- …
