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    Design and implementation of a tool for translating SBML into the biochemical stochastic {pi}-calculus

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    Motivation: SBML is becoming a standard ‘de-facto’ to represent and store biological models. Although SBML is very useful in defining ways of exchanging and storing biological information, it is not formal enough to allow direct translation into non ambiguous formal representation languages to perform analysis and simulation of models. We here suggest to map SBML models into process calculi representations. Results: We implemented and validated a tool that translates SBML descriptions into stochastic {pi}-calculus specifications. Availability: Source code is freely available for academic use by contacting the authors

    Costruire ponti di carta tra sistemi informativi. Pratiche spazializzate della gestione dell’informazione nel lavoro infermieristico

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    Secondo una consolidata retorica dell’innovazione, la comunicazione organizzativa nel futuro è destinata ad essere mediata da tecnologie della comunicazione e dell’informazione (ICT). Le istituzioni sanitarie sono ritenute tra le maggiori beneficiarie potenziali di tali strumenti, che le renderebbero capaci di erogare servizi in modo più rapido, efficiente e collaborativo. A tutt’oggi, tuttavia, anche in contesti ad elevato utilizzo di ICT, è facile osservare come la carta non accenni a diminuire. Qui ci proponiamo di riflettere su tale fenomeno tramite un’indagine empirica di stampo etnografico condotta in un reparto ospedaliero e focalizzata sulle attività con cui le infermiere ‘mettono in comunicazione’ due sistemi informativi elettronici solo parzialmente interoperabili tramite un’articolata serie di artefatti, regole, spazi e pratiche lavorative. I dati raccolti mostrano come la gestione e la condivisione delle informazioni siano come uno sforzo collaborativo che richiede la produzione di metadati, convenzioni, regole atte a consentire la comunicazione, facendo spesso uso di artefatti di natura differente. La nostra analisi suggerisce che tali pratiche collaborative siano possibili solo grazie alla creazione di una topografia condivisa dello spazio lavorativo all’interno del quale le informazioni sono distribuite per supportare l’articolazione dei diversi compiti. In questa prospettiva, la digitalizzazione nella trasmissione delle informazioni appare come potenzialmente destabilizzante per la pratica osservata in quanto, se non accuratamente studiata, rischia di sottrarre rilevanti appigli di senso agli attori organizzativi

    An ontological approach to support clinical governance: the case of breast cancer guidelines.

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    Guidelines are an essential tool to ensure an optimal clinical governance in oncology. The Province of Trento started a research project whose aim is to develop a system for supporting and controlling the best evidence-based oncological care process based on guidelines. The significant role of ontologies for the semantic interoperability of such a system is pointed out

    Implementation and evaluation of an Asbru-based decision support system for adjuvant treatment in breast cancer

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    The domain of cancer treatment is a promising field for the implementation and evaluation of a protocol-based clinical decision support system, because of the algorithmic nature of treatment recommendations. However, many factors can limit such systems’ potential to support the decision of clinicians: technical challenges related to the interoperability with existing electronic patient records and clinical challenges related to the inherent complexity of the decisions, often collectively taken by panels of different specialists. In this paper, we evaluate the performances of an Asbru-based decision support system implementing treatment protocols for breast cancer, which accesses data from an oncological electronic patient record. Focusing on the decision on the adjuvant pharmaceutical treatment for patients affected by early invasive breast cancer, we evaluate the matching of the system's recommendations with those issued by the multidisciplinary panel held weekly in a hospital

    A Real Application of a Concept-based Electronic Medical Record

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    We present a real implementation of a concept-based Electronic Medical Record for the management of heart failure disease. Our approach is based on GEHR archetypes represented in XML format for modeling clinical information. By using this technique it could be possible to bouild an interoperable future-proof clinical information syste
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