1,721,113 research outputs found
Mathematics and implementations of physiologically based pharmacokinetic modeling
No full textCharles University Faculty of Pharmacy in Hradec Kr'alov'e Department of Biophysics and Physical Chemistry Candidate: Yestay Rakhimov Supervisor: doc. Erik Jurjen Duintjer Tebbens, Ph.D. Title of diploma thesis: Mathematics and implementations of physiologically based phar- macokinetic modeling The thesis addresses some basic aspects of pharmacokinetic modeling, which is used to describe pharmacokinetic processes. Understanding these processes is important for example to determine optimal concentrations of drugs dosing. The thesis focuses on mathematical proofs of a number of pharmacokinetic equa- tions, which are often not given in standard books. The derived equations are illustrated with numerical experiments for a particular drug in the software PharmCalcCl and MAT- LAB.
Matematika a implementace PBPK modelů
No full textUniverzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biofyziky a fyzikální chemie Kandidát: Yestay Rakhimov Školitel: doc. Erik Jurjen Duintjer Tebbens, Ph.D. Název diplomové práce: Mathematics and implementations of physiologically based phar- macokinetic modeling Práce se věnuje některým základním aspektům farmakokinetického modelování, které se používají k popisu farmakokinetických procesů. Pochopení těchto procesů je důležité například pro stanovení optimálních koncentrací dávkování léků. Diplomová práce se zaměřuje na matematické důkazy řady farmakokinetických rovnic, které často nejsou uvedeny ve standardních knihách. Odvozené rovnice jsou ilustrovány numerickými experimenty pro určitý lék v softwaru PharmCalcCl a MATLAB. 5Charles University Faculty of Pharmacy in Hradec Kr'alov'e Department of Biophysics and Physical Chemistry Candidate: Yestay Rakhimov Supervisor: doc. Erik Jurjen Duintjer Tebbens, Ph.D. Title of diploma thesis: Mathematics and implementations of physiologically based phar- macokinetic modeling The thesis addresses some basic aspects of pharmacokinetic modeling, which is used to describe pharmacokinetic processes. Understanding these processes is important for example to determine optimal concentrations of drugs dosing. The thesis focuses on mathematical proofs of a number of pharmacokinetic equa- tions, which are often not given in standard books. The derived equations are illustrated with numerical experiments for a particular drug in the software PharmCalcCl and MAT- LAB. 4Department of Biophysics and Physical ChemistryKatedra biofyziky a fyzikální chemieFaculty of Pharmacy in Hradec KrálovéFarmaceutická fakulta v Hradci Králov
Teorie a aplikace postupu DoE (planovani experimentu) ve farmaceuticke technologii
Full text linkUniverzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra: Katedra farmaceutické technologie Katedra biofyziky a fyzikální chemie Kandidát: Mgr. Julie Maruška Školitel: doc. Dipl.-Math. Erik Jurjen Duintjer Tebbens, Ph.D. Konzultant: doc. PharmDr. Zdeňka Šklubalová, Ph.D. Název disertační práce: Teorie a aplikace postupu DoE (plánovaní experimentů) ve farmaceutické technologii Tradiční proces vývoje nových přípravků zahrnuje výběr kombinací různých typů faktorů ovlivňujících řadu vlastností konečné lékové formy. Tato situace je vhodná pro použití metod z oblasti statistického plánovaní experimentů (DoE). V současné době začínají nejnovější publikace v oblasti farmaceutické technologie týkající se vývoje nových lékových forem stále více začleňovat techniky plánovaní experimentů, které jsou předmětem studia v této práci. Tato interdisciplinární disertační práce je anotovaným shrnutím publikací a výzkumných aktivit autora a klade si za cíl zkoumat postupy DoE zaměřené na jejich praktické využití v oblasti farmaceutické technologie; aplikovat vybrané techniky na reálné postupy farmaceutické technologie; a představit přehled nejúčinnějších DoE technik pro implementaci ve výzkumu v oblasti farmaceutické technologie. V prvním publikovaném článku jsme provedli retrospektivní analýzu získaných dat...Charles University, Faculty of pharmacy in Hradec Králové Department: Department of Pharmaceutical Technology Department of Biophysics and Physical Chemistry Candidate: Mgr. Julie Maruška Supervisor: Assoc. Prof. Dipl.-Math. Erik Jurjen Duintjer Tebbens, Ph.D. Consultant: Assoc. Prof. PharmDr. Zdeňka Šklubalová, Ph.D. Title of dissertation: Theory and applications of DoE (design of experiments) in pharmaceutical technology The conventional process for developing new medicines involves selecting combinations of various types of factors that impact numerous properties of the final dosage form. This scenario is well-suited for using methods from the statistical field of design of experiments (DoE). Currently, the latest publications on pharmaceutical technology related to the development of new dosage forms are increasingly beginning to incorporate experimental design techniques, which are the subject of study in this work. This interdisciplinary dissertation thesis is an annotated summary of the publication and research activities of the author and aims to explore the DoE approaches focusing on their practical applications within the realm of pharmaceutical technology; to apply the selected techniques in actual processes of pharmaceutical technology; and to present a review of the most useful...Department of Biophysics and Physical ChemistryKatedra biofyziky a fyzikální chemieFarmaceutická fakulta v Hradci KrálovéFaculty of Pharmacy in Hradec Králov
Teorie a aplikace postupu DoE (planovani experimentu) ve farmaceuticke technologii
Full text linkUniverzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra: Katedra farmaceutické technologie Katedra biofyziky a fyzikální chemie Kandidát: Mgr. Julie Maruška Školitel: doc. Dipl.-Math. Erik Jurjen Duintjer Tebbens, Ph.D. Konzultant: doc. PharmDr. Zdeňka Šklubalová, Ph.D. Název disertační práce: Teorie a aplikace postupu DoE (plánovaní experimentů) ve farmaceutické technologii Tradiční proces vývoje nových přípravků zahrnuje výběr kombinací různých typů faktorů ovlivňujících řadu vlastností konečné lékové formy. Tato situace je vhodná pro použití metod z oblasti statistického plánovaní experimentů (DoE). V současné době začínají nejnovější publikace v oblasti farmaceutické technologie týkající se vývoje nových lékových forem stále více začleňovat techniky plánovaní experimentů, které jsou předmětem studia v této práci. Tato interdisciplinární disertační práce je anotovaným shrnutím publikací a výzkumných aktivit autora a klade si za cíl zkoumat postupy DoE zaměřené na jejich praktické využití v oblasti farmaceutické technologie; aplikovat vybrané techniky na reálné postupy farmaceutické technologie; a představit přehled nejúčinnějších DoE technik pro implementaci ve výzkumu v oblasti farmaceutické technologie. V prvním publikovaném článku jsme provedli retrospektivní analýzu získaných dat...Charles University, Faculty of pharmacy in Hradec Králové Department: Department of Pharmaceutical Technology Department of Biophysics and Physical Chemistry Candidate: Mgr. Julie Maruška Supervisor: Assoc. Prof. Dipl.-Math. Erik Jurjen Duintjer Tebbens, Ph.D. Consultant: Assoc. Prof. PharmDr. Zdeňka Šklubalová, Ph.D. Title of dissertation: Theory and applications of DoE (design of experiments) in pharmaceutical technology The conventional process for developing new medicines involves selecting combinations of various types of factors that impact numerous properties of the final dosage form. This scenario is well-suited for using methods from the statistical field of design of experiments (DoE). Currently, the latest publications on pharmaceutical technology related to the development of new dosage forms are increasingly beginning to incorporate experimental design techniques, which are the subject of study in this work. This interdisciplinary dissertation thesis is an annotated summary of the publication and research activities of the author and aims to explore the DoE approaches focusing on their practical applications within the realm of pharmaceutical technology; to apply the selected techniques in actual processes of pharmaceutical technology; and to present a review of the most useful...Department of Biophysics and Physical ChemistryKatedra biofyziky a fyzikální chemieFarmaceutická fakulta v Hradci KrálovéFaculty of Pharmacy in Hradec Králov
Matrix computations for mixtures and solutions
Full text linkCharles University in Prague, Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Department of Biophysics and Physical Chemistry Candidate: Iveta Voborníková Thesis supervisor: doc. Dipl.-Math. Erik Jurjen Duintjer Tebbens, Ph.D. Title of diploma thesis: Matrix computations for mixtures and solutions In this work, we determined drug concentrations from mixtures using multicompo- nent analysis without separating them. The condition was the knowledge of the molar absorption coefficients of individual drugs for certain wavelenghts. To do this, we used tools from matrix calculations, especially the Moore-Penrose inverse, and we were in- terested in whether we would achieve more accurate results using standard, square systems or overdetermined systems of linear equations. Based on the results, we came to the conclusion that there is no dependence between the accuracy of the results and the number of wavelengths used. Only in some cases did the results appear to be more accurate when using overdetermined systems with a higher number of wavelengths. Keywords: mixtures, solutions, linear systems, least squares problems, Moore-Penrose pseudoinverses 1Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biofyziky a fyzikální chemie Kandidát: Iveta Voborníková Vedoucí diplomové práce: doc. Dipl.-Math. Erik Jurjen Duintjer Tebbens, Ph.D. Název diplomové práce: Maticové výpočty pro roztoky a směsi vícesložkové V této práci jsme stanovili koncentrace léčiv ze směsí pomocí multikomponentní analýzy, aniž bychom je od sebe oddělili. Podmínkou byla znalost molárních absorpč- ních koeficientů jednotlivých léčiv při určitých vlnových délkách. K tomu jsme použili nástroje z maticových výpočtů, zejména Moore-Penroseovu inverzi, a zajímalo nás, zda dosáhneme přesnějších výsledků s využitím přesně určených systémů nebo přeurčených systémů lineárních rovnic. Na základě zjištěných výsledků jsme došli k závěru, že neexistuje závislost mezi přesností výsledků a využitým počtem vlnových délek. Pouze v některých případech se jevilo přesnější dosažení výsledků při použití přeurčených systémů s vyšším počtem vlnových délek. Klíčová slova: směsi, roztoky, lineární soustavy, problémy nejmenších čtverců, Moore- Penroseova pseudoinverze 1Department of Biophysics and Physical ChemistryKatedra biofyziky a fyzikální chemieFaculty of Pharmacy in Hradec KrálovéFarmaceutická fakulta v Hradci Králov
Theory and applications of DoE (design of experiments) in pharmaceutical technology
No full textCharles University, Faculty of pharmacy in Hradec Králové Department: Department of Pharmaceutical Technology Department of Biophysics and Physical Chemistry Candidate: Mgr. Julie Maruška Supervisor: Assoc. Prof. Dipl.-Math. Erik Jurjen Duintjer Tebbens, Ph.D. Consultant: Assoc. Prof. PharmDr. Zdeňka Šklubalová, Ph.D. Title of dissertation: Theory and applications of DoE (design of experiments) in pharmaceutical technology The conventional process for developing new medicines involves selecting combinations of various types of factors that impact numerous properties of the final dosage form. This scenario is well-suited for using methods from the statistical field of design of experiments (DoE). Currently, the latest publications on pharmaceutical technology related to the development of new dosage forms are increasingly beginning to incorporate experimental design techniques, which are the subject of study in this work. This interdisciplinary dissertation thesis is an annotated summary of the publication and research activities of the author and aims to explore the DoE approaches focusing on their practical applications within the realm of pharmaceutical technology; to apply the selected techniques in actual processes of pharmaceutical technology; and to present a review of the most useful..
Theory and applications of DoE (design of experiments) in pharmaceutical technology
No full textCharles University, Faculty of pharmacy in Hradec Králové Department: Department of Pharmaceutical Technology Department of Biophysics and Physical Chemistry Candidate: Mgr. Julie Maruška Supervisor: Assoc. Prof. Dipl.-Math. Erik Jurjen Duintjer Tebbens, Ph.D. Consultant: Assoc. Prof. PharmDr. Zdeňka Šklubalová, Ph.D. Title of dissertation: Theory and applications of DoE (design of experiments) in pharmaceutical technology The conventional process for developing new medicines involves selecting combinations of various types of factors that impact numerous properties of the final dosage form. This scenario is well-suited for using methods from the statistical field of design of experiments (DoE). Currently, the latest publications on pharmaceutical technology related to the development of new dosage forms are increasingly beginning to incorporate experimental design techniques, which are the subject of study in this work. This interdisciplinary dissertation thesis is an annotated summary of the publication and research activities of the author and aims to explore the DoE approaches focusing on their practical applications within the realm of pharmaceutical technology; to apply the selected techniques in actual processes of pharmaceutical technology; and to present a review of the most useful..
The small sample size problem in gene expression tasks
Full text linkCharles University in Prague Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Department of Biophysics and Physical Chemistry Candidate: Savvas Athanasiadis Supervisor: Jurjen Duintjer Tebbens Title of diploma thesis: The small sample size problem in gene expression tasks The thesis addresses classification of genes to tumor types based on their gene expression signatures. The number of variables (amino-acids) to be inves- tigated is typically very high (in the thousands) while it is expensive and time- consuming to analyze a high number of genes; usually at most tens of them are available. The combination of a small sample size with a large number of variables makes standard statistical classification methods inappropriate. The thesis focuses on a modification of a standard classification method, Fisher's linear discriminant analysis, for the case where the number of samples is smaller than the number of variables. It proposes an improved strategy to test this modified method with leave-one-out cross validation. Using so- called low rank updates of the involved covariance matrices, the computational costs of the cross validation process can be reduced by an order of magnitude. Memory demands are reduced as well
Objevování léčiv založené na strukturních metodách: výpočetní pohled na agonisty receptoru TGR5 a substituované katecholové vazodilátory.
Full text linkUniverzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra: Katedra biofyziky a fyzikální chemie Kandidát: Rudy Salam, M.Biomed Školitel: Assoc. Prof. Dipl.-Math. Erik Jurjen Duintjer Tebbens, Ph.D. Konzultant: Assoc. Prof. PharmDr. Jan Zitko, Ph.D. Název disertační práce: Objevování léčiv založené na strukturních metodách: výpočetní pohled na agonisty receptoru TGR5 a substituované katecholové vazodilátory Počítačem podporovaný návrh léčiv (CADD) urychluje a zefektivňuje vývoj léčiv prostřednictvím integrace výpočetních přístupů. Objevování léčiv založené na strukturních metodách (SBDD), základní kámen racionálního návrhu léčiv, identifikuje vůdčí sloučeniny na základě jejich interakcí ve vazebném místě receptoru. V teoretické části této disertační práce popisuji základní principy a metody SBDD, jako jsou molekulární dokování, farmakoforové vyhledávání a molekulové dynamiky (MD). Tato interdisciplinární disertační práce komentuje publikace doktoranda a ukazuje jako příklad implementaci výpočetních metod na příkladu dvou projektů: 1. Objevování nových agonistů Takeda G protein-coupled receptoru 5 (TGR5) kombinací farmakoforového vyhledávání, molekulárního dokování a MD simulací. 2. Využití molekulárního dokování k objasnění molekulárního cíle substituovaných katecholů s vazodilatačním...Katedra biofyziky a fyzikální chemieDepartment of Biophysics and Physical ChemistryFarmaceutická fakulta v Hradci KrálovéFaculty of Pharmacy in Hradec Králov
Recommended from our members
Yearbook of Private International Law.
No full textWith articles by Harry Duintjer Tebbens, David Goddard, Christoph Bernasconi, Bertrand Ancel and Frank Gerhard, Private International Law Issues in World War II Era Litigation, national reports from Germany and news from The Hague as well as texts, materials and recent developments
- …
