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Effect of X chromosome on the estimated genetic parameters for growth traits in Nelore cattle
No full textMost studies involving genomic data in animal breeding use only the effects of autosomal chromosome markers, excluding the sex chromosomes. However, the X chromosome is the second largest chromosome in the bovine genome, and several economically important traits are sexually dimorphic, such as those related to growth. Therefore, the objective of this study was to evaluate whether there are predictive advantages for genetic parameters when including genomic markers from the X chromosome for yearling weight (YW) and postweaning gain (PWG) in Nellore cattle. Genetic parameter estimates were obtained under three scenarios: (1) only pedigree and phenotypic information; (2) pedigree, phenotypes, and autosomal chromosome markers; and (3) pedigree, phenotypes, autosomal chromosome markers, and X chromosome markers. Analyses were carried out using Bayesian inference with BLUPF90 family software. The heritability estimates obtained and their respective standard errors were 0.41 ± 0.004 for YW and 0.21 ± 0.004 for PWG. No differences were observed among the three scenarios tested for either trait. Therefore, the inclusion of the X chromosome did not influence the estimates of genetic parameters for these growth traits in Nellore cattle. Nevertheless, further molecular and genomic studies on the bovine X chromosome are still needed to explain the genetic effects and biological functions associated with this chromosome and with different traits of economic interest, as well as to justify whether or not to include the X chromosome in genomic prediction analyses.A maioria dos estudos envolvendo dados genômicos no melhoramento animal utiliza apenas os efeitos de marcadores dos cromossomos autossômicos, excluindo os cromossomos sexuais. Entretanto, o cromossomo X é o segundo maior cromossomo do genoma bovino e diversas características de valor econômico são dimórficas sexualmente, como as relacionadas ao crescimento. Por isso, o objetivo deste estudo foi avaliar se há vantagens preditivas para parâmetros genéticos ao incluir marcadores genômicos do cromossomo X para o peso ao sobreano (PS) e o ganho de peso da desmama ao sobreano (GPDS) em bovinos Nelore. As estimativas dos parâmetros genéticos foram realizadas em três cenários: (1) apenas informações de pedigree e fenótipos; (2) pedigree, fenótipos e marcadores dos cromossomos autossômicos; e (3) pedigree, fenótipos e marcadores dos cromossomos autossômicos e marcadores do cromossomo X. As análises foram realizadas por inferência bayesiana, utilizando softwares da família BLUPF90. As estimativas de herdabilidade obtidas e seus respectivos desvios-padrão foram de 0,41 ± 0,004 para PS e 0,21 ± 0,004 para GPDS.
Não houve diferença entre os três cenários testados para ambas as características.
Portanto, a inclusão do cromossomo X não influenciou as estimativas de parâmetros genéticos para essas características de crescimento em bovinos Nelore. Entretanto, mais estudos moleculares e genômicos sobre o cromossomo X em bovinos ainda são necessários para explicar os efeitos genéticos e as funções biológicas associada a esse cromossomo e às diferentes características de interesse econômico, bem como para justificar a inclusão ou não do cromossomo X em análises de predição genômica
Ação hormonal da leptina em ruminantes.
No full textA leptina, chamada de hormônio da obesidade, é produzida e secretada pelos adipócitos. É um hormônio capaz de alterar o consumo de alimento e o gasto de energia, por parte do animal, pois informa o cérebro sobre a quantidade de energia armazenada em forma de gordura. Propõe-se, nesta Documentos, explicar a ação da leptina em ruminantes. O trabalho apresenta os seguintes tópicos: Polimorfismos no gene da leptina; Expressão gênica da leptina; Os receptores da leptina; Controle do apetite pela leptina; Modulação fisiológica da leptina; Ação da leptina sobre a reprodução
Associação e seleção genômica para características relacionadas à eficiência reprodutiva de fêmeas da raça Nelore
No full textAs características reprodutivas são fundamentais ao melhoramento genético de bovinos de corte, pois impõem limites à intensidade de seleção, determinam o intervalo entre gerações e estão diretamente relacionadas com a economia do sistema. Com relação às fêmeas, um desafio é a identificação de características facilmente mensuráveis que sejam geneticamente relacionadas com a fertilidade. Objetivou-se com este estudo detectar polimorfismos de DNA associados a características reprodutivas de fêmeas da raça Nelore, bem como a avaliação de modelos para predição de valores genéticos a partir de dados genômicos. Para tanto, foram genotipadas 1853 fêmeas nascidas entre 2007 e 2009, utilizando-se SNPs de alta densidade Illumina Bovine HD assay (Illumina, San Diego, CA, USA), e após a o controle de qualidade, foram utilizados 305.348 SNPs. No Capítulo 2, aplicou-se o modelo BAYESCπ para estimar os efeitos de marcadores e associá-los às características dias para o primeiro parto (DPP) e reconcepção de fêmeas primíparas (REC). Foram encontrados 42 SNPs significativos associados à REC e 13 para DPP. Esses SNPs explicam 11,32% da variância fenotípica da característica reconcepção de fêmeas primíparas e 3,48% da variância fenotípica da característica dias para o primeiro parto. Esses resultados permitirão montar painéis de baixa densidade específicos para a raça Nelore. No Capítulo 3, foram utilizados três modelos para estimação dos efeitos dos marcadores (para as características reconcepção de fêmeas primíparas, dias para o primeiro parto, idade ao primeiro parto e ocorrência de prenhez precoce): melhor estimador linear não viesado (GBLUP), BAYESCπ e Improved Bayesian least absolut shrinkage and selection operator (IBLASSO). As definições de variável dependente foram: a medida direta do fenótipo; fenótipo corrigido, valor genético e valor...Reproductive traits are fundamental to genetic improvement of beef cattle as they impose limits on the selection intensity, determine the generation interval and are directly related to the economy of the system. With respect to the females, a challenge is to identify traits that are easily measurable and are genetically related to fertility. The objective of this study was to detect DNA polymorphisms associated with reproductive traits in Nellore females, as well as to evaluate models to predict breeding values from genomic data. So, 1853 females born between 2007 and 2009 were genotyped, using high-density SNP Illumina Bovine HD assay ( Illumina , San Diego , CA , USA ), and after quality control , 305,348 SNPs were used. In Chapter 2, BAYESCπ was applied to estimate the marker effects and associate them to the traits days to first calving (DFC), and heifers rebreeding (HR). 42 significant SNPs were associated with HRC and 13 to DFCD. These SNPs explain 11.32 % of the phenotypic variance of the trait HR and 3.48 % of the phenotypic variance of the trait DFC. These results will enable to create lowdensity panels specific to Nellore breed. In Chapter 3 , three models were used to estimate the effects of markers ( for traits heifers rebreeding, days to first calving, age at first calving, and occurrence of early pregnancy) : best linear unbiased estimator (GBLUP) BAYESCπ and Improved Bayesian least absolute shrinkage and selection operator ( IBLASSO ) . The definitions of the dependent variable were the direct measurement of the phenotype; corrected phenotype, breeding value and deregressed breeding value. BAYESCπ was most appropriate for estimation of the effects of SNPs and genomic values for all traits. The estimation of genomic values using the direct measurement of the dependent variable phenotype led to more accurate estimates of the genomic value
Associação e seleção genômica para características relacionadas à eficiência reprodutiva de fêmeas da raça Nelore
No full textAs características reprodutivas são fundamentais ao melhoramento genético de bovinos de corte, pois impõem limites à intensidade de seleção, determinam o intervalo entre gerações e estão diretamente relacionadas com a economia do sistema. Com relação às fêmeas, um desafio é a identificação de características facilmente mensuráveis que sejam geneticamente relacionadas com a fertilidade. Objetivou-se com este estudo detectar polimorfismos de DNA associados a características reprodutivas de fêmeas da raça Nelore, bem como a avaliação de modelos para predição de valores genéticos a partir de dados genômicos. Para tanto, foram genotipadas 1853 fêmeas nascidas entre 2007 e 2009, utilizando-se SNPs de alta densidade Illumina Bovine HD assay (Illumina, San Diego, CA, USA), e após a o controle de qualidade, foram utilizados 305.348 SNPs. No Capítulo 2, aplicou-se o modelo BAYESCπ para estimar os efeitos de marcadores e associá-los às características dias para o primeiro parto (DPP) e reconcepção de fêmeas primíparas (REC). Foram encontrados 42 SNPs significativos associados à REC e 13 para DPP. Esses SNPs explicam 11,32% da variância fenotípica da característica reconcepção de fêmeas primíparas e 3,48% da variância fenotípica da característica dias para o primeiro parto. Esses resultados permitirão montar painéis de baixa densidade específicos para a raça Nelore. No Capítulo 3, foram utilizados três modelos para estimação dos efeitos dos marcadores (para as características reconcepção de fêmeas primíparas, dias para o primeiro parto, idade ao primeiro parto e ocorrência de prenhez precoce): melhor estimador linear não viesado (GBLUP), BAYESCπ e Improved Bayesian least absolut shrinkage and selection operator (IBLASSO). As definições de variável dependente foram: a medida direta do fenótipo; fenótipo corrigido, valor genético e valor...Reproductive traits are fundamental to genetic improvement of beef cattle as they impose limits on the selection intensity, determine the generation interval and are directly related to the economy of the system. With respect to the females, a challenge is to identify traits that are easily measurable and are genetically related to fertility. The objective of this study was to detect DNA polymorphisms associated with reproductive traits in Nellore females, as well as to evaluate models to predict breeding values from genomic data. So, 1853 females born between 2007 and 2009 were genotyped, using high-density SNP Illumina Bovine HD assay ( Illumina , San Diego , CA , USA ), and after quality control , 305,348 SNPs were used. In Chapter 2, BAYESCπ was applied to estimate the marker effects and associate them to the traits days to first calving (DFC), and heifers rebreeding (HR). 42 significant SNPs were associated with HRC and 13 to DFCD. These SNPs explain 11.32 % of the phenotypic variance of the trait HR and 3.48 % of the phenotypic variance of the trait DFC. These results will enable to create lowdensity panels specific to Nellore breed. In Chapter 3 , three models were used to estimate the effects of markers ( for traits heifers rebreeding, days to first calving, age at first calving, and occurrence of early pregnancy) : best linear unbiased estimator (GBLUP) BAYESCπ and Improved Bayesian least absolute shrinkage and selection operator ( IBLASSO ) . The definitions of the dependent variable were the direct measurement of the phenotype; corrected phenotype, breeding value and deregressed breeding value. BAYESCπ was most appropriate for estimation of the effects of SNPs and genomic values for all traits. The estimation of genomic values using the direct measurement of the dependent variable phenotype led to more accurate estimates of the genomic value
Associação e seleção genômica para características relacionadas à eficiência reprodutiva de fêmeas da raça Nelore
No full textAs características reprodutivas são fundamentais ao melhoramento genético de bovinos de corte, pois impõem limites à intensidade de seleção, determinam o intervalo entre gerações e estão diretamente relacionadas com a economia do sistema. Com relação às fêmeas, um desafio é a identificação de características facilmente mensuráveis que sejam geneticamente relacionadas com a fertilidade. Objetivou-se com este estudo detectar polimorfismos de DNA associados a características reprodutivas de fêmeas da raça Nelore, bem como a avaliação de modelos para predição de valores genéticos a partir de dados genômicos. Para tanto, foram genotipadas 1853 fêmeas nascidas entre 2007 e 2009, utilizando-se SNPs de alta densidade Illumina Bovine HD assay (Illumina, San Diego, CA, USA), e após a o controle de qualidade, foram utilizados 305.348 SNPs. No Capítulo 2, aplicou-se o modelo BAYESCπ para estimar os efeitos de marcadores e associá-los às características dias para o primeiro parto (DPP) e reconcepção de fêmeas primíparas (REC). Foram encontrados 42 SNPs significativos associados à REC e 13 para DPP. Esses SNPs explicam 11,32% da variância fenotípica da característica reconcepção de fêmeas primíparas e 3,48% da variância fenotípica da característica dias para o primeiro parto. Esses resultados permitirão montar painéis de baixa densidade específicos para a raça Nelore. No Capítulo 3, foram utilizados três modelos para estimação dos efeitos dos marcadores (para as características reconcepção de fêmeas primíparas, dias para o primeiro parto, idade ao primeiro parto e ocorrência de prenhez precoce): melhor estimador linear não viesado (GBLUP), BAYESCπ e Improved Bayesian least absolut shrinkage and selection operator (IBLASSO). As definições de variável dependente foram: a medida direta do fenótipo; fenótipo corrigido, valor genético e valor...Reproductive traits are fundamental to genetic improvement of beef cattle as they impose limits on the selection intensity, determine the generation interval and are directly related to the economy of the system. With respect to the females, a challenge is to identify traits that are easily measurable and are genetically related to fertility. The objective of this study was to detect DNA polymorphisms associated with reproductive traits in Nellore females, as well as to evaluate models to predict breeding values from genomic data. So, 1853 females born between 2007 and 2009 were genotyped, using high-density SNP Illumina Bovine HD assay ( Illumina , San Diego , CA , USA ), and after quality control , 305,348 SNPs were used. In Chapter 2, BAYESCπ was applied to estimate the marker effects and associate them to the traits days to first calving (DFC), and heifers rebreeding (HR). 42 significant SNPs were associated with HRC and 13 to DFCD. These SNPs explain 11.32 % of the phenotypic variance of the trait HR and 3.48 % of the phenotypic variance of the trait DFC. These results will enable to create lowdensity panels specific to Nellore breed. In Chapter 3 , three models were used to estimate the effects of markers ( for traits heifers rebreeding, days to first calving, age at first calving, and occurrence of early pregnancy) : best linear unbiased estimator (GBLUP) BAYESCπ and Improved Bayesian least absolute shrinkage and selection operator ( IBLASSO ) . The definitions of the dependent variable were the direct measurement of the phenotype; corrected phenotype, breeding value and deregressed breeding value. BAYESCπ was most appropriate for estimation of the effects of SNPs and genomic values for all traits. The estimation of genomic values using the direct measurement of the dependent variable phenotype led to more accurate estimates of the genomic value
Análise de imputação e efeito do cromossomo x na característica reprodutiva em bovinos da Nelore
No full textImputation accuracy among other things depends on the size of the reference panel, the
marker's minor allele frequency (MAF), and the correct placement of variants on the
reference genome assembly. Using high-density genotypes of 3938 Nellore cattle from
Brazil, we investigated the accuracy of imputation from 50K to 777K SNP density,
using map positions determined according to the bovine genome assemblies UMD3.1
and ARS-UCD1.2. We assessed the effect of reference and target panel sizes on the prephasing-based imputation quality using ten-fold cross-validation. Further, we compared
the reliability of the model-based imputation quality score (Rsq) from Minimac3 to
empirical imputation accuracy. The overall accuracy of imputation measured as the
squared correlation between true and imputed allele dosages (R2dose) was virtually
identical using either the UMD3.1 or ARS-UCD1.2 genome assembly. When the size of
the reference panel increased from 250 to 2000, R2dose increased from 0.845 to 0.917,
and the number of polymorphic markers in the imputed data set increased from 586,701
to 618,660. Advantages in both accuracy and marker density were also observed when
larger target panels were imputed, likely resulting from more accurate haplotype
inference. Imputation accuracy and the marker density in the imputed data increased
from 0.903 to 0.913 and from 593,239 to 595,570 when haplotypes were inferred in 500
and 2900 target animals, respectively. The model-based imputation quality scores from
Minimac3 (Rsq) were highly correlated to but systematically higher than empirically
23 estimated accuracies. The correlation between these metrics increased with the size of
the reference panel and MAF of imputed variants. Accurate imputation of BovineHD
BeadChip markers is possible in Nellore cattle using the new bovine reference genome
assembly ARS-UCD1.2. The use of large reference and target panels improves the
accuracy of the imputed genotypes and provides genotypes for more markers
segregating at low frequency for downstream genomic analyses. The model-based
imputation quality score from Minimac3 (Rsq) can be used to detect poorly imputed
variants but its reliability depends on the size of the reference panel used and MAF of
the imputed variants.A precisão da imputação, entre outras coisas, depende do tamanho do painel de
referência, da frequência alélica (MAF) do marcador e do posicionamento correto das
variantes no conjunto do genoma de referência. Usando genótipos de alta densidade de
3938 bovinos Nelore do Brasil, investigamos a precisão da imputação da densidade
SNPs de 50K a 777K, usando as posições determinadas de acordo com os conjuntos de
genoma bovino UMD3.1 e ARS-UCD1.2. Avaliamos o efeito dos tamanhos dos painéis
de referência e alvo na qualidade da imputação baseada em pré-faseamento usando a
validação cruzada de dez vezes. Além disso, avaliamos a confiabilidade do Índice de
qualidade de imputação (Rsq) do Minimac3, o comparando com diferentes medidas de
precisão empírica da imputação. A precisão geral da imputação medida como a
correlação quadrática entre as doses dos alelos verdadeiros e imputados (R2dose) foi
praticamente idêntica usando o conjunto do genoma UMD3.1 ou ARS-UCD1.2.
Quando o tamanho do painel de referência aumentou de 250 para 2000, a R2dose
aumentou de 0,845 para 0,917 e o número de marcadores polimórficos no conjunto de
dados imputados aumentou de 586.701 para 618.660. Também foram observadas
vantagens tanto na precisão quanto na densidade do marcador quando foram imputados
painéis-alvo maiores, provavelmente resultantes da inferência dos haplótipos mais
precisa. A precisão da imputação e a densidade do marcador nos dados imputados
aumentaram de 0,903 para 0,913 e de 593,239 para 595,570 quando haplótipos foram
Research article submitted to the BMC genomics 121 inferidos em 500 e 2900 animais-alvo, respectivamente. Os escores de qualidade de imputação baseados no modelo do Minimac3 (Rsq) foram altamente correlacionados, mas sistematicamente mais altos do que as precisões empiricamente estimadas. A correlação entre as medidas aumentou com o tamanho do painel de referência e do
MAF das variantes imputadas. É possível uma imputação precisa dos marcadores
BovineHD BeadChip em bovinos Nelore usando o novo conjunto de genoma de
referência bovino ARS-UCD1.2. O uso de grandes painéis de referência e alvo melhora
a precisão dos genótipos imputados e fornece genótipos para mais marcadores
segregando em baixa frequência para análises genômicas a jusante. O escore de
qualidade de imputação baseada no modelo do Minimac3 (Rsq) pode ser usada para
detectar variantes mal imputadas, mas sua confiabilidade depende do tamanho do painel
de referência usado e do MAF das variantes imputadas
Associação genômica ampla aplicada a variáveis de carcaça em ovinos Santa Inês.
No full textPrimal carcass cuts such as loin, leg, shoulder, and rib directly affect the commercial
value of the sheep carcass. Thus, this study aimed to carry out a genome wide association
study (GWAS) for primal cuts yields in Santa Inês sheep. A total of 491 lambs were
genotyped with the Illumina Ovine SNP50 BeadChip and recorded for the shoulder, rib,
loin, and leg yields. After the quality control, 490 individuals and 44,996 markers were
used in GWAS analysis, using the WssGBLUB method. The estimates of heritability
were 0.28 ± 0.004 (Loin), 0.32 ± 0.003 (Shoulder), 0.41 ± 0.001 (Rib), and 0.46 ± 0.006
(Leg). A total of 38 genomic windows explained >1% of additive genetic variance (VA)
of primal cuts, which were located in the chromosomes OAR1, 2, 3, 4, 6, 7, 8, 9, 18, 20,
22, 24, and 26 were found. The VA explained were 13.1% (Leg), 18.8% (Shoulder),
19.2% (Loin), and 20.1% (Rib).
The
four
main
GW
peaks
were
found
on
OAR1_36252750:37221480, explaining 6.4% of VA for rib yield, OAR8_
14238752:15227417,
explaining
5.1%
of
VA
for
shoulder
yield,
OAR18
_60775598:61772991, explaining 5.8% of VA for loin yield, and OAR20_
18853816:19834355 explaining 2.6% of VA for leg yield. 307 protein coding genes were
found, being 69, 61, 89, and 88 genes in the GWS for loin, rib, shoulder, and leg yields,
respectively. Functional annotation analysis was carried out for these protein-coding
genes, which found the neuroactive ligand-receptor interaction pathway as the only one
significant pathway (P-value = 2.0E-7). Top five candidate genes were as follows:
VEGFA, FGFR1, SLC2A1, TRND, and MIR29A, which has a key role in muscle growth.
Further studies involving sequencing of these genes may be performed to identify the
causal variants for the primal cut yields.Cortes primários da carcaça, como lombo, pernil, paleta e costela afetam diretamente o
valor comercial da carcaça dos ovinos. Assim, este trabalho teve como objetivo realizar
um estudo de associação genômica ampla (GWAS) para o rendimento de cortes
comerciais da carcaça de ovinos Santa Inês. Um total de 491 cordeiros foram genotipados
com o Illumina Ovine SNP50 BeadChip e mensurados para os rendimentos de paleta,
costela, lombo e pernil. Após o controle de qualidade, 490 animais e 44.996 marcadores
foram utilizados na análise GWAS, pelo método WssGBLUB. As estimativas de
herdabilidade foram 0,28 ± 0,004 (lombo), 0,32 ± 0,003 (paleta), 0,41 ± 0,001 (costela) e
0,46 ± 0,006 (pernil). Um total de 38 janelas genômicas explicaram > 1% da variância
genética aditiva (VA) dos cortes comerciais, as quais foram localizadas nos cromossomos
OAR1, 2, 3, 4, 6, 7, 8, 9, 18, 20, 22, 24 e 26. Os VA explicados foram 13,1% (Pernil),
18,8% (Paleta), 19,2% (Lombo) e 20,1% (Costela). Os quatro principais picos foram
encontrados nas janelas OAR1_36252750:37221480 (6,4% de VA para costela), OAR8_
14238752:15227417 (5,1% de VA paleta), OAR18 _60775598:61772991 (5,8% de VA
para lombo) e OAR20_ 18853816:19834355 (2,6% de VA para pernil). Foram
encontrados 307 genes codificadores de proteínas, sendo 69, 61, 89 e 88 genes nas janelas
relacionadas com lombo, costela, paleta e pernil, respectivamente. A análise de anotação
funcional foi realizada para esses genes, o que resultou na identificação da via de
interação ligante-receptor neuroativa como a única via significativa (P = 2,0E-7). Os
cinco principais genes candidatos foram os seguintes: VEGFA, FGFR1, SLC2A1, TRND
e MIR29A, os quais tem um papel fundamental no crescimento muscular. Futuros estudos
envolvendo o sequenciamento desses genes necessitam ser realizados para identificar as
variantes causais que afetam os rendimentos de corte comerciais em ovinos Santa Inês
The asip gene and coat color in pega donkeys
No full textDonkeys (Equus asinus) were domesticated in Africa and introduced to Brazil during the colonial period, giving rise to the Pêga breed, recognized for its morphofunctional qualities, hardiness, and broad diversity of coat colors—a trait valued for both its aesthetic appeal and adaptive potential. Among the genes involved in coat color determination, the ASIP gene stands out, as it regulates the synthesis of eumelanin (dark pigment) and pheomelanin (light pigment), being the second most important gene in pigmentation in mammals. In this context, the objective of this study was to characterize the ASIP gene and investigate its relationship with coat color patterns in the Pêga breed. Nineteen coat color variations were evaluated in animals registered with the Brazilian Association of Pêga Donkey Breeders (ABCJPêga). DNA was extracted from tail hair follicles, followed by amplification of the three ASIP exons by PCR and sequencing. The sequences obtained were aligned using CodonCode Aligner and compared to the reference genome (NCBI NC_052191.1). For the previously reported SNP, c.349T>C, all animals showed the T/T genotype, confirming the presence of the Light Points (LP) phenotype. This is consistent with Pêga donkey coat patterns that exhibit light areas on the muzzle and belly, regardless of the overall coat color. No other variants were identified in the analyzed exons, suggesting that ASIP is not involved in the tonal differences observed in the breed. These findings indicate that coat color in Pêga donkeys is regulated by yet unknown genetic mechanisms and highlight the need for studies involving new candidate genes and broader genomic approaches to better understand the genetic architecture of this complex traitOs jumentos (Equus asinus) foram domesticados na África e introduzidos no Brasil durante o período colonial, originando a raça Pêga, reconhecida por suas qualidades morfofuncionais, rusticidade e ampla diversidade de pelagens, característica valorizada por seu apelo estético e potencial adaptativo. Entre os genes envolvidos na determinação da coloração, destaca-se o ASIP, que regula a síntese de eumelanina (pigmento escuro) e feomelanina (pigmento claro), sendo o segundo gene mais importante na pigmentação em mamíferos. Diante isso, objetivou-se caracterizar o gene ASIP e investigar sua relação com os padrões de pelagem na raça Pêga. Foram avaliadas 19 variações de pelagem em animais registrados na Associação Brasileira dos Criadores do Jumento Pêga (ABCJPêga). O DNA foi extraído de folículos caudais, seguido da amplificação dos três éxons do ASIP por PCR e sequenciamento. As sequências obtidas foram alinhadas no CodonCode Aligner e comparadas ao genoma de referência (NCBI NC_052191.1). Para o SNP previamente relatado, c.349T>C, todos os animais apresentaram o genótipo T/T, confirmando a presença do fenótipo Light Points (LP). Isso é condizente com as pelagens do Jumento Pêga que possuem essas áreas claras de focinho e ventre, independente da coloração da pelagem. Nenhuma outra variante foi identificada nos éxons analisados, sugerindo que o ASIP não está envolvido nas diferenças de tonalidade observadas na raça. Esses achados indicam que a coloração da pelagem nos jumentos Pêga é regulada por mecanismos genéticos ainda desconhecidos e reforçam a necessidade de estudos com novos genes candidatos e abordagens genômicas amplas para compreender a arquitetura genética dessa característica complexa
Polimorfismos nos genes MYOD1, MYF5, MYF6, MIOG E MIOST e seus efeitos sobre qualidade de carne em ovinos Santa Inês
No full textO objetivo desta pesquisa foi identificar, em até 192 ovinos Santa Inês, polimorfismos nos genes MyoD1 (Diferenciador Miogênico 1), MyoG (Miogenina), MyF5 (Fator Miogênico 5), MyF6 (Fator Miogênico 6) e MSTN (Miostatina) e verificar se estão associados a características que evidenciam qualidade de carne. Amostras de longissumos dorsi de cada animal foram avaliadas para pH pós-abate (pH0) e 24 horas pós-abate (pH24), intensidades de luminosidade (L*), vermelho (a*) e amarelo (b*), capacidade de retenção de água (CRA) e força de cisalhamento da carne. Amostras de DNA foram extraídas e procedeu-se o sequenciamento de fragmentos contendo 2.428, 1.836, 2.813, 1,150, and 2.575 pares de base nos genes MyoD1, MyoG, MyF5, MyF6 e MSTN, respectivamente. Nas regiões sequenciadas foram identificados 59, 24, 51, 4 e 10 polimorfismos, respectivamente. Os SNPs g.34302419T>G e g.34303049G>T do gene MyoD1, g.197088C>T, g.197660G>A, g.197710A>G e g.197845C>G do gene MyoG, g.116445837T>G do gene MyF6 e g.118141035G>A do gene MSTN apresentaram ao menos efeito aditivo sugestivo (P G no gene MyoD1 e g.197088C>T no gene MyoG apresentaram efeito significativo ao nível da correção de Bonferroni para força de cisalhamento e a*, respectivamente. Portanto, SNPs na família MyoD e no gene MSTN podem fornecer informações úteis para seleção de ovinos da raça Santa Inês, visando a melhoria da qualidade de carne.This study aimed to identify polymorphisms in the MyoD1 (myogenic differentiation 1), MyoG (myogenin), MyF5 (myogenic factor 5), MyF6 (myogenic factor 6) and MSTN (myostatin) genes and testing association with meat quality traits in 192 Santa Ines sheep. Longissumos muscle samples of each animal were evaluated for pH post-slaughter (pH0) and pH 24 hours post-slaughter (pH24), luminosity (L*), red (a*) and yellow (b*) Minolta parameters, water holding capacity (WHC) and meat shear force. We sequenced a target area containing 2,428, 1,836, 2,813, 1,150, and 2,575 base pairs in the MyoD1, MyoG, MyF5, MyF6 and MSTN genes, respectively, and 59, 24, 51, 4 and 10 polymorphisms were identified, respectively. The SNPs g.34302419T>G and g.34303049G>T (MyoD1), g.197088C>T, g.197660G>A, g.197710A>G and g.197845C>G (MyoG), g.116445837T>G (MyF6), and g.118141035G>A (MSTN) had at least suggestive additive effect (P G (MyoD1) and g.197088C>T (MyoG) had significant effect at the Bonferroni level for shear force and a*, respectively. Therefore, SNPs in the MyoD family genes and in the MSTN gene might provide useful information in the marker-assisted selection of Santa Ines sheep for the improving meat quality traits.
Keyword:
biotechnology;genetics;molecular markers;animal breeding;sequencingCONS NAC DE DESENVOLVIMENTO CIENTIFICO E TECNOLOGICO - CAPE
Efeitos fixos que influenciam a eficiência reprodutiva de ovelhas Santa Inês.
No full textEsse estudo objetivou analisar os efeitos fixos que influenciam a eficiência reprodutiva de ovelhas da raça Santa Inês. Foram utilizadas informações fenotípicas do banco de dados de um rebanho da raça. A eficiência reprodutiva individual das matrizes foi avaliada através do índice calculado pela divisão do peso ao desmame da ninhada de cordeiros pelo peso vivo da matriz ao parto. Os efeitos fixos foram analisados com a utilização de um modelo misto com medida repetida do índice de eficiência reprodutiva individual das ovelhas. Assim, os efeitos fixos que afetaram o índice reprodutivo das ovelhas Santa Inês foram sexo do cordeiro, tipo de parto e ano de nascimento do cordeiro, sendo necessários sua inclusão para avaliação da performance reprodutiva de ovelhas a ser feita posteriormente
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