1,721,040 research outputs found
Representación de aspectos dinámicos de la regulación genética : evaluación de la red de regulación de E. coli a traves de datos de microarreglos
No full textLa posicion del motivo de union al DNA como indicador funcional y evolutivo en reguladores transcripcionales
No full textEstrategias para mejorar la deteccion de sitios reguladores cis de la proteina Sp1 en DNA de vertebrados
No full textReconocimiento computacional de elementos Cis de la proteina GAL4 en Saccharomyces cerevisiae : comparacion de algoritmos y aplicaciones
No full text
Mapeo genómico de regulación transcripcional y metabolismo describe unidades de procesamiento de información en Escherichia coli K-12
No full textAdecuación automática de términos biomédicos para personas no expertas: el caso de los informes médicos
No full textLa terminología utilizada en los textos médicos especializados pone en desventaja al paciente, quien no siempre logra comprender lo que lee pues carece del conocimiento necesario. La presente tesis doctoral describe una investigación aplicada que se sirve de la Teoría Comunicativa de la Terminología (Cabré, 1999), concretamente del Principio de adecuación, como fundamento teórico. El objetivo que persigue es generar automáticamente informes médicos más comprensibles para personas no expertas, adecuando la terminología contenida en ellos. Para lograrlo, se realizó un estudio de las necesidades del público objetivo y, con base en ello, se desarrolló una herramienta informática que construye una versión enriquecida a partir de un informe médico original. Esta herramienta aplica técnicas de simplificación léxica y hace uso de recursos terminológicos clínicos existentes. Los resultados de la evaluación muestran que las personas comprendieron mejor el informe médico enriquecido por nuestra herramienta que el informe médico original. Confirmamos así la importancia de adecuar la terminología al perfil del público objetivo, y la viabilidad de utilizar la informática para hacerlo de forma automática.La terminologia que s’utilitza en els textos mèdics especialitzats posa en desavantatge el pacient, que no sempre aconsegueix comprendre el que llegeix, ja que no té el coneixement especialitzat necessari. Aquesta tesi doctoral descriu una investigació aplicada que es serveix de la Teoria Comunicativa de la Terminologia (Cabré, 1999), concretament del Principi d’adequació, com a fonament teòric. L’objectiu que persegueix és generar automàticament informes mèdics més comprensibles per a persones no expertes, adequant-hi la terminologia continguda. Per aconseguir-ho, es va fer un estudi de les necessitats del públic objectiu i, partint d'això, es va desenvolupar una eina informàtica que construeix una versió enriquida a partir d'un informe mèdic original. Aquesta eina aplica tècniques de simplificació lèxica i fa ús de recursos terminològics clínics existents. Els resultats de l’avaluació mostren que les persones comprenen millor l'informe mèdic prèviament enriquit per la nostra eina informàtica que l’informe mèdic original. Així, confirmem la importància d’adequar la terminologia al perfil del públic objectiu i la viabilitat d’utilitzar la informàtica per a fer-ho de manera automàtica.The terminology used in specialized medical texts puts patients at a disadvantage, who do not always understand what they read because they lack the necessary knowledge. This doctoral thesis describes an applied research that relies on the Communicative Theory of Terminology (Cabré, 1999), specifically the Principle of adequacy, as the theoretical foundation. Its objective is to automatically generate more understandable medical reports for non-experts by adapting the terminology contained in them. To achieve it, a study of the needs of the target audience was carried out; and based on this; a computer tool to build an enriched version from an original medical report was developed. This tool applies lexical simplification techniques and uses existing clinical terminology resources. The evaluation findings show that people understood the medical report enriched by our tool better compared to the original medical report. We thus confirm the importance of adapting the terminology to the target audience and the feasibility of using information technologies to do so automatically.Programa de doctorat en Traducció i Ciències del Llenguatg
Prediccion de residuos funcionalmente importantes en el dominio de union al ligando de la familia de factores transcripcionales Crp/Fnr en bacterias
No full textModeling and simulation of genetic regulation systems
Get PDFTesis (Doctorado en Control y Sistemas Dinámicos)"Los modelos físicos y matemáticos son herramientas indispensables en el procesamiento de información biológica de la célula viva; desde una vía de señalización simple hasta una red compleja regulatoria. La predicción de modelos detallados de grandes redes podrá revolucionar la forma en que los investigadores estudian las enfermedades complejas; así como el diseño de nuevos medicamentos. En esta tesis se hace un esfuerzo para presentar dos diferentes escalas de redes de genes. Primero, mostramos las ventajas de la simulación Monte Carlo, y segundo, aplicamos un análisis simple dinámico en el campo de los circuitos genéticos elementales. En este sentido, trabajamos dos problemas principales en dos escalas diferentes de redes de genes: i) el proceso de clustering en redes genéticas usando el modelo de Potts y ii) el comportamiento dinámico controlado de pequeños circuitos de genes. Con respecto al primer inciso, analizamos el clustering de tales redes considerando los datos de expresión de microarreglos que definen las dimensiones en la red. Como una idea novedosa, introducimos la definición de entropía como una condición fundamental que todo algoritmo de clustering debe satisfacer. Considerando nuestro uso del modelo espinorial de Potts a la expresión de genes, introducimos una interacción dependiente de la distancia entre puntos vecinos siguiendo las ideas de Domany y colaboradores. Concerniente a las pequeñas redes de genes, se emplearon dos observadores para monitorear el desarrollo de esos procesos fundamentales en detalle. Es importante mencionar que una de las publicaciones logradas por este trabajo fue incluida en la lista seleccionada de tópicos contemporáneos en áreas de física biológica de la revista de investigación Virtual Journal of Biological Physics en Agosto 2005 (Vol.10, Issue 3).""As the Biology of information processing in the living cell shifts from study of single signal transduction pathways to increasingly complex regulatory networks, physical and mathematical models become indispensable tools. Detailed predictive models of large genetic networks could revolutionize the ways the researchers study complex diseases as well as the design of modern medication. In this thesis, an attempt is made to present two different levels of description in models of genetic networks. First we show the advantages of Monte Carlo simulations and second, we apply simple dynamical analysis to the field of elementary genetic circuits. In these sense, we work on two main problems at two different scales: i) the gene clustering process of large genetic network using Potts model and ii) the much better controlled dynamical behavior of small genetic circuits. With respect to the first issue, we analyze the clustering that can occur in such networks as revealed by the microarray gene expression data defining the edge lengths of the network. As a novel idea, we use entropy to impose a basic condition that all clustering algorithm must satisfy. Regarding our usage of the Potts spin model to the gene expression data points, we introduce a distance-depending interaction between neighboring points following ideas of Domany and his collaborators. Concerning the small genetic circuits, the potential employment of two Observers for monitoring these fundamental processes is developed in detail. It is worth mentioning that the published version of the latter development was included in the selected list of contemporary topical areas in biological physics studies of the Virtual Journal of Biological Physics research in August 2005 (Vol. 10, No. 3).
A global analysis of the distance to transcription initiation of binding sites in bacterial promoters
No full textNon UBCUnreviewedAuthor affiliation: UNAMFacult
- …
