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MTG-Audio Problems Detection on Sound Collections
No full text<p>Manual annotation for the Audio Tagging Competition 2019 (<a href="https://www.kaggle.com/c/freesound-audio-tagging-2019">https://www.kaggle.com/c/freesound-audio-tagging-2019</a>) for audio problems described in Victor Badenas' Thesis from <a href="https://github.com/pirulok02/MTG-Audio-Problems-Detection">https://github.com/pirulok02/MTG-Audio-Problems-Detection</a></p>
Caracterización de variantes genómicas. Aplicación de nuevas tecnologías al estudio del retraso mental.
No full text[spa] Estudios recientes han permitido estimar que aproximadamente un 5% del genoma consiste en duplicaciones segmentarias (DS), secuencias de entre 1-100 kb con un nivel de similitud de más del 95% (Eichler, 2001). Las regiones flanqueadas por duplicaciones segmentarias son susceptibles de sufrir reordenamientos mediante recombinación homóloga no alélica y se ha hipotetizado que estas regiones representan puntos calientes de inestabilidad genómica propensos a variación en número de copia (CNVs). Esta variación estructural (deleciones, duplicaciones e inversiones) representa una fuerza mutacional infravalorada en la contribución a las enfermedades genéticas, y en particular en los loci susceptibles a retraso mental. La aparición de nuevas tecnologías como los arrays de CGH o el MLPA permiten el análisis de alta resolución para la identificación de alteraciones genéticas y variaciones en número de copia a nivel de todo el genoma. La aplicación de estas tecnologías ha permitido, recientemente, establecer la implicación de microdeleciones y microduplicaciones en diversas enfermedades genéticas, como por ejemplo el retraso mental (RM). Las técnicas convencionales (cariotipo, FISH, CGH o PCR) de las que disponemos actualmente para el estudio de enfermedades genéticas como el retraso mental no son los suficientemente sensibles para la detección de reordenamientos submicroscópicos. Disponiendo de la tecnología y el material adecuado, es posible la caracterización molecular nuevas variantes geonómicas en retraso mental. Debido a la gran cantidad de casos de RM en los que se desconoce su etiología, el objetivo principal de esta tesis ha sido la caracterización de variantes genómicas responsables de RM aplicando nuevas tecnologías: aCGH del cromosoma X y MLPA. El MLPA se basa en la detección simultánea del número de copias de una secuencia específica mediante la hibridación genómica del DNA con una mezcla de sondas específicas. La cantidad relativa del producto amplificado se correlaciona con el número de copias de la secuencia diana de esa sonda. Por otro lado, los arrays de CGH permiten detectar reordenamientos cromosómicos desequilibrados de <1 Mb. Con el uso de clones genómicos distribuidos de forma que cubran la totalidad del cromosoma X se puede generar un array específico que permitirá obtener un cariotipo molecular de este cromosoma a nivel de 100kb, lo que permitirá detectar microdeleciones, microduplicaciones e inversiones del cromosoma X. Esta parte del proyecto que incluye tanto el diseño, la construcción y validación del array como la hibridación de las muestras se realiza de forma coordinada con el Centro de Regulación de Barcelona (CRG).Para este estudio se seleccionaron pacientes procedentes de familias con herencia compatible con un RM ligado al cromosoma X. Estas familias procedían del Departamento de Bioquímica y Genética Molecular del Hospital Clínico de Barcelona y del grupo GIRMOGEN (Grupo Investigación Retraso Mental de Origen Genético). A todos ellos se les había realizado previamente un cariotipo, se había descartado la expansión del triplete CGG el gen FMR1, responsable del Síndrome del X frágil y no se habían detectado reordenamientos subteloméricos. Gracias a la aplicación de estas tecnologías hemos identificado y caracterización de nuevas variantes genómicas implicadas en RM (11,5%). La detección de reordenamientos cripticos en pacientes afectos de estas enfermedades nos ha permitido establecer una correlación genotipo/fentipo e identificar nuevos genes y mecanismos implicados en el desarrollo del RM.[eng] "CARACTERIZATION OF GENOMIC VARIANTS. APLICATION OF NEW TECHONOLOGIES TO THE STUDY OF MENTAL RETARDATION" TEXT:Mental Retardation (RM) is a common disorder affecting 1-3% of general population. X-linked MR represents and important group inside MR. Nowadays OMIM lists 359 entries about XLMR although only 44 X-linked genes are known to cause XLMR (syndromic and non-syndromic). On the other hand, subtelomeric rearrangements comprise 5-7% of MR with unknown genetic origin. There are few reports about submicroscopic rearrangements that affect X chromosome due to the difficulties that implicate these studies. CGHarray (array-based comparative genomic hibridization) measures submicroscopic DNA copy number changes and allows the simultaneous high-resolution mapping of these changes onto the genome sequence. With the construction and application of a specific CGH microarray, it will be possible to characterize different molecular variants inside this chromosome in those cases of MRLX without molecular diagnosis. On the other hand, MLPA is based in the simultaneous detection of the number of copies of a specific sequence through hybridization of genomic DNA with a mixture of specific probes. The main objective of the present project is to identify submicroscopic duplications and deletions affecting chromosome X in patients with non-syndromic. For this study we selected patients from families with an inheritance consistent with an XLMR. These families came from the Department of Biochemistry and Molecular Genetics at the Hospital Clinical of Barcelona and the GIRMOGEN group (Research Group for Mental Retardation of Genetic Origin). The application of new techonolgies such as MLPA o aCGH has led to the identification of new rearrangements in the X chromosome responsible for MR (11,5%). The detection of cryptic rearrangements in MR patients has enabled us to establish a gentype/phenotype correlation and to identify new genes and mechanisms involved in the development of MR
Screening for FMR1 and FMR2 mutations in 222 individuals from Spanish special schools: identification of a case of FRAXE-associated mental retardation.
No full textDermoscopy comparative approach for early diagnosis in familial melanoma: influence of MC1R genotype
No full textMC1R polymorphisms interact with CDKN2A mutations modulating melanoma risk and contribute to a less suspicious clinical and dermoscopic appearance of melanomas. Different strategies, including dermoscopic comparative approach and digital monitoring, are used for the melanoma diagnosis in this context
Familial progressive sensorineural deafness is mainly due to the mtDNA A1555G mutation and is enhanced by treatment with aminoglycosides.
No full textSummaryHearing loss involves both genetic and environmental factors. A mutation (A1555G) in the mtDNA has been associated with aminoglycoside-induced and nonsyndromic sensorineural deafness. The pathological significance of this mutation in Caucasoid families has not been established, and its relationship with antibiotic treatment is not well understood. We studied 70 Spanish families with sensorineural deafness (36 congenital and 34 late onset) for the mtDNA A1555G mutation. The A1555G mutation was found in 19 families with maternally transmitted deafness but not in the other 51 families or in 200 control subjects. In 12 families all the patients with the A1555G mutation who received aminoglycosides became deaf, representing 30.3% of the deaf patients in these families. None of the deaf patients from seven other families received aminoglycosides. Overall, only 17.7% of the patients with deafness and the A1555G mutation had been treated with aminoglycosides. The age at onset of deafness was lower (median age 5 years, range 1–52 years) in those treated with aminoglycosides than in those who did not receive antibiotics (median age 20 years, range 1–65 years) (P<.001). The mtDNA of these families belongs to haplotypes common in Europeans. These data indicate that the A1555G mutation accounts for a large proportion of the Spanish families with late-onset sensorineural deafness, that the A1555G mutation has an age-dependent penetrance for deafness (enhanced by treatment with aminoglycosides), and that mtDNA backgrounds probably do not play a major role in disease expression
Progressive sensorineural deafness is associated with the mitochondrial DNA 1555G mutation in the 12S RNA and is enhanced by treatment with aminoglycosides.
No full textAssociation between dermoscopic and reflectance confocal microscopy features of cutaneous melanoma with BRAF mutational status
No full textBackground: Melanomas harbouring common genetic mutations might share certain morphological features detectable with dermoscopy and reflectance confocal microscopy. BRAF mutational status is crucial for the management of metastatic melanoma. Objectives: To correlate the dermoscopic characteristics of primary cutaneous melanomas with BRAF mutational status. Furthermore, a subset of tumours has also been analysed for the presence of possible confocal features that might be linked with BRAF status. Methods: Retrospectively acquired dermoscopic and confocal images of patients with melanoma in tertiary referral academic centres: Skin Cancer Unit in Reggio Emilia and at the Melanoma Unit in Barcelona. Kruskal–Wallis test, logistic regressions, univariate and multivariate analyses have been performed to find dermoscopic and confocal features significantly correlated with BRAF mutational status. Results: Dermoscopically, the presence of irregular peripheral streaks and ulceration were positive predictors of BRAF-mutated melanomas with a statistically significance value, while dotted vessels were more represented in wild-type melanomas. None of the evaluated reflectance confocal microscopy features were correlated with genetic profiling. Conclusions: Ulceration and irregular peripheral streaks represent dermoscopic feature indicative for BRAF-mutated melanoma, while dotted vessels are suggestive for wild-type melanoma
Modelado molecular de la interacción de fármacos antitumorales y nucleasas con el ADN
No full textPremio Extraordinario de Doctorado de la UAH en 2013Los métodos computacionales están convirtiéndose en herramientas muy importantes en ciertas áreas de la investigación como la caracterización de sitios de unión de ligandos a proteínas, acoplamiento de pequeñas moléculas en sitios de unión al ADN y proteínas y simulaciones de dinámica molecular. Los resultados obtenidos aportan información que, a veces, está más allá de las posibilidades puramente experimentales y pueden usarse para guiar y mejorar un gran número de experimentos. El objetivo de esta tesis es estudiar mediante técnicas de modelado molecular la interacción entre el ADN y distintos ligandos incluyendo diversos fármacos antitumorales, distintas familias de nucleasas como XPF y la nucleasa de Vibrio vulnificus y la ARN polimerasa II. Las investigaciones se llevaron a cabo en colaboración con distintos grupos experimentales de la Universidad de Alcalá, del grupo del Profesor Egly en el Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire de Estrasburgo y de la empresa biotecnológica PharmaMar. Los trabajos realizados se dividen en los siguientes puntos: i)Descripción de la interacción del ADN con el nuevo fármaco antitumoral Zalypsis y análisis de su especificidad de secuencia por técnicas de modelado molecular. ii)Descripción de la interacción del ADN con el nuevo fármaco antitumoral PM01183 y análisis de su especificidad de secuencia por técnicas de modelado molecular. iii)Estudio de la interacción de XPF y la ARN polimerasa II con el ADN. Consecuencias de la incorporación de un aducto covalente con el ADN. iv)Estudio mediante simulaciones de dinámica molecular de la fusión inducida por alta temperatura de un segmento de ADN en ausencia y presencia de fármacos. v)Mecanismo de formación de entrecruzamientos intercatenarios en el ADN por Mitomicina C. Efecto de la modificación de las citosinas en su reactividad. vi)Estudio mediante simulaciones de dinámica molecular del mecanismo de acción de la nucleasa de Vibrio vulnificus e implicaciones en distintas familias de endonucleasas
Audio Problems Detection on Sound Collections
No full textThis thesis is a first approach to creating and evaluating algorithms whose aim is to
detect an unwanted feature in audio streams. Existing algorithms are evaluated and
it’s parameters optimized for audio files without a specific length. These algorithms
are used to detects defects such as clipping/saturation, Clicks, Noise Bursts, Hum,
etc. Additionally, algorithms are developed in this thesis and also evaluated. To
evaluate those results, a subset of Freesound is used after being annotated manually
using scripts developed by the author. This ground truth is further used to evaluate
the performance of the algorithms against it and is also used to sweep different values
of the parameters available in the algorithms to find the parametrization that gives
the best performance over a dataset of audios with multiple problems. For the
evaluation dataset, the train set for the Kaggle Audio Tagging 2019 competition is
used, as it is a collection of sounds with many problems to be detected. Due to
some issues and time constraints, the results are not as satisfactory as previously
expected
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