39 research outputs found
Decreased UV-filtering ability of corneal epithelium may be the cause of stromal pathologies in keratoconus
No full textAnnual Meeting of the Association-for-Research-in-Vision-and-Ophthalmology (ARVO) -- MAY 07-11, 2017 -- Baltimore, MDYILDIRAN, Fatma Azize BUDAK/0000-0001-7031-6834;…Assoc Res Vis & OphthalmolTurkish Scientific and Technical Research InstituteTurkiye Bilimsel ve Teknolojik Arastirma Kurumu (TUBITAK)Support Turkish Scientific and Technical Research Institut
Molecular genetic analysis of karayaka, sakız and bafra sheep breeds by RAPD-PCR method
No full textÖZET KARAYAKA, SAKIZ VE BAFRA KOYUN IRKLARININ RAPD-PCR YÖNTEMİ İLE MOLEKÜLER GENETİĞ ANALİZİ BUDAK, F. Azize Kırıkkale Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalı, Yüksek Lisans Tezi Danışman : Doç. Dr. Şükran ÇAKIR Eylül 2003, 84 Sayfa Anadolu zengin hayvan gen kaynaklarına sahiptir. Örneğin Türkiye'de on beşten fazla evcil koyun ırkı bulunmaktadır. Bu potansiyel ulusal dikkat gerektirmektedir. Çünkü ileride bunların genetik ıslahı ile ekonomik değeri daha yüksek ırklar elde edilebilir. Bu konuda başarılı olmak için yerli ırklarımızın genetik yapıları ile ilgili yeterli bilgiye ihtiyaç vardır ve bu yalnız çiftlik hayvanlarında DNA analizine dayalı genetik araştırmalar ile mümkündür. Bu çalışmada Türkiye'nin üç yerli koyun ırkından Sakız, Karayâka ve Bafra'nın genetik ayırımında PCR'a dayalı metotlardan Rasgele Çoğaltılmış Polimorfik DNA (RAPD) belirleyicileri kullanıldı. Bu teknik tür veya ırka özgü DNA profilleri oluşturarak genomdaki birçok ayrı lokusun çoğaltılmasına imkan verir. Birçok araştırıcı ekonomik açıdan önemli olan özellikler ilebağlantılı belirleyicilerin tanımlanmasında RAPD tekniğini kullanmıştır. Bunlardan bazıları koyun özellikleri ile ilgilidir. Bu çalışmada daha önceki bir çalışmada kullanılan on sekiz ve rasgele olarak seçilen iki tane primer toplam 160 bireyde tarandı. Bu primerlerden 6'sında 67 polimorfik bant elde edildi. Polimorfizm Karayaka ırkında % 22.39 ve Bafra ırkında % 53.73 değerleri arasında bulundu. Nei'nin genetik mesafesi 0.0432-0.4709 arasında bulundu. Populasyon içi farklılaşma Hs = 0.30 olarak bulundu. Populasyonlar arasındaki farklılaşmanın büyüklüğü ise 0.58'dir. Bu genetik farklılaşmanın % 58 olduğunu belirtmektedir. Bu çalışmadan elde edilen sonuçlar ilerideki yerli koyunların ıslah çalışmalarında kullanılabilir. Anahtar Kelimeler : Koyun, RAPD-PCR, çiftlik hayvanları, DNA polimorfizmiABSTRACT MOLECULAR GENETIC ANALYSIS OF KARAYAKA, SAKIZ AND BAFRA SHEEP BREEDS BY RAPD-PCR METHOD BUDAK, F. Azize Kırıkkale University Graduate School of Natural and Applied Sciences Department of Biology, M. Sc. Thesis Supervisor : Assoc. Prof. Dr. Şükran ÇAKİR September 2003, 84 pages The Anatolia has a rich animal gene resources. For example, more than 15 domestic sheep strains have been found in Turkey. This potantial needs national attention. Because the strains with high economical value can be improvement from these strains in future. Iri order to be successful in this tissue there is need enough knowledge of genetic construction of these strains and this is only possible with genetic resources based on DNA analysis in farm animals. In this study Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) which of the rnethod based on PCR markers Were used to determine the genetic diversity in three sheep that Sakiz, Karayaka and Bafra from Turkish sheep strains. This technique gives an opportunity to amplify several discrete loci in the genome by producing species or strain specific DNA profile. Several 111researchers have used RAPD assay for identification of markers linked to economically important traits, some of them were related to sheep traits. In this study 18 RAPD primers chosen in a previous study and 2 primer chosen arbitrary were screened for overall 160 individuals. 6 of these primers yielded 67 polymorphic markers. Polymorphism (P) revealed varried between 22.39 % in Karayaka and 53.73 % in Bafra. Nei's genetic distance was found between 0.0432 and 0.4709. The diversity within the populations (Hs) was 0.13. The magnitude of differentiation among the populations (Gst) was 0.58 suggesting that 58 % of the genetic diversity. The results obtained from this study can be potentially utilized in improvement of these sheep strains in future. Key Words: Sheep, RAPD-PCR, livestock, DNA polymorphism I
Analysis of Genetic Polymorphism with Microsatellite Method in Turkey Local Sheep Breeds
No full textYILDIRAN, Fatma Azize BUDAK/0000-0001-7031-6834In this study, genetic relationships within and between the sheep breeds of Turkey called Bafra, Ivesi, Karayaka, Morkaraman, Sakiz and Turkish Merino was determined by microsatellite method. All breeds were screened for OarCP34, MAF65, MAF209 and DYMS1 loci by using ABI PRISM 310 sequencer. The obtained data were evaluated by using "Genetix 4.05" and "Populations 1.0" statistics programs. It was determined that the Turkish Merino breed had the highest heterozygosity. The shortest genetic distance was found between Sakiz and Morkaraman breeds and the longest genetic distance was observed between Turkish Merinos and Ivesi sheep breeds. As a result, in this study, genetic characterization in Turkey Local Sheep Breeds called Bafra, Sakiz, Karayaka, Ivesi and Turkish Merino breeds were made by using microsatellite markers
The Molecular Characterization of Echinococcus granulosus Isolates from Sheep in Kirikkale Region
No full textYILDIZ, Kader/0000-0001-5802-6156; YILDIRAN, Fatma Azize BUDAK/0000-0001-7031-6834In present study, it was aimed to determine molecular characterization of Echinococcus granulosus obtained from sheep. For this purpose, DNA isolation was done from germinal membrans and protoscolices of 24 hydatic cyst samples obtained from different organs of infected sheep and then DNA samples were scanned by RAPD-PCR using 16 primers. Echinococcus granulosus G1 strain was used as reference material. Only 4 of these 16 primers (AP2, AP4, OPB12 and G05) gave the typical RAPD band patterns in both sheep isolates and the reference G1 strain. The single band of 250 bp occurred by AP2 primer was common in both sheep isolates and G1strain According to result, AP2 primer can be successfully used for separation of G1 strain in different isolates. The results indicated that all sheep isolates sampled in this study can be assumed in the same Echinococcus granulosus strain
Democracy Sausage with Mark Kenny: Saving the Australian dream
No full textMark and Marija discuss Scott Morrison's exit from politics, before housing affordability campaigner Maiy Azize joins us to propose solutions to Australia's housing crisis.
Will Australia's political leaders have the ambition and ability to sell substantial housing policy changes to the public? What might a fairer system look like? And how will Scott Morrison fashion his career post-parliament? On this episode of Democracy Sausage, Maiy Azize, author of a new report recommending changes to tax and investment policies for housing, joins Professor Mark Kenny and Marija Taflaga to discuss the policy and politics of Australia’s housing crisis.
Maiy Azize is the Deputy Director of the Anglicare Australia and spokesperson for Everybody’s Home, a national campaign that aims to fix the housing crisis
Elevated Tear Human Neutrophil Peptides 1-3, Human Beta Defensin-2 Levels and Conjunctival Cathelicidin LL-37 Gene Expression in Ocular Rosacea
No full textGokcinar, Nesrin Buyuktortop/0000-0001-7795-5188; YILDIRAN, Fatma Azize BUDAK/0000-0001-7031-6834Purpose: To investigate the role of innate immunity in ocular rosacea. Methods: Thirty-two patients with ocular rosacea patients (group-1) and 28 healthy volunteers (group-2) who served as controls were enrolled in the study. Tear function parameters were assessed, conjunctival impression cytology was performed and tear samples were collected. Human-neutrophil-peptides (HNP) 1?3 and human-beta-defensin-2 (hBD-2) levels were measured in tears by using ELISA tests. Cathelicidin leucin-leucin-37 (LL-37), hBD-2, human-beta-defensin-9 (hBD-9) gene expression levels were measured in the conjunctival impression cytology samples using real-time polymerase chain reaction. Results: Tear HNP1-3 (p?=?0.024), hBD-2 (p?<?0.001), conjunctival LL-37 gene expression rate (p?=?0.014) and ocular surface disease index scores (p?=?0.001) were higher and the tear break-up time was lower (p?=?0.003) in group-1. No other differences were found between the groups. Conclusion: The results of this study suggest the role of abnormal innate immunity in the pathophysiology of ocular rosacea by revealing elevated antimicrobial peptide levels.Kirikkale University of Scientific and Technological Research Center (KUBTUAM)Laboratory analyses were performed in Kirikkale University of Scientific and Technological Research Center (KUBTUAM) with the above mentioned financial support. The authors want to thank to biology experts Esra G?nayd?n and Asl? Agar for ELISA and RT-PCR performed in KUBTUAM
Radyoaktif iyot 131 uygulama sonrası radyasyonla indüklenmiş mide doku hasarında p53 tümör supresör geni rolünün real tıme PCR ve histopatolojik analizlerle ortaya konulması
No full textAmaç: Bu çalışmada radyoaktif iyot (I 131) uygulanan ratlarda, I 131 'in etkilerinin ve p53 geninin ifadesinin belli zaman süreçleri (4. saat, 24. Saat, 48. Saat, 7. gün ve 30. gün) için değerlendirilmesi amaçlandı. Metod: Bu araştırmada 24 Wistar rat kullanıldı. Kontrol ve herbir zaman dilimi için 4'er örneklik gruplar oluşturuldu. Örneklerin histopatolojik incelemesi yapıldı. Ayrıca Real-time PCR'da genin ifadesi gruplar açısından analiz edildi ve istatistiksel olarak değerlendirildi. Bulgular: Histopatolojik analizde semikantitatif skorlama veri analizine göre en fazla dejenerasyon 4. saatte gözlenirken en az dejenerasyon 24. saatte gözlendi. Real-time PCR sonucu elde edilen veriler değerlendirildiğinde, gen ifadesinin en az olan grubun 4. Saat olduğu belirlendi. P53'ün ifadesinin en fazla olduğu grup ise 24. Saat olduğu gözlendi. Sonuç: Çalışmada histopatolojik değerlendirme ve Real-time PCR analizi sonuçları genel olarak uyumlu bulundu. P53 geninin ifadesinin en fazla olduğu süreçte, histolojik olarak dejenerasyonun en az olduğu belirlendi. Bilindiği gibi p53 geni DNA hasarlarında öncül yanıt mekanizması olarak devreye girer. Bu genin cevabı ya hücrede tamir mekanizması devreye girer ya da hücre apoptozise yönlendirilir. Elde edilen veriler değerlendirildiğinde; I 131 'in yarılanma süresi dikkate alındığında16 saat içinde en fazla dejenerasyona neden olduğu, daha sonra p53 geninin aktifleşmesi ile tamir mekanizmasının devreye girdiği söylenebilir. P53 gen ifadesi radyasyonik ajanların dejeneratif etkisini en aza indirgediği düşünülmektedir.Objectives: This study aims to the effects of I 131 and the expression of the p53 gene are determined for certain time periods (4 h, 24 h, 48 h, 7 day and 30 day) in the radioactive iodine (I 131) applied rats. Metod: In this research were used twentyfour Wistar rats. Groups of 4 samples were created for control and each time. Histopathological examination of the samples was performed. It was also analyzed the gene expression by Real-time PCR for the groups and statistically assessed. Findings: According to semiquantitative scoring data in histopathological analysis was observed, the most degeneration at the 4th hour and the least degeneration was observed at the 24th hour. The data obtained from Real-time PCR were evaluated, it was determined that the minimum group of gene expression was 4th hour. The group that the highest expression of P53 was observed at 24 hours. Results: In the study were found as histopathological evaluation and Real-time PCR analysis are generally compatible. It was determined that the histologically degeneration was the least in the process in which the expression of the P53 gene was the highest. As is known, p53 gene acts as a premise response mechanism in DNA damages. This genetic response is either driven by the repair mechanism in the cell, or the cell is directed to apoptosis. When the obtained data are evaluated; Considering the half-life of I 131, it can be said that the most degeneration occurred within 16 hours, and then the activation mechanism of the p53 gene and the repair mechanisms was acted in the cell. It is thought that P53 genes reduce degenerative effects of radiation agents at the least
siRNA mediated gene silencingthe in the pancreatic cancer cell line using nanoparticles
No full textGünümüzde kanser, ölüm nedenleri arasında ikinci sırada yer almaktadır. Dünya Sağlık Örgütü?nün (WHO) verilerine göre kanser kaynaklı ölümlerin, 2018'de 9,6 milyon kişi olduğu bildirilmektedir. Yeni dünya kanser istatistikleri ise kanser kökenli ölümlerin ilerleyen dönemlerde ilk sırada yer alacağı öngörmektedir. Ülkemizde kanser, % 19,7 oran ile ölüm nedenleri arasında yine ikinci sırada yer almaktadır. Bu oranın % 6?lık kısmını ise pankreas kanseri oluşturmaktadır. Pankreas kanseri belirti vermeden ilerleyen kanser türleri arasındadır. Pankreas kanserinin tanısındaki güçlükler ve hücrelerin agresif niteliğinin tedavi sürecini olumsuz yönde etkilemesi en önemli nedenleri arasındadır. Günümüzde bu hastalıkla mücadelede birçok farklı tanı ve tedavi yöntemi uygulanmaktadır ancak bunların normal hücreleri de etkilemesinden dolayı yan etkileri oldukça fazladır. Son zamanlarda tedavi sürecindeki bu olumsuz etkilerin en aza indirgenebilmesi için hedef bölge odaklı yöntemlere yönelik geliştirilme çalışmaları sürdürülmektedir. Bu yöntemlerden gen terapi, ise tedavide ilerleyen süreç açısından umut vericidir. Gen terapi yönteminde RNA interferans (RNAi) molekülleri büyük önem taşımaktadır. RNAi moleküllerden bir tanesi küçük kodlanmayan RNA (small ii interfering RNA; siRNA)?dır. siRNA parçalarının, hedef gene çeşitli mekanizmalarla iletimi ile hedef genlerde iyileştirme, susturma ya da işlev kazandırma gibi birçok terapi yöntemi uygulanmaktadır. Ancak bu çalışmalarda, bazı zorluklar ile karşılaşılmaktadır. Karşılaşılan en büyük zorluk, DNA moleküllerinin hedef hücrelere verimli şekilde ulaştırılamamasıdır. Son zamanlarda bu verimi arttırmak için farklı moleküller kullanılmaktadır. Bunlardan nanopartiküller; görüntüleme sistemlerinden, kontrollü ilaç salımına, gen susturmadan, gen aktarımına kadar birçok alanda yerini almaya başlamıştır. Bu çalışmada pankreas kanserinin oluşum ve gelişiminde önemli rol oynayan K-RAS geninin, CAPAN-1 hücre hattında siRNA ve altın nanopartikül kullanılarak susturulması amaçlandı. Elde edilen verilere göre kRAS siRNA?nın CAPAN-1 hücresindeki hasarlı kRAS geninin ekspresyonunu azalttığı gözlendi. Bu konuda daha fazla bilgi birikimine gereksinim olmasına karşın altın nanopartikül siRNA kompleksinin hedef genin susturulmasında etkili bir şekilde kullanılabileceği düşünülmektedirToday, cancer is the second leading cause of death. According to World Health Organization (WHO) data, cancer-related deaths are reported to be 9.6 million people in 2018. On the other hand, the new world cancer statistics predict that cancer-related deaths will take first place in the future. In Turkey, cancer is the second leading cause of death with a rate of 19.7%. 6% of this rate is pancreatic cancer. Pancreatic cancer is one of the types of cancer that develops without symptoms. Difficulties in the diagnosis of pancreatic cancer and the aggressive nature of the cells adversely affect the treatment process are among the most important reasons. Many different diagnostic and treatment methods are being used in the fight against this disease, however, these side effects are quite high as they affect normal cells. In order to minimize these negative effects in the treatment process, efforts are being made to develop target-oriented methods. Gene therapy is one of the promising methods in terms of progress in the treatment. RNA interference (RNAi) molecules are of great importance in gene therapy. One of the RNAi molecules is small interfering RNA (siRNA). Several methods of therapy are employed, such as the transmission of siRNA fragments to the target gene by various mechanisms, such as amelioration, silencing or functionalization of the target genes. However, some difficulties are encountered in these studies. The biggest iv challenge is the inability to efficiently deliver DNA molecules to target cells. Recently, different molecules have been used to increase this yield. Nanoparticles; imaging systems, controlled drug release, gene silencing, gene transfer has started to take place in many areas. In this study, it was aimed to silence the K-RAS gene which plays an important role in the formation and development of pancreatic cancer by using siRNA and gold nanoparticle in CAPAN-1 cell line. It was observed that kRAS siRNA decreased expression of damaged kRAS gene in CAPAN-1 cell. Although more information is needed on this subject, it is thought that gold nanoparticle siRNA complex can be used effectively in silencing the target gene
Radyoaktif iyot 131 uygulama sonrası radyasyonla indüklenmiş mide doku hasarında p53 tümör supresör geni rolünün real time PCR ve histopatolojik analizi
No full textProje -- Kırıkale Üniversitesi2015/111119332
Gene silencing with crispr/cas9 method in cancer cell line
No full textFen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji Ana Bilim DalıGünümüzde kanser, kardiyovasküler hastalıklardan sonra, ölüm nedenleri arasında ikinci sırada yer almaktadır. Özellikle bazı kanser türlerinde geleneksel tedavilere yanıt verme oranları düşüktür. Olumsuz etkilerin azaltılması için hedef odaklı alternatif tanı ve tedavi yöntemlerinin geliştirilmesi büyük önem taşımaktadır. Gen terapisi, hedefe yönelik çalışmalarda ilk sıralarda yer almaktadır. Son yıllarda RNA interferans (RNAi) moleküllerinden hedef geni baskılayan küçük kodlamayan RNA (siRNA), mikroRNA (miRNA), meganükleaz, ZFN, TALEN, CRISPR gibi farklı genom düzenleme araçları tasarlanmıştır. Özellikle CRISPR-Cas9 sistemi Charpentier, Doudna ve ekibinin 2020 yılında Nobel Kimya Ödülü'nü alması ile çalışmalar yeni bir boyuta taşındı. Bu sistem; DNA üzerinde ekleme, çıkarma yapma ya da DNA dizilimini değiştirmeye olanak tanıyan özgün bir teknoloji olarak değerlendirilmektedir. Çalışmada H1299 hücre hattındaki c-Myc geninin susturulması amaçlandı. Transfeksiyon için lipofektamin kullanılan çalışmada MTT analizi ve Real-Time PCR analizi gerçekleştirildi ve PCR sonuçları Agaroz Jel Elektroforezi ile kontrol edildi. MTT analizinde (% 99,54- 124,2) uygulamada kullanılan ajanların sitotoksik olmadığı belirlendi. Real-Time PCR analizi 2-??CT ile değerlendirildi. Elde edilen verilere göre Cas9/ gRNA/Kuersetin (10 ppm) grubunda gen ifadesinin azaldığı belirlendi. Agaroz jelde elde edilen bant profilinde benzer sonuçlar gözlendi. Transfeksiyonun viral ajanlar kullanılması ile daha etkili sonuçların elde edilebileceği düşünülmektedir. Bu tür çalışmaların artırılması hedef odaklı terapötik çalışmalar açısından büyük önem taşımaktadır.Cancer ranks as the second leading cause of death after cardiovascular diseases in today's world. Particularly, response rates to conventional treatments are low in certain cancer types. Developing target-focused alternative diagnosis and treatment methods holds significant importance to mitigate adverse effects. Gene therapy stands out as a prominent approach in targeted studies. In recent years, various genome editing tools have been designed, such as RNA interference (RNAi) molecules like small non-coding RNAs (siRNAs), microRNAs (miRNAs), meganucleases, ZFN, TALEN, CRISPR, among others. Notably, the CRISPR-Cas9 system gained a new dimension following the awarding of the Nobel Chemistry Prize in 2020 to Charpentier, Doudna, and their team. This system is evaluated as a unique technology enabling modifications like insertions, deletions, or alterations in DNA sequences. The objective of this study was to silence the c-Myc gene in the H1299 cell line. Using lipofectamine for transfection, the study involved MTT analysis and Real-Time PCR analysis, with PCR results verified using Agarose Gel Electrophoresis. MTT analysis revealed that the agents used in the application (99.54% - 124.2%) were non-cytotoxic. Real-Time PCR analysis was evaluated using the 2-??CT method. According to the obtained data, gene expression decreased in the Cas9/gRNA/Quercetin (10 ppm) group. Similar results were observed in the band profile obtained in the Agarose gel. Transfection with viral agents is believed to yield more effective results. Increasing such studies holds great importance for target-focused therapeutic investigations
