322 research outputs found
Analytical calculations on content-based networks
Full text linkBu makalede içerik-temelli ağlar üzerinde, ağın topolojik özelliklerini belirlemek için, ortalama-alan yaklaşımlarıyla yapılan analitik hesapların güvenilirliği tartışılacaktır. İçerik-temelli ağları, “tanıma ve bağlanma” mekanizmalarının belirleyici olduğu kontrol çizgelerinin topolojik özelliklerini tasvir etmek için önermiştik. Birçok karmaşık ağ yapısının bu tür enformasyon paylaşımına dayalı bir prensibe göre inşa edildiğini söyleyebiliriz. Örneğin gen ifadesinin düzenlemesinde, anahtar/kilit olarak niteleyebileceğimiz elemanların özelleşmiş etkileşimleri söz konusudur. Bu sebeple modelimizin biyolojik çizgeler de dahil olmak üzere, birçok gerçek ağ yapısının tasviri için uygun olduğunu düşünüyoruz. İçerik-temelli ağımızda, ağın düğümlerini bir ya da birden fazla rastgele dizi ile eşleştirip, düğümler arasındaki etkileşimleri onlara atanan dizilerin birbirleri içinde tekrarlanma koşulu altında inşa ediyoruz. Böylece, bu dizilerin uzunlukları ve içerikleri, ortaya çıkacak olan çizgenin tüm topolojik özelliklerini belirlemektedir. Düğüm çiftleri arasındaki bağlanma olasılıklarının hesabında yapılan ortalama-alan yaklaşımlarının ise, dizilerin uzunluk dağılımlarına bağlı olarak, varılan sonuçlarda ağın gerçek özelliklerinden önemli farklılaşmalara yol açabileceği görülüyor. Bu yaklaşımlarda, dizilerin farklı enformasyon içerikleri ihmal edilmekte ve olasılıklar sadece dizilerin uzunlukları cinsinden elde edilmektedir. Halbuki her sonlu dizi için, dizinin içerdiği farklı sembol sayısı ek bir enformasyon içermektedir. Burada sergilemeye çalışacağımız, kabalaştırılmış ortalama-alan türünden yaklaşımların, belli ekstrem durumlarda, tasvir etmeyi amaçladıkları ağın özelliklerinden uzak sonuçlar verebileceğidir. Ancak gerçek biyolojik ağ yapılarının modellenmesinde karşımıza çıkan uzunluk dağılımlarında ortaya çıkan hatalar hiçbir zaman burada sergileyeceğimiz örneklerde olduğu kadar büyük olmamış, bilakis ortalama-alan yaklaşımı simülasyon sonuçlarına oldukça yakın sonuçlar vermiştir. Anahtar Kelimeler: Karmaşık ağ yapıları, içerik-temelli ağlar, ortalama-alan yaklaşımı.Content-based networks have been proposed (Balcan and Erzan, 2004; Mungan et al., 2005) to model the topological properties of complex networks built on the principle of information sharing, where the interactions between system components assume the simultaneous fulfillment of a series of constraints (Mezard et al., 2002). In content-based networks, the constraint-satisfaction problem is realized by means of a sequence-matching rule between sequences associated with the nodes of a network. In the case of transcriptional gene regulation, the transcription factors recognize special subsequences of DNA and bind them. This is one instance of constraint-satisfaction, which can be realized with a sequence-matching rule between two different classes of sequences (Balcan et al., 2006). Another example is the so called the RNA interference (Balcan and Erzan, 2004), where sequence-specific gene silencing occurs at the level of post-transcriptional gene regulation. In our content-based networks, n linear codes are associated with each node of the network. For n=2, one of the sequences associated with the node represents the key-sequence through which the node recognizes other nodes, whereas the second sequence represents the lock-sequence through which the same node is recognized. An interaction between a pair of nodes is established if the key-sequence associated with the first node is repeated as an uninterrupted subsequence in the lock-sequence associated with the second node. Thus, the length distributions of these sequences are the most important parameters determining the topological properties of the content-based networks. In this article we will discuss the validity of analytical calculations performed on the topological properties of content-based networks in the mean-field approximation (Balcan and Erzan, 2007), by means of two examples. In this mean field approach (Mungan et al., 2005) the pair-wise connectivity probabilities are only functions of the respective lengths of the sequences which must satisfy an inclusion requirement, and of the size r of the alphabet from which the symbols are drawn. This approximation ignores the correlations between the overlapping subsequences within a sequence. Moreover the fluctuations in the information content of finite sequences are neglected. In Balcan and Erzan (2007), the correlations between the edges co-incident on the same node were also ignored. In the first example, the key- sequences of unit length (thus, they consist of single letters) are searched in lock-sequences of an arbitrary fixed length. Via this simple example it is possible to show that the probability that lock-sequences will be recognized by a key-sequence depends not only on the length of the lock-sequence but also on the number of distinct subsequences embedded in it. At this point the coarse grained approximation neglecting the fluctuations in the information content of the finite lock sequences about their mean information content, misses the behavior of the in-degree distribution. This error is in fact identical to neglecting the correlations between edges incident upon a given node. In the second example, the lengths of the key sequences are fixed at an arbitrary value l, and the lock-sequences are chosen to be of length k=l+1, one character longer than the key-sequences. In this example, it is clear that the correlations between the two subsequences of length l cannot be neglected. It has already been shown (Guibas and Odlyzko, 1981; Mungan et al., 2005; Mungan, 2007; Bilge et al., 2004) that the connection probability of a key-sequence depends on the ?shift-match number? which measures the auto-correlations within a sequence, in other words, the degree to which successive subsequences are correlated with each other. We show here by an explicit and rather transparent calculation that, neglecting this correlation yields out- and in-degree distributions that are totally in error. The mean-field approximations used in the calculation of the topological properties of the double-string model (Balcan and Erzan, 2007) yield results that are in good agreement with the simulations, since i) the lengths k of the lock sequences far exceed r, ii) the number of distinct substrings contained in any given lock string is large ( k-l >> rl ) and iii) the fine structure of the topological properties are determined by the fact that there is a disribution of lock- and key-string lengths. Keywords: Complex networks, content-based networks, mean-field approach
Review of English language teachers on the discursive faultlines: identities, ideologies and pedagogies
No full textThis book presents a comparative analysis of language ideologies, identities and cultural pedagogies of English language teachers in Chile and California. Menard-Warwick carried out the analysis through classroom observations and narratives. This comparative examination allows the author to situate the role of English and English language teaching in the wider political, sociocultural and ideological dynamics of both Chile and California. The tensions which arise from these changing dynamics are referred to as ‘discursive faultlines’ throughout the book. In her exploration of these faultlines, the author gives a comprehensive overview of teacher identities, intercultural identity development and cultural pedagogies, all within the theoretical framework of Bakhtin's (Citation1981) dimensions of language. The pedagogies she presents for teaching intercultural understanding are informed by both the theory and research. The book is divided into seven chapters, each of which provides readers with a notably rich contrastive analysis of English language teachers and their teaching practices in Chile and California
Information content based model for the topological properties of the gene regulatory network of Escherichia coli
No full textGene regulatory networks (GRN) are being studied with increasingly precise quantitative tools and can provide a testing ground for ideas regarding the emergence and evolution of complex biological networks. We analyze the global statistical properties of the transcriptional regulatory network of the prokaryote Escherichia coli, identifying each operon with a node of the network. We propose a null model for this network using the content-based approach applied earlier to the eukaryote Saccharomyces cerevisiae (Balcan et al., 2007). Random sequences that represent promoter regions and binding sequences are associated with the nodes. The length distributions of these sequences are extracted from the relevant databases. The network is constructed by testing for the occurrence of binding sequences within the promoter regions. The ensemble of emergent networks yields an exponentially decaying in-degree distribution and a putative power law dependence for the out-degree distribution with a flat tail, in agreement with the data. The clustering coefficient, degree-degree correlation, rich club coefficient and k-core visualization all agree qualitatively with the empirical network to an extent not yet achieved by any other computational model, to our knowledge. The significant statistical differences can point the way to further research into non-adaptive and adaptive processes in the evolution of the E. coli GRN. (C) 2009 Elsevier Ltd. All rights reserved
A Capacitated Lot Sizing Problem With Stochastic Setup Times
No full textDuygu Taş (MEF Author)##nofulltext##In this paper, we study a Capacitated Lot Sizing Problem with Stochastic Setup Times (CLSP-SST)
Selection of the Best Face Recognition System for Check in and Boarding Services
No full textCheck-in and boarding services are one of the most human oriented pre-flight services in aviation industry. The process of using face recognition systems increase with the aviation 4.0 concept, decreases need for manpower and increases the efficiency of the processes. Therefore, problems, developments and challenges of face recognition in terms of aviation 4.0 are discussed in this chapter to determine the best face recognition system for check in and boarding systems. Analytic hierarchy process and grey relational analysis are used to analyze current system providers. To handle the ambiguity in the linguistic evaluations, fuzzy Z- numbers are used. 10 face recognition system providers are evaluated according to five criteria with the proposed methodology and the results are discussed. © 2022, The Author(s), under exclusive license to Springer Nature Switzerland AG.2-s2.0-8511489144
Examining the opinions of senior university students and their actual clients regarding the supervision of practice-based course structured on the Balance model of Positive Psychotherapy
No full textPositive psychotherapy is one of the most comprehensive and effective therapeutic methods in psychoanalytic models. The Balance model of Positive psychotherapy is a key concept that helps not only psychotherapists and clients to detect the problem to plan a route for action but also to build hope for the future life. The study aims to examine the effectiveness of the supervision process of a practical module, “Psychological Counseling with an Individual,” structured on the Balance model of Positive psychotherapy on university students having the module and their actual clients. There were 12 senior-year university students and 12 clients in the supervision process. Evaluation forms for students and clients comprised by the author were used as collection tools. The outcomes showed that including the Balance model in the sessions helped understand the ps
Network Of Gene Expressıon
Full text linkTez (Yüksek Lisans) -- İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2003Thesis (M.Sc.) -- İstanbul Technical University, Institute of Science and Technology, 2003Biyolojik sistemlerde protein üretimi, yani gen ifadesi, birebir olmamakta ve genlerin birbirleriyle olan etkileşimleri sonucu ortaya çıkmaktadır. Bu etkileşimler için, seçilim baskısı olmaksızın mutasyon geçiren basit bir modelde, Monte Carlo simülasyonlarıyla, gen etkileşimlerinin ölçekten bağımsız bir şebeke oluşturduğu ve bir gen tarafından baskılanan gen sayısı ( O z ) dağılımının ( ) O O z τ − ( O τ =0.47±0.01) gibi bir kuvvet yasasına tabi olduğu ve bu şebekenin bir küçük dünya modeline uygun olarak kümelenme katsayısının C ≈ 0.5 olduğu bulundu. Gen etkileşimi şebekesinin bir kinetik Ising modeli biçiminde betimlenmesi durumunda, sistemin tepkimelerinin zaman içinde ölçekten bağımsız bir sönümlenme zamanı dağılımına sahip olabileceği görüldü. Bu kendiliğinden kritik sistemin dinamik davranışını inceleyebilmek için, dinamik renormalizasyon grubu dönüşümleri rastgele Γ - komşuluklu spin sistemlerine genelleştirildi.We have studied the regulatory network of gene expression during protein synthesis in biological systems. We have intoduced a simple random bit-string model to represent a chromosome sequence and have only considered the inhibition interactions between the genes. As the result of our Monte Carlo simulations, we have found that this simple model gives rise to a network of gene expression which is of the small-world type, with a clustering coefficient C ≈ 0.5, and is scale-invariant with the distribution of out-going connectivities obeying n(zout) ∼ (zout)-τ . The exponent τ is found to be τ=0.47±0.01. This result shows that the system is complex and can respond on any scale to the sitimuli coming from the environment. This also shows that the system has a selforganized critical behavior. In order to test ideas regarding the distribution of relaxation times on such a network, we have generalized the dynamical renormalization-group calculations to networks with an arbitrary number of nearest neighbors. This will enable us to compute the dynamical exponent on networks with random connections.Yüksek LisansM.Sc
Properties Of Content-based Networks
No full textTez (Doktora) -- İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2007Thesis (PhD) -- İstanbul Technical University, Institute of Science and Technology, 2007Burada sunulan tez calışmasının ana teması transkripsiyon gen regülasyonu (düzenleme) çizgelerinin oluşumuna katkıda bulunan unsurların ve bu çizgelerin yapısal (topolojik) özelliklerinin enformasyon teorisi yaklaşımı ile modellenmesidir. Transkripsiyonel gen kontrolünde, transkripsiyon faktörleri olarak isimlendirilen proteinler DNA üzerinde özel alt dizilere bağlanarak, gen ifadesinin düzenlenmesine katkıda bulunmaktadırlar. Böyle bir proteinin tanıyıp bağlanabildiği DNA motiflerinin bilgi içeriğini başka bir alfabede ifade etmek mümkün olabilir. Bu yaklaşımla mayanın transkripsiyonel gen düzenleme ağını, içerik temelli ağın herbir düğümü bir gene karşılık gelmek üzere, herbir düğümüne gelişi güzel ikilik sistemde içerikleri olan diziler atayarak ve düğümler arasına, onlara atanan dizilerin birbirleri içerisinde tekrarlanma durumlarına göre, belli koşulları sağlamaları sonunda kenarlar yerleştirerek modelledik. Paylaşılan bilgi miktarının dağılımı modelimizin en önemli girdisi olup, ortaya çıkacak olan çizgenin özelliklerini tamamen belirlemektedir. Mayanının etkileşim ağını ayrıntılı biçimde inceleyerek, çizgenin yapısal özelliklerini içerik temelli modelimizin istatistiksel topluluğunun üyeleriyle karşılaştırdık. Gördük ki, içerik temelli modelimiz maya çizgesinin bütün özelliklerini barındırmakta ve bu tür ağların yapısal özelliklerinin anlaşılmasına imkan sağlamaktadır. Tamamen gelişi güzel dizilerden oluşturduğumuz içerik temelli çizgenin mayanın kontrol ağına yakınlığı, bu tür karmaşık ağ yapılarının evrim altında ereksel biçimde yoktan var edilmeleri gerekmedikleri sonucuna varmamıza neden olmaktadır. İçerik temelli modelimizin kabalaştırılması sonunda elde ettiğimiz ve (sadece dizi uzunluklarına bağlı) gizli-değişkenli olarak isimlendirilen modelin bizim içerik temelli modelimizi ve gerçek maya çizgesini yakından izleyen yapısal özellikleri nedeniyle, bu kaba model üzerinde yapılacak analitik hesapların düzenleme ağlarının yapılarıyla ilgili öngörülerde bulunabileceğini göstermektedir. İcerik temelli çizgelerin gen kontrol ağlarına yakınlıkları, gelişi güzel Boolean dinamiğini içerik temelli ağlara uyarlamamızı özendirmiştir. Bu yolla gen ifadesinin kontrol çizgelerinin topolojilerinin gen ifadesi dinamiği üzerindeki etkilerini anlamak mükün olabilir. Sonuçlarımız içerik temelli ağların bağışıklık sistemi yada protein etkileşimleri gibi çok sayıda koşulun yerine gelmesi sayesinde oluşan etkileşim ağlarının modellenmesi için elverişli olanaklar sunduğunu göstermektedir.The research we present in this thesis has been devoted to the modelling and understanding of transcriptional gene regulatory networks, on the basis of an information theoretical approach. Transcriptional gene regulation involve special proteins, namely the transcription factors, which bind to the DNA by recognizing specific subsequences, namely the transcription factor binding sites, embedded in them. We have modelled the transcriptional regulation network of yeast within this approach by associating random linear codes with the genes of the organism represented by nodes in our content-based network, and establishing edges between the nodes if and only if they share a certain amount of information, which has been realized via a sequence-matching rule. The distribution of the amount of shared information, which has been represented by the bitwise Shannon information of the random linear codes associated with the binding sequences and the promoter regions, are the most important biological inputs to our content-based model. We have made a very careful analysis of the transcriptional regulation networks of yeast, and compared their topological features with those of the ensemble of our content-based networks. We have observed that our content-based model is able to reproduce all the global topological features of these networks, which provides us with an understanding of their emergent nature. We conclude that the complex networks of gene regulation can arise spontaneously even with the random codes, so they do not need to be constructed from scratch by evolutionary mechanisms. We have also introduced the hidden-variable version of our content-based model involving only the pairwise connection probabilities as a function of the string lengths and observed that this model is able capture the main properties of our double-string model. So the analytical calculation on the hidden-variable model can provide us with making some predictions on the further properties of real networks. Very close topological similarities between the content-based models and genetic regulatory networks have led us to consider a modified random Boolean dynamics on our content-based networks, which we believe will help us with the understanding of the relationship between the architecture of the underlying network and the function of these systems. Our results point to further promising research problems in biological systems, where interactions between different components require the fulfillment of a series of constraints, which means the exchange of a certain amount of information. Examples are immune systems and protein interactions.DoktoraPh
Fictional representation of women's identity in Duygu Asena's novels
Full text link21. yüzyıl Türk edebiyatında toplumsal cinsiyet temelli meseleleri odağına alan yazarlar arasında Duygu Asena, ayrı bir yerde konumlanmaktadır. Edebiyat hayatına gazetecilikle başlayan Asena, özellikle kadınların yaşadığı eşitsizlikleri görünür kılmak amacıyla kaleme aldığı romanlarıyla geniş kitlelere ulaşmıştır. Feminist bir perspektifle şekillenen bu eserlerde, bireysel öyküler aracılığıyla ataerkil yapının kadınlar üzerindeki baskısı sorgulanırken, okurun farkındalık düzeyini artırmak hedeflenmiştir. Edebi estetikten çok, düşünsel bir dönüşüm yaratma amacı güden Asena, sanatı bir bilinç uyandırma aracı olarak değerlendirmiştir. Bu yönüyle, sadece bir yazar değil; aynı zamanda kadın hareketinin kültürel bir temsilcisi olarak da kabul edilmektedir. Toplumsal sorunları edebiyatın imkânlarıyla tartışmaya açması, onu çağdaş Türk edebiyatında özgün ve etkili bir ses hâline getirmiştir. Bu tez çalışmasında, Duygu Asena'nın edebi üretiminin temelini oluşturan altı romanında (Kadının Adı Yok, Aslında Aşk da Yok, Aynada Aşk Vardı, Aslında Özgürsün, Aşk Gidiyorum Demez, Paramparça) toplumsal cinsiyet eşitsizliği ve ataerkil düzenin kadın bireyler üzerindeki etkileri ele alınmıştır. Asena'nın romanları, yalnızca bireysel kadın deneyimlerini değil, aynı zamanda kadınların toplumsal konumlarını belirleyen yapısal eşitsizlikleri de görünür kılma amacı taşır. Her bir eserde, erkek egemen toplumun farklı katmanlardaki baskı mekanizmaları -aile, evlilik, iş yaşamı, aşk ilişkileri ve bireysel kimlik inşası gibi alanlarda- eleştirel bir bakış açısıyla sorgulanır. Bu bağlamda Duygu Asena'nın anlatıları, ataerkil ideolojinin kadın yaşamlarını nasıl şekillendirdiğini açığa çıkartırken; kadın karakterlerin yaşadığı içsel çatışmalar, dışsal baskılarla birleşerek cinsiyet temelli eşitsizliklerin derinliğini gözler önüne serer. Yazarın romanlarında çizdiği kadın figürleri, geleneksel kalıplara sığmayan, çoğu zaman mevcut düzene başkaldıran ve kendi kimliklerini inşa etmeye çalışan bireylerdir. Dolayısıyla, bu eserler sadece edebi metinler olarak değil aynı zamanda Türkiye'deki toplumsal cinsiyet ilişkilerini sorgulayan kültürel belgeler olarak da değerlendirilmiştir. Bu çalışmamızda, feminist yazarlar arasında yer alan Duygu Asena'nın Kadının Adı Yok, Aslında Aşk da Yok, Aynada Aşk Vardı, Aslında Özgürsün, Aşk Gidiyorum Demez ve Paramparça adlı romanlarında yer alan kadınlar, roman kurgusunda üstlendiği fonksiyon bakımından değerlendirilecektir.Duygu Asena, who is the one of authors who focus on social women issues is positioned with different way in 21st Century Turkish Literature. Duygu Asena, who started his literary career as journalist reached huge populace with her novels written in order to demonstrate inequality of women. It is aimed to increase awareness of readership as it's query the oppression of patriarchal via personel stories in these pieces written through feminist perspective. Duygu Asena who purposes intellectual conversion evaluated the fiction as raising awareness tool. She is accepted a cultural representative of feminism but an author from this aspect. Bringing into question the communal issues with possibilities of literary made her efficient and authentic voice in Turkish Literary. It was discussed in the context of effects communal gender inequality and patriarchal on women with Duygu Asena's six novels (Kadının Adı Yok, Aslında Aşk da Yok, Aynada Aşk Vardı, Aslında Özgürsün, Aşk Gidiyorum Demez, Paramparça), in this thesis study. Asena's novels aims to make visible structural inequalities which specify the social statue of women not only personal woman experiment. In each pieces, the oppressive mechanisms (in areas such as family, marriage, busines, relationships and individual identity construction, etc...) of the male-dominated society at different levels are questioned from a critical perspective. The internal conflicts experienced by female characters combine with external pressures to reveal the depth of gender-based injustices when Duygu Asena's narratives reveal how patriarchal ideology shapes women's lives. The female figures depicted in the author's novels are individuals who do not fit into traditional molds, often rebel against the existing order and try to build their own identities. Therefore, these works were evaluated not only as literary texts but also as cultural documents that question gender relations in Turkey. In this study, the women depicted in the novels (Kadının Adı Yok, Aslında Aşk da Yok, Aynada Aşk Vardı, Aslında Özgürsün, Aşk Gidiyorum Demez and Paramparça) by feminist author Duygu Asena will be examined in terms of the functions they fulfill within the narrative structure
Öz-anlayış, yaşam doyumu, negatif ve pozitif duygu: türk ve diğer ülke üniversite öğrencileri arasında bir karşılaştırma
No full textÖzyeşil, Zümra (Arel Author)Bu araştırmanın amacı, Türkiye ve bazı ülke (İngiltere, Fransa, Polonya, Romanya, İtalya, Brezilya, İspanya, Ukrayna) üniversite öğrencilerinin öz anlayış, yaşam doyumu, negatif ve pozitif duygu özelliklerinin karşılaştırılmasıdır. Araştırmaya Türkiye’den 127 (70 erkek ve 57 kız) ve diğer ülkelerden 122 (52 erkek ve 70 kız) öğrencisi katılmıştır. Araştırmanın istatistiksel analizlerinde t testi, tek yönlü varyans analizi ve Pearson momentler çarpımı korelasyonu kullanılmıştır. Araştırma sonucunda, Türk öğrencilerin öz anlayış ve yaşam doyumu düzeyleri diğer ülkelerdeki öğrencilerden anlamlı düzeyde yüksek bulunmuştur. Türkiye’deki kız ve erkek öğrenciler ile diğer ülkelerdeki kız ve erkek öğrenci grupları karşılaştırıldığında öz anlayış ve pozitif duygu açısından anlamlı düzeyde farklılaşma ortaya çıkmıştır. Türkiye’deki öğrencilerin öz anlayış, yaşam doyumu, negatif ve pozitif duygu korelasyonları, diğer ülke öğrencilerinin öz anlayış, yaşam doyumu, negatif ve pozitif duygu korelasyonlarından daha yüksek ilişki göstermektedir
- …
