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C11orf83, a mitochondrial cardiolipin-binding protein involved in bc1 complex assembly and supercomplex stabilization
No full textCette thèse a permis d'identifier C11orf83, désormais appelé UQCC3, comme étant une protéine mitochondriale ancrée dans la membrane interne. Nous avons constaté l'implication de C11orf83 dans l'assemblage du complexe III de la chaîne respiratoire via la stabilisation du complexe intermédiaire MT-CYB/UQCRB/UQCRQ. Nous avons également prouvé que C11orf83 était associée avec le dimère de complexe III et était détectée dans le supercomplexe III2/IV. Son absence induit une baisse significative de ce supercomplexe et du respirasome (I/III2/IV). La capacité de C11orf83 de lier les cardiolipines, connues pour être impliquées dans la formation et la stabilisation de ces supercomplexes, pourrait expliquer ces résultats. Ainsi, ce travail de thèse en lien avec une récente étude clinique mettant en évidence une déficience du complexe III chez un patient atteint d'une mutation du gène C11orf83 (Wanschers et al., 2014) permet d'améliorer les connaissances sur l'assemblage du complexe III et la compréhension d'une maladie mitochondriale
A large-scale evaluation of computational protein function prediction
No full textAutomated annotation of protein function is challenging. As the number of sequenced genomes rapidly grows, the overwhelming majority of protein products can only be annotated computationally. If computational predictions are to be relied upon, it is crucial that the accuracy of these methods be high. Here we report the results from the first large-scale community-based critical assessment of protein function annotation (CAFA) experiment. Fifty-four methods representing the state of the art for protein function prediction were evaluated on a target set of 866 proteins from 11 organisms. Two findings stand out: (i) today's best protein function prediction algorithms substantially outperform widely used first-generation methods, with large gains on all types of targets; and (ii) although the top methods perform well enough to guide experiments, there is considerable need for improvement of currently available tools
Integrated approach for the characterization of the predicted human deoxyribose phosphate aldolase
No full textDepuis plus de 15 ans la séquence du génome humain est à disposition des chercheurs. On sait qu'il y a approximativement 20'000 gènes qui codent pour des protéines et qu'environ 25% de ces gènes codent pour des enzymes. De plus, il est aussi intéressant de noter qu'il existe de nombreux gènes dont on ne connait pas la fonction qui sont appelé « gènes orphelins ». Dans le cadre de cette thèse, nous avons choisi d'étudier la deoxyribose-phosphate aldolase qui est une enzyme qui effectue la conversion réversible du deoxyribose-5-phosphate en glycéraldehyde-3-phosphate et en acetaldehyde. Des études ont montré qu'une activité enzymatique deoxyribose-phosphate aldolase existe dans certaines cellules humaines, cependant aucun gène codant pour cette enzyme n'a été formellement été identifié. Le but de cette thèse était d'étudier la deoxyribose-phosphate aldolase humaine, de confirmer la protéine responsable de cette activité dans les cellules humaines ainsi que d'étudier cette protéine dans un contexte cellulaire
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