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Sintesi chimica e caratterizzazione di nuovi oligonucleotidi coniugati
No full textIl progetto proposto da questa unità di ricerca ha come obiettivo la sintesi chimica (in fase solida) e la caratterizzazione di nuovi oligonucleotidi (ODN) coniugati con zuccheri, nonché lo studio della stabilità dei complessi a doppia, tripla e quadrupla elica formati da queste molecole ibride. Le fasi della ricerca possono così essere riassunte: 1) Preparazione dei supporti polimerici insolubili funzionalizzati con unità saccaridiche opportunamente protette; 2) Sintesi dei monomeri saccaridici di addizione per la preparazione della porzione saccaromimetica e ottimizzazione dei protocolli di sintesi “on-line” dei glico-coniugati; 3) Sintesi, purificazione e caratterizzazione di sequenze oligonucleotidiche di interesse biologico coniugate ad una o entrambe le estremità con i mimici saccaridici; 4) Studio della resistenza enzimatica alle endo- ed esonucleasi dei coniugati sintetizzati e della loro capacità di ibridizzazione con bersagli a singolo o doppio filamento a sequenza complementare, in confronto a ODN non coniugati; 5) Indagine strutturale, mediante spettroscopia NMR mono e bidimensionale, e studio della stabilità termodinamica (CD, DSC) dei modelli oligonucleotidici più promettenti; 6) Studio dell’attività biologica rivolta all’inibizione della crescita di colture cellulari su MDA-MB-468 (tumore al seno) o su linee cellulari GEO (tumore al colon antisenso verso subunità RIalfa)] mediante somministrazione degli ODN coniugati sintetizzati
Caratterizzazione termodinamica e spettroscopica di oligonucleotidi modificati di nuova generazione.
No full textIl progetto si propone di sintetizzare un gruppo di oligonucleotidi di nuova generazione in grado di formare strutture a doppia, tripla e quadrupla elica di DNA. Tali sistemi saranno caratterizzati attraverso metodi chimico-fisici sperimentali e computazionali. Lo studio delle strutture a più filamenti di DNA è di notevole importanza per le potenziali applicazioni in campo biomedico e farmacologico. La formazione di triple eliche può essere sfruttata sia nella terapia antigenica che in quella antisenso, mentre la formazione di quadruple eliche potrebbe rivestire un ruolo chiave nelle terapie antitumorali e antivirali. In particolare lo studio si concentrerà sui seguenti sistemi: - oligonucleotidi a doppia elica che rappresentino dei modelli di tratti specifici di DNA; - oligonucleotidi in grado di legarsi ad una doppia elica bersaglio per formare una struttura a tripla elica di DNA. Questi oligonucleotidi verranno modificati con residui saccaridici al fine di aumentarne la stabilità nell'ambiente cellulare e renderne possibile un eventuale utilizzo farmacologico; - oligonucleotidi contenenti tratti di PNA (DNA-PNA chimere) in grado di legarsi in maniera specifica ad una doppia elica bersaglio. Tali chimere, rispetto al DNA non modificato, hanno l'importante proprietà di attraversare la membrana cellulare e di resistere alle nucleasi; - oligonucleotidi, ricchi di guanine in grado di organizzarsi in strutture a quadrupla elica di DNA.Tali oligonucleotidi corrisponderanno a diversi troncamenti delle sequenze telomeriche eucariotiche. Sarà inoltre studiato l'effetto dell'introduzione di modifiche sulla stabilità delle strutture a quadrupla elica. In particolare saranno sintetizzati oligonucleotidi contenenti basi modificate con tratti di PNA e verranno delle strutture a "grappolo" legando quattro filamenti ad una giunzione tetrafunzionale
SINTESI E CARATTERIZZAZIONE CHIMICO-FISICA DI OLIGONUCLEOTIDI A DOPPIA E TRIPLA ELICA E DI LORO COMPLESSI CON LIGANDI DEL DNA
No full textSTABILITA' E PROPRIETA' CHIMICO-FISICHE IN SOLUZIONE DI TRIPLE ELICHE DI OLIGONUCLEOTIDI SINTETICI
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Hydrates of Natural Gases and Small Molecules: Structures, Properties, and Exploitation Perspectives
No full textStarting from the discovery, in the mid-1930s, that petroleum pipelines in the colder regions of the Northern hemisphere contained crusts of some crystals, and were often blocked by them, a short history of the development of research on the structures, properties, and possible exploitation of the class of inclusion compounds known as gas hydrates is given. The state of the assessment of the natural reservoirs and their perspectives for exploitation are presented, together with an analysis of the hypotheses on the origins of the hydrates. Finally, the phase diagrams are shown in relation to environmental problems arising from the instability of the hydrate fields due to global warming or geological activity
Quadruplex-forming oligonucleotides as tools in anticancer therapy and aptamers design: energetic aspects
No full textRecent investigations on the G-quadruplex motif propose a new strategy for the making of antitumour drugs. Quadruplex-drug complexes have been suggested to inhibit telomerase activity; further, aptamers based on the quadruplex motif have been proved useful as tools aimed at binding and inhibiting particular proteins, thus serving as pharmaceutically active agents. However, the design of new aptamers is difficult because many factors affecting their activity and stability have not still been clarified. The knowledge of the energetics of quadruplex formation is a crucial point in view of their potential therapeutic utilization both as targets as well as therapeutic agents. In this review the energetic aspects of both quadruplex assembly and quadruplex-ligand interactions are discussed together with a summary of recent studies on physico-chemical properties in solution of quadruplex structures obtained from synthetic aptamers, including PNA-DNA chimeras
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