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Elaine M. Alexander: 2023 Cook Prize Gold Medal Acceptance Speech
Author Elaine M. Alexander gives an acceptance speech for Anglerfish: The Seadevil of the Deep, illustrated by Fiona Fogg (Candlewick)https://educate.bankstreet.edu/cook/1007/thumbnail.jp
Sulfoacetate is degraded via a novel pathway involving sulfoacetyl-CoA and sulfoacetaldehyde in Cupriavidus necator H16
Bacterial degradation of sulfoacetate, a widespread natural product, proceeds via sulfoacetaldehyde and requires a consid-erable initial energy input. Whereas the fate of sulfoacetalde-hyde in Cupriavidus necator (Ralstonia eutropha) H16 is known, the pathway from sulfoacetate to sulfoacetaldehyde is not. The genome sequence of the organism enabled us to hypothesize that the inducible pathway, which initiates sau (§ul-fOl!cetate ytilization), involved a four-gene cluster (sauRSTU; H16_A2746 to H16_A2749). The sauR gene, divergentlyorien-tated to the other three genes, probably encodes the transcrip-tional regulator of the presumed sauSTU operon, which is sub-ject to inducible transcription. SauU was tentatively identified as a transporter of the major facilitator superfamily, and SauT was deduced to be a sulfoacetate-CoA ligase. SauT was a labile protein, but it could be separated and shown to generate AM
Xystodesmidae Cook 1895
Family Xystodesmidae Cook, 1895 <p> <b>Subfamily Xystodesminae Cook, 1895</b></p> <p> <b>Tribe Xystocheirini Hoffman, 1980</b></p> <p> Hoffman (1999) mistakenly attributed tribal authorship to Cook without a date, perhaps because he confused this name with Xystodesmidae /inae, which Cook (1895) did author, or because Cook (1904) subsequently authored the genus. However, the first usage of <i>Xystocheir</i> at the family-group level was by Hoffman (1980), as he then noted, and authorship is properly attributed to him.</p>Published as part of <i>Shelley, Rowland M., Smith, Jamie M. & Ross, Deren J., 2014, Variation and pigmentation in the milliped, Xystocheir brachymacris Shelley, 1996, from the northern Sierra Nevada foothills, California, USA (Polydesmida: Xystodesmidae: Xystocheirini), pp. 1-6 in Insecta Mundi 2014 (371)</i> on page 2, DOI: <a href="http://zenodo.org/record/5179327">10.5281/zenodo.5179327</a>
A review of the scholarship on Ebenezer Cook and a critical assessment of his works
Interest in Ebenezer Cook has increased steadily, if slowly, since Moses Coit Tyler wrote an enthusiastic critique of The Sot-weed Factor in A History of American Literature, 1607-1765 in 1878. Much of that interest, however, has been little more than curiosity about a minor poet who remains an elusive literary figure of early eighteenth-century Maryland; even today, in spite of several recent assessments of his major poem s, relatively little critical attention has been given to the works of this often robust and witty author who wrote what are apparently the first American Hudibrastic poem, the first American mock-heroic, and the first belletristic work composed and published in the colonies south of Pennsylvania. Neither has there ever been a complete edition of the Cook canon, which consists, as far as we know, of three major poems--The Sotweed Factor (1708, revised extensively in 1731), Sotweed Redivivus (1730), and The History of Colonel Nathaniel Bacon's Rebellion in Virginia (1731)--and four elegies addressed to prominent Maryland citizens of Cook's day. This dissertation provides a comprehensive study of Ebenezer Cook that include critical analyses of all his known poems and transcriptions of the current canon based on first editions or earliest-known copies and manuscripts as w ell as historical background and commentary (much of Cook's poetry contains observations on the political, social, and economic issues of contemporary Maryland), bibliographical data, and a survey of Cook scholarship
Conjugative plasmids and the degradation of arylsulfonates in Comamonas testosteroni
Comamonas testosteroni T-2 degrades p-toluenesulfonate (TSA) via p- sulfobenzoate (PSB) and protocatechuate and degrades toluenecarboxylate via terephthalate (TER) and protocatechuate. The appropriate genes are expressed in at least five regulatory units, some of which are also found in C. testosteroni PSB-4 (F. Junker, R. Kiewitz, and A. M. Cook, J. Bacteriol. 179:919-927, 1997). C. testosteroni T-2 was found to contain two plasmids, pTSA (85 kbp) and pT2T (50 kbp); a TSA- mutant (strain TER-1) contained only plasmid pT2T. C. testosteroni PSB-4, which does not degrade TSA, contained one plasmid, pPSB (85 kbp). The type strain contained no plasmids. Conjugation experiments showed that plasmid pTSA (possibly in conjunction with pT2T) was conjugative, and the single copy of the TSA operon (tsaMBCD) with its putative regulator gene (tsaR) in strain T-2 was found on plasmid pTSA, which also carried the PSB genes (psbAC) and presumably transport for both substrates. Plasmid pTSA was assigned to the IncP1 beta group and was found to carry two copies of insertion element IS1071. Plasmid pPSB (of strain PSB-4), which could be maintained in strains with plasmid pTSA or pT2T, was also conjugative and was found to carry the PSB genes as well as to contain two copies of IS1071. In attempted conjugations with the type strain, no plasmid was recovered, but the PSB+ transconjugant carried two copies of IS1071 in the chromosome. We presume the PSB genes to be located in a composite transposon. The genes encoding the putative TER operon and degradation of protocatechuate, with the meta cleavage pathway, were attributed a chromosomal location in strains T-2 and PSB- 4.publishe
Determination of Phosphorus-Containing Compounds by Spectrophotometry
No single method has been applicable for the determination of total phosphorus in the large spectrum of naturally-occurring and synthetic phosphorus-containing compounds, especially for those of extreme stability; e.g., ionic 0,O-dialkyl phosphates and 0-alkyl alkylphosphonates; the available phosphorus assay procedures determine only certain classes of phosphorus compounds. Phosphate esters from cells and tissues have been assayed routinely for total phosphorus after acid hydrolysis (e.g., 1). Nonesterified alkylphosphonates have been determined after alkaline persulfate oxidation (2); however, 0-alkyl alkylphosphonates are not hydrolyzed quantitatively (3), and the detection limit and the sensitivity in these determinations are poor (30-1600 nmol/assay). We have found (Cook and Daughton, unpublished data) that dry ashing with 5 M HNO3 (4) results in incomplete and erratic recovery of dihydrogen 2-aminoethylphosphonate as orthophosphate. Subsequently, we found that a published method for wet ashing of aminoalkylphosphonates (5) could be extended and modified to give a simple, safe, general procedure for nongaseous phosphorus compounds in the 1-50 nmol range: this new procedure is described here. The orthophosphate resulting from the ashing was assayed by the highly sensitive method of Bartlett ( I ).publishe
Characterization of the p-toluenesulfonate operon tsaMBCD and tsaR in Comamonas testosteroni T-2
Comamonas testosteroni T-2 uses a standard, if seldom examined, attack on an aromatic compound and oxygenates the side chain of p- toluenesulfonate (TS) (or p-toluenecarboxylate) to p-sulfobenzoate (or terephthalate) prior to complete oxidation. The expression of the first three catabolic enzymes in the pathway, the TS methyl-monooxygenase system (comprising reductase B and oxygenase M; TsaMB), p-sulfobenzyl alcohol dehydrogenase (TsaC), and p-sulfobenzaldehyde dehydrogenase (TsaD), is coregulated as regulatory unit R1 (H. R. Schlafli Oppenberg, G. Chen, T. Leisinger, and A. M. Cook, Microbiology [Reading] 141:1891- 1899, 1995). The components of the oxygenase system were repurified, and the N-terminal amino acid sequences were confirmed and extended. An internal sequence of TsaM was obtained, and the identity of the [2Fe- 2S] Rieske center was confirmed by electron paramagnetic resonance spectroscopy. We purified both dehydrogenases (TsaC and TsaD) and determined their molecular weights and N-terminal amino acid sequences. Oligonucleotides derived from the partial sequences of TsaM were used to identify cloned DNA from strain T-2, and about 6 kb of contiguous cloned DNA was sequenced. Regulatory unit R1 was presumed to represent a four-gene operon (tsaMBCD) which was regulated by the LysR-type regulator, TsaR, encoded by a deduced one-gene transcriptional unit. The genes for the inducible TS transport system were not at this locus. The oxygenase system was confirmed to be a class IA mononuclear iron oxygenase, and class IA can now be seen to have two evolutionary groups, the monooxygenases and the dioxygenases, though the divergence is limited to the oxygenase components. The alcohol dehydrogenase TsaC was confirmed to belong to the short-chain, zinc-independent dehydrogenases, and the aldehyde dehydrogenase TsaD was found to resemble several other aldehyde dehydrogenases. The operon and its putative regulator are compared with units of the TOL plasmid.publishe
Cantona: un bosquejo de su desarrollo cultural. Arqueología. Num. 57 (2019) (Segunda época) abril
El texto deriva de las investigaciones realizadas durante más de veinte años en el sitio arqueológico de Cantona, Puebla. Hace un repaso de las intervenciones previas al Proyecto Especial Cantona y de sus resultados. Describe la ubicación geográfica y el medio que rodea el sitio; las características del asentamiento, las tres unidades de exploración, las unidades habitacionales, vías de circulación, plazas cívico-religiosas, sistemas defensivos, juegos de pelota, sistemas constructivos, depósitos y sistemas de almacenamiento; la economía, basada en la obsidiana, y los “talleres estatales” de producción lítica; la organización sociopolítica durante el periodo de ocupación, así como la interacción de la ciudad con otras regiones. Se exponen además los resultados del Proyecto Norte de la Cuenca de Oriental, en el que se han registrado los asentamientos humanos y se ha propuesto una cronología regional paralela a la secuencia presentada para Cantona. Por último, se incluye un recuento del área explorada y habilitada para el turismo.The text, based on research conducted for more than twenty years at the archaeological site of Cantona, Puebla, offers an overview of its cultural development. It reviews work and results from the mid-19th century to the 1980s, prior to the Cantona Special Project, and describes its geographical location and the surrounding environment; the settlement, its three exploration sectors, housing units, traffic routes, civic-religious plazas, defensive systems, ballcourts, construction systems, tanks and storage systems; the obsidian-based economy and “state workshops” for lithic production; the sociopolitical organization during the city’s occupation, as well as the city’s interaction with other regions. It also details the results of the North of the Eastern Puebla Basin Project, which has recorded more than 300 human settlements and devised a regional chronology parallel to the sequence proposed for Cantona. Finally, it includes an account of the area explored and equipped for tourism.Ferriz, Horacio 1984 Los Humeros Volcanic Center, Puebla, Mexico: Geology, Petrology, Geothermal System, andGeo-Archeeology. Tesis doctoral, Stanford University, Stanford, California.Ferriz, Horacio 1985 Caltonac, a prehispanic obsidian-mining center in eastern Mexico?: A preliminary report. Journal of Field Archaeology, 12: 363-370.García Cook, Ángel 1973 Algunos descubrimientos en Tlalancaleca, estado de Puebla. Comunicaciones (9). México, Fundación Alemana para la Investigación Científica.García Cook, Ángel 1992 Proyecto Arqueológico Cantona, Puebla, México. Archivo Técnico de la Dirección de Arqueología-INAH. México.García Cook, Ángel 2003 Cantona: la ciudad. En W. T. Sanders, A. G. Mastache y R. 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Co-culture of defined bacteria to degrade seven sulfonated aromatic compounds : efficiency, rates and phenotypic variations
A co-culture, consisting of five defined bacteria [e.g., T. Thurnheer, T. Köhler, A. M. Cook, and T. Leisinger: J Gen Microbiol 132:1215 1220], was able to degrade at least seven substituted benzenesulfonic acids in continuous culture. HPLC, total organic carbon analyses and colourimetric analyses showed that the sulfonated compounds could be completely degraded to biomass, SO 4 2-, NH 4 + and CO2. The maximum observed degradation rate was 138 mg of C/h·1. The five organisms were Alcaligenes sp. strain 0 1 (substrates benzenesulfonic acid, 4-methylbenzenesulfonic acid and 2-aminobenzenesulfonic acid), two Pseudomonas spp., strains T-2 (substrates 4-methylbenzenesulfonic acid and 4-sulfobenzoic acid) and PSB-4 (substrate 4-sulfobenzoic acid) and two unidentified rods, strains M-1 (substrates benzenesulfonic acid, 4-methylbenzenesulfonic acid and 3-aminobenzenesulfonic acid) and S-1 (substrates 4-aminobenzenesulfonic acid and 4-hydroxybenzenesulfonic acid). The system was operated for over 18 months with five sulfonates, and no competition was detected amongst the four organisms present, because all organisms were still present (100% of the population after 7 months, 55% after 18 months). Many bacteria isolated from the continuous culture after 18 months showed substrate ranges different from those of the original strains. The most common occurrence (33% of the population) was the appearance of organisms which could degrade 2-aminobenzenesulfonic acid and 4-sulfobenzoic acid. Several cases of the loss of a character were seen but only rarely (1%) was a net gain of characters observed. After 30 months, only two (of five) parents were present (35% of the population) and some isolates could utilize all seven substrates on solid media.publishe
Defoe's Foes:The Author as Character
The most famous fictional Defoe features in J. M. Coetzee’s Foe (1986), in which he conjures Robinson Crusoe out of a memoir by a “true” castaway. Harrumphing across the country alongside the modern-day narrator of Stuart Campbell’s Daniel Defoe’s Railway Journey (2017), a surreal iteration quite literally leaps out of the pages of a Penguin Classics edition of his real-life counterpart’s travel writing. Setting aside a long tradition of neo-Georgian novels in which Defoe cameos as a seventeenth-century spy, a Defoe-as-character only for all intents and purposes, this chapter attends to two complex cases in the genre of author fictions: Coetzee’s Foe and Campbell’s Defoe
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