86 research outputs found
DAYA HAMBAT FITOTOKSIN BAKTERI PATOGEN PADA GULMA WEWEHAN
No full textWewehan (Monochoria vaginalis Burm.F. Presi) merupakan salah satu gulma penting yang tumbuh di pertanaman padi. Keberadaan gulma
ini sangat merugikan karena dapat menurunkan hasil produksi padi. Pengendalian yang sering digunakan oleh para petani yaitu
menggunakan herbisida kimia yang memiliki dampak negatif. Pengendalian alternatif yang sering digunakan yaitu sacara hayati karena
dianggap aman, praktis, menguntungkan bagi lingkungan karena menggunakan patogen tanaman seperti bakteri, jamur, atau
mikroorganisme lainnya. Mikroorganisme yang sering digunakan sebagai agensia hayati yaitu dari golongan jamur. Mikroorganisme seperti
bakteri juga berpotensi sebagai agensia hayati dan berperan sebagai bioherbisida karena menghasilkan senyawa yang mematikan bagi
tanaman inangnya seperti senyawa fitotoksin. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi dari bakteri patogen yang dapat
dimanfaatkan sebagai bioherbisida untuk mengandalikan pertumbuhan gulma M. vaginalis. Penelitian dilakukan dengan mengeksplorasi
bakteri yang berasosiasi dengan gulma M. vaginalis. Penelitian ini dilakukan dengan mengisolasi gulma yang bergejala nekrosis kemudian
isolat yang diperoleh diuji patogenisitas, virulensi dan fitotoksisitasnya. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa dua isolat bakteri yang
diperoleh dari isolasi tidak menunjukkan penghambatan terhadap pertumbuhan gulma M. vaginalis, tetapi justru semakin meningkatkan
pertumbuhan gulma. Kedua isolat bakteri ini lebih berpotensi sebagai stimulant yang dapat memacu pertumbuhan gulma, dari pada sebagai
bioherbisida yang menghambat pertumbuhan gulma M. vaginalis
KARAKTERISASI Ralstonia solanacearum PADA TANAMAN PISANG
No full textPenyakit layu bakteri (blood disease bacterium) yang disebabkan oleh Ralstonia solanacearum merupakan salah satu penyakit penting
pada tanaman pisang di Indonesia, khususnya di Kabupaten Lumajang. Patogen ini memiliki variabilitas genetik yang luas dan
kemampuannya untuk beradaptasi dengan lingkungan setempat. Salah satu teknik identifikasi patogen R. solanacearum yang telah
dikembangkan yaitu teknik Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Karakterisasi R. solanacearum pada tanaman pisang di
Kabupaten Lumajang dengan menggunakan teknik RAPD dilakukan dengan menggunakan 3 Oligonukleotida (Primer). Amplifikasi
dilakukan pada 35 siklus dengan kondisi Denaturasi pada suhu 94°C selama 20 detik, Anealing pada suhu 30°C selama 45 detik dan
Elongasi pada suhu 72°C selama 1 menit. Pada akhir reaksi, dilakukan Elongasi akhir suhu 72°C selama 3 menit. Setelah terlihat amplifikasi
DNA, dilakukan perhitungan untuk mengetahui matriks dengan metode Jaccard. Pola marka molekuler bakteri R. solanacearum di
Kabupaten Lumajang bersifat polimorfisme dengan persentase 71%, dan dendogram menunjukkan, terdapat 4 grup berbeda pada isolat R.
solanacearum di Kabupaten Lumajang
KARAKTERISASI ISOLAT Xanthomonas oryzae pv. oryzae YANG MENYERANG TANAMAN
No full textUpaya peningkatan produksi padi nasional dihadapkan pada berbagai permasalahan salah satunya adanya penyakit penting pada tanaman padi yaitu hawar
daun bakteri. Hawar daun bakteri disebabkan oleh bakteri Xanthomonas oryzae pv. oryzae yang memiliki kemampuan tinggi dalam membentuk strain baru di
lapang. Seiring dengan perkembangan teknologi dalam bidang mikrobiologi, berbagai teknik identifikasi dan deteksi telah dikembangkan mengenai analisis
genetik dan identifikasi molekular isolat X. oryzae pv. oryzae melalui teknik Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Sampel diambil dari 5
kecamatan dengan 5 varietas yang berbeda, yaitu Rambipuji dengan varietas Wayapuburu, Arjasa dengan varietas Situbagendit, Tempurejo dengan varietas
pandanwangi, Tanggul dengan varietas Ciherang dan Puger dengan varietas Cibogo. Metode pertama yaitu penghitungan intensitas serangan pada masingmasing
sampel, kemudian bakteri diisolasi dari daun yang bergejala hawar daun bakteri dan ditumbuhkan pada media Yeast Dextrose Agar. Setelah itu
dilakukan pengujian bakteri dengan KOH 3% dan uji hdrolisis pati, kemudian dianalisis menggunakan teknik RAPD untuk mengetahui keragaman genetik
masing- masing isolat. Hasil pengamatan intensitas serangan pada masing-masing sampel menunjukkan bahwa besarnya intensitas serangan dipengaruhi oleh
beberapa faktor diantaranya lokasi pengambilan sampel, tingkat ketahanan suatu varietas padi dan usia tanaman padi. Masing- masing isolat menunjukkan ciri
koloni berwarna kuning, bulat, cembung dan berlendir, uji Gram negatif, serta tidak menghidrolisis pati. Hasil analisis menggunakan RAPD menunjukkan
kelima isolat merupakan isolat yang berbeda secara genetik, dilanjut dengan penghitungan menggunakan Metode Jaccard dan pembuatan Phenogram
similarity yang menunjukkan kelima isolat terbagi menjadi 3 kelompok yang berbeda secara genetik, Kelompok A yaitu isolat dari Rambipuji dan tempurejo,
Kelompok B yaitu Arjasa dan Puger, serta Kelompok C yaitu Tanggul
PEMETAAN KEBERADAAN CENDAWAN PATOGEN TULAR TANAH Rhizoctonia solani
No full textCendawan patogen tular tanah merupakan salah satu jenis patogen yang menginfeksi tanaman tembakau dan dapat menurunkan produktivitas tanaman
tembakau. Beberapa cendawan patogen tular tanah seperti cendawan Rhizoctonia solani dapat menyerang yang menyebabkan penyakit (damping off) pada
tanaman tembakau. Selain itu cendawan Phytophthora nicotianae juga merupakan salah satu patogen penting yang dapat menyebabkan penyakit lanas pada
tanaman tembakau. Berdasarkan adanya gangguan yang disebabkan oleh cendawan patogen tular tanah tersebut, maka diperlukan suatu deteksi dini untuk
mengetahui keberadaan cendawan patogen tular tanah tersebut pada suatu lahan di suatu daerah. Deteksi dini dapat dilakukan dengan menggunakan pendekatan
secara molekuler dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) sebagai suatu metode cepat untuk mendeteksi keberadaan cendawan patogen tular tanah.
Delapan belas sampel tanah yang diujikan diketahui mempunyai tingkat infestasi dan variasi yang berbeda-beda. Tingkat infestasi tertinggi terdapat pada tiga
daerah di Kabupaten Probolinggo, sedangakan pada tingkat variasi rata-rata setiap daerah mempunyai tingkat variasi cendawan yang sama. Proses amplifikasi
DNA dengan PCR yang dilakukan untuk cendawan R. solani diketahui pita DNA teramplifikasi pada lane daerah Tanjung rejo, Tutul, Selomukti dan
Maskuning wetan. Sedangkan untuk cendawan P. nicotianae pita DNA teramplifikasi pada lane daerah Kabat dan Sumber anyar
KARAKTERISASI Ralstonia solanacearum PADA TANAMAN PISANG DI KABUPATEN LUMAJANG MENGGUNAKAN TEKNIK Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)
No full textPenyakit layu bakteri (blood disease bacterium) yang disebabkan oleh Ralstonia solanacearum merupakan salah satu penyakit penting pada tanaman pisang di Indonesia, khususnya di Kabupaten Lumajang. Patogen ini memiliki variabilitas genetik yang luas dan kemampuannya untuk beradaptasi dengan lingkungan setempat, sehingga di alam dijumpai berbagai strain R. solanacearum. Munculnya strain baru memerlukan teknik diagnosis yang erat kaitannya dengan deteksi dan identifikasi. Seiring dengan perkembangan teknologi dalam bidang mikrobiologi, salah satu teknik identifikasi patogen R. solanacearum yang telah dikembangkan yaitu teknik Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD).
Karakterisasi R. solanacearum pada tanaman pisang di Kabupaten Lumajang menggunakan teknik RAPD dilakukan dengan menggunakan 3 Oligonukleotida (Primer). Amplifikasi dilakukan pada kondisi 2 menit Pre-Denaturasi pada suhu 94⁰C, dan dilanjutkan dengan 35 siklus Denaturasi pada suhu 94⁰C selama 20 detik, Anealing pada suhu 30⁰C selama 45 detik dan Elongasi pada suhu 72⁰C selama 1 menit. Pada akhir reaksi, dilakukan Elongasi akhir pada suhu 72⁰C selama 3 menit. Setelah terlihat amplifikasi DNA dengan munculnya keragaman pita (band) pada gel agarose 1,5%, dilakukan perhitungan untuk mengetahui matriks dengan metode Jaccard
Pola marka molekuler bakteri R. solanacearum di Kabupaten Lumajang bersifat polimorfisme dengan persentase 71%. Berdasarkan hasil RAPD, terdapat 4 kelompok grup berbeda pada isolat bakteri R. solanacearum di Kabupaten Lumajang. Karakteririsasi R. solanacearum menggunakan teknik RAPD, masih perlu adanya faktor pendukung lain seperti uji ras dan biovar untuk dapat mengkarakterisasi sampai tahap strain
PEMETAAN KEBERADAAN CENDAWAN PATOGEN TULAR TANAH Rhizoctonia solani DAN Phytophthora nicotianae DI LAHAN TANAMAN TEMBAKAU PADA ENAM KABUPATEN DI JAWA TIMUR
No full textCendawan patogen tular tanah merupakan salah satu jenis patogen yang menginfeksi tanaman tembakau dan dapat menurunkan produktivitas tanaman tembakau. Beberapa cendawan patogen tular tanah seperti cendawan Rhizoctonia solani dapat menyerang yang menyebabkan penyakit (damping off) pada tanaman tembakau. Selain itu cendawan Phytophthora nicotianae juga merupakan salah satu patogen penting yang dapat menyebabkan penyakit lanas pada tanaman tembakau. Berdasarkan adanya gangguan yang disebabkan oleh cendawan patogen tular tanah tersebut, maka diperlukan suatu deteksi dini untuk mengetahui keberadaan cendawan patogen tular tanah tersebut pada suatu lahan di suatu daerah. Deteksi dini dapat dilakukan dengan menggunakan pendekatan secara molekuler dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) sebagai suatu metode cepat untuk mendeteksi keberadaan cendawan patogen tular tanah.
Isolasi cendawan tanah dilakukan untuk mengetahui tingkat infestasi dan keberagaman cendawan pada suatu lahan di suatu daerah. Selanjutnya dilakukan metode PCR dengan mengamplifikasi DNA cendawan target menggunakan pasangan primer RhizITS1-F dengan sekuensi CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA dan RhizITS4 dengan sekuensi TCCTCCGCTTATTGATATGC untuk cendawan R. solani. Sedangkan untuk cendawan P. nicotianae menggunakan pasangan primer PhyniCF1 dengan Sekuensi CCTATCAAAAACAAGGCGAACG dan PhyniCR1 dengan sekuensi TGGCATACTTCCAGGACTAACC. Perhitungan Indeks Potensi Penyakit (IPP) dilakukan untuk mengetahui tingkat potensi cendawan dapat menimbulkan gejala serangan pada tanaman.
Delapan belas sampel tanah yang diujikan diketahui mempunyai tingkat infestasi dan variasi yang berbeda-beda. Tingkat infestasi tertinggi terdapat pada tiga daerah di Kabupaten Probolinggo, sedangakan pada tingkat variasi rata-rata setiap daerah mempunyai tingkat variasi cendawan yang sama. Proses amplifikasi DNA dengan PCR yang dilakukan untuk cendawan R. solani diketahui pita DNA teramplifikasi pada lane daerah Tanjung rejo, Tutul, Selomukti dan Maskuning wetan. Sedangkan untuk cendawan P. nicotianae pita DNA teramplifikasi pada lane daerah Kabat dan Sumber anyar
EFEKTIVITAS DOSIS FORMULASI BAKTERI Pseudomonas diminuta (Leifson dan Hugh) DAN Bacillus mycoides (Flugge) DALAM MENGENDALIKAN NEMATODA SISTA KENTANG (Globodera rostochiensis (Woll.)) PADA TANAMAN KENTANG (Solanum tuberosum (L.))
No full textHasil yang diperoleh setelah penelitian menunjukkan bahwa aplikasi formulasi bakteri dengan perbedaan bakteri tidak berbeda nyata terhadap seluruh parameter, kemudian untuk dosis formulasi bakteri yang diberikan menghasilkan perbedaan sangat nyata pada parameter berat umbi kentang, total jumlah NSK dalam 1 gram akar dan jumlah sista dalam 100 gram tanah. P. diminuta dan B. mycoides yang berada dalam formulasi tersebut mampu menekan populasi NSK dikarenakan bakteri menghasilkan enzim kitinase yang diketahui mampu mendegradasi lapisan tengah telur dari nematoda. Populasi NSK mampu dikendalikan diketahui dengan jumlah NSK pada akar tanaman dengan perlakuan formulasi bakteri lebih sedikit dibandingkan dengan tanaman tanpa perlakuan (kontrol). Kemudian jumlah sista dari G. rostochiensis jumlahnya berkurang dari jumlah sista awal sebelum tanam. Apabila NSK dapat dikendalikan maka tanaman dapat membentuk umbi dengan optimal. Pada tanaman dengan perlakuan formulasi bakteri memiliki berat umbi yang lebih berat dibandingkan umbi kentang pada tanaman kontrol. Selain itu ukuran umbi dari tanaman dengan perlakuan formulasi bakteri lebih besar dibandingkan dengan tanaman kontrol. Bakteri PGPR dalam formulasi tersebut lebih berperan sebagai bioprotektan terhadap NSK sehingga tidak mempengaruhi tinggi tanaman dan panjang akar. Setelah dilakukan analisis diperoleh bahwa dosis formulasi yang paling optimum dalam meningkatkan berat umbi, menekan populasi NSK G. rostochiensis yaitu rata-rata pada dosis 30 gram
Potensi Bakteriofag untuk Mengendalikan Penyakit Layu Bakteri (Ralstonia solanacearum) pada Tanaman Tembakau (Nicotiana tabacum)
No full textTanaman Tembakau merupakan salah satu komoditas perkebunan yang
cukup penting serta banyak dibudidayakan di Kabupaten Jember, akan tetapi dalam
produksi tembakau masih mengalami penurunan. Salah satu hal yang menyebabkan
terjadinya penurunan produksi adalah adanya patogen yang menganggu proses
budidayanya. Berdasarkan hasil peninjauan lapang, banyak ditemukan tanaman
tembakau yang mengalami gejala layu. Salah satu patogen penting yang
menyebabkan tembakau terserang penyakit layu yaitu bakteri Ralstonia
solanacearum. R. solanacearum mampu menyebabkan kematian tembakau hingga
lebih dari 50%.
Bakteri FTb4 berhasil diisolasi dari lahan pertanaman tembakau di Patrang,
Kabupaten Jember dan tergolong bakteri Gram negatif. Bakteri FTb4 bersifat
patogenik dan mampu menimbulkan gejala layu pada tanaman tembakau. Hasil
amplifikasi FTb4 dengan primer phcA mengasilkan pita DNA berukuran 1228 bp
dan primer phylotype berukuran 144 bp dan terklarifikasi sebagai Ralstonia
solanacearum.
Bakteriofag merupakan agen hayati dari R. solanacearum, dalam hal ini
bakteriofag RsoX1IDN berhasil diisolasi dari lahan tembakau di Patrang,
Kabupaten Jember dan mampu mengendalikan bakteri FTb4. Hasil uji in vitro
bakteri FTb4 yang diinfeksi oleh bakteriofag RsoX1IDN menunjukan hasil berbeda
nyata dengan perlakuan tanpa infeksi Bakteriofag RsoX1IDN, sedangkan pada
perlakuan moi menunjukkan hasil yang tidak berbeda nyata antar moi 1, moi 0.1,
dan moi 0.01. Bakteriofag RsoX1DIN juga mampu menekan keparahan penyakit
layu bakteri pada tanaman tembakau dengan konsentrasi terendah yaitu moi 0.01
Uji Efektivitas Pseudomonas Pendar-Fluor dalam Mengendalikan Pustul Bakteri (Xanthomonas axonopodis pv. glycines) pada Tanaman Kedelai (Glycine max L.)
No full textKedelai (Glycine max L.) merupakan tanaman pangan jenis polong –
polongan. Peranan kedelai sangat penting selain digunakan sebagai bahan pangan,
tanaman kedelai dapat digunakan sebagai pupuk hijau dan pakan ternak.
Produktivitas (ton) kedelai di Indonesia khususnya di Jember, Jawa Timur dari 4
tahun terakhir yaitu tahun 2015 hingga 2017 mengalami penurunan. Faktor yang
mempengaruhi adanya penurunan tersebut yaitu organisme pengganggu tanaman.
Serangan OPT pada tanaman kedelai yaitu pustul bakteri yang disebabkan oleh
bakteri Xanthomonas axonopodis pv. glycines. Pengendalian penyakit pustul
bakteri dapat dilakukan dengan penggunaan agen hayati dengan memanfaatkan
bakteri Plant Growth Promoting Rhizobacteria (PGPR) (Pseudomonas pendarfluor). Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui efektivitas dari beberapa
konsentrasi agen hayati dalam mengendalikan penyakit pustul bakteri. Rancangan
percobaan yang dilakukan menggunakan rancangan acak lengkap non faktorial
dengan 5 perlakuan dan 4 ulangan, untuk perlakuan yang digunakan yaitu
pengaplikasian beberapa konsentrasi (106
cfu/ml, 107
cfu/ml, 108
cfu/ml dan 109
cfu/ml) dan kontrol (tanpa Pseudomonas pendar-fluor).
Hasil isolasi dari daun tanaman kedelai yang dilakukan merupakan bakteri
X. axonopodis pv. glycines yang menghasilkan reaksi positif pada uji gram,
bersifat patogenik dan memiliki virulensi tinggi yang dapat menyebabkan daun
berubah menjadi nekrotik. Bakteri PGPR yang diperoleh isolasi dari akar rumput
gajah merupakan bakteri Pseudomonas pendar-fluor karena memiliki pigmen
pendar yang dapat dilihat di bawah sinar UV. Bakteri Pseudomonas pendar-fluor
termasuk bakteri gram negatif dan sifatnya bukan tergolong patogen. Pengujian
secara in vitro bakteri Pseudomonas pendar-fluor dengan menggunakan 3 media
YDA, King’s B dan NA mampu menghambat perkembangan bakteri X.
axonopodis pv. glycines dengan menghasilkan diameter zona hambat berupa zona
bening yang berbeda-beda dengan rentang diameter 0,81 hingga 1,15 mm dan
pada uji in vitro ini mampu menekan perkembangan patogen dengan
menghasilkan siderofor dan antibiotik serta bersifat bakteriostatik.
Hasil pengujian secara in vivo menunjukkan bahwa interaksi bakteri
Pseudomonas pendar-fluor terhadap bakteri X. axonopodis pv. glycines
berpengaruh nyata terhadap keparahan penyakit. Presentase keparahan penyakit
tertinggi pada 28 hsi (hari setelah inokulasi) yaitu pada kontrol 40,37%,
sedangkan keparahan penyakit paling rendah pada konsentrasi 109
cfu/ml sebesar
22,59% dengan nilai efektivitasnya yaitu 39,81%. Pada nilai insidensi penyakit
dan laju infeksi tidak berbeda nyata antar perlakuan dengan nilai terendah pada
insidensi penyakit konsentrasi 109
cfu/ml yaitu 40,12% dan pada nilai laju infeksi
konsentrasi 107
cfu/ml dan 109
cfu/ml yaitu 0,770 unit/hari, sehingga untuk
konsentrasi minimal 107
cfu/ml sudah mampu mengendalikan penyakit pustul
bakteri
IDENTIFIKASI NEMATODA PARASIT TANAMAN PADA TEMBAKAU (Nicotiana tabacum L.) BERBASIS MOLEKULER DI DAERAH LUMAJANG, PROBOLINGGO, DAN SE-KARESIDENAN BESUKI
No full textTembakau merupakan komoditas penting yang banyak dibudidayakan di Kabupaten Lumajang, Probolinggo, Jember, Bondowoso, Situbondo, dan Banyuwangi. Dan menjadi salah satu komoditas ekspor yang sangat penting bagi indonesia. Sehingga perlu dijaga kualitas dan kuantitasnya agar produksi tembakau tetap konstan atau bahkan dapat meningkat. Namun untuk mencapai tujuan tersebut terdapat kendala-kendala yang harus ditangani salah satunya yaitu adanya serangan nematoda terhadap pertanaman tembakau dari spesies Meloidogyne spp., Pratylenchus spp. dan Longidorus spp. dimana serangan nematoda ini dapat menyebabkan kerusakan seperti tanaman menjadi kerdil, menguning dan lain sebagainya yang dapat menyebabkan penurunan hasil produksi atau bahkan dapat menyebabkan kegagalan panen. Sampel diambil dari 6 Kabupaten yaitu Lumajang, Probolinggo, Jember, Bondowoso, Situbondo dan Banyuwangi. Terdapat beberapa metode yang dilakukan yaitu ekstraksi dan perhitungan nematoda dari dalam tanah dan akar tanaman pada masing-masing sampel, serta identifikasi morfologi pada nematoda yang ditemukan yang diambil secara acak pada sampel yang digunakan, ekstraksi dan pengujian kualitas DNA dengan metode elektroforesis menggunakan spektrofotometer UV, kemudian dianalisis menggunakan teknik PCR untuk mengetahui keberadaan spesies nematoda patogenik terutama dari golongan spesies Meloidogyne spp. Pratylenchus spp. dan Longidorus spp. yang menyerang pertanaman tembakau. Hasil penelitian menunjukkan bahwa berdasarkan identifikasi morfologi nematoda patogenik dapat ditemukan di Kabupaten Banyuwangi dan Probolinggo dengan ciri stilet, bentuk tubuh, mulut dan ekor yang berbeda untuk setiap spesies nematoda yang ditemukan. Namun spesies Meloidogyne spp. Pratylenchus spp. dan Longidorus spp. tidak dapat terdeteksi menggunakan analisis PCR. Hal ini kemungkinan di pengaruhi oleh beberapa faktor sehingga terjadi kegagalan dalam amplifikasi fragmen DNA yang di gunakan
- …
