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Fusarium musae as cause of superficial and deep-seated human infections
No full textBLAST analysis in GenBank of 60 Fusarium verticillioides clinical isolates using the sequence of translation elongation factor 1-alpha allowed the identification of four F. musae confirming that this species is not a rare etiology of superficial and deep infections and that its habitat is not restricted to banana fruits
Resistenza agli azoli in isolati ambientali di Aspergillus fumigatus in Italia
No full textObiettivo. Scopo di questo studio è stato indagare la frequenza della resistenza ai triazoli in ceppi ambientali di A. fumigatus isolati in diverse regioni italiane e ricercare il meccanismo molecolare alla base della resistenza. Lo studio rappresenta l’ampliamento di un precedente studio che aveva riguardato solo due regioni, Lombardia e Liguria (Eurosurv. 2014; 19: 20747).
Metodi. Campioni di terra, trattati secondo il protocollo descritto dal gruppo di ricerca olandese di Nijmegen (Appl.Environ.Microbiol 2009; 75: 4053), sono stati seminati su differenti terreni, agar glucosato di Sabouraud (SDA), SDA+itraconazolo (4 mg/L) e SDA+voriconazolo (2 mg/L) e incubati a 37° e 42°C per 72 h. I ceppi di A. fumigatus cresciuti in presenza di azoli sono stati sottoposti a test di sensibilità in vitro ad itraconazolo, voriconazolo e posaconazolo, mediante metodica di microdiluizione in brodo secondo EUCAST. Per i ceppi risultati resistenti ad almeno un antifungino è stato eseguito il sequenziamento del gene Cyp51A al fine di indagare la mutazione alla base della resistenza.
Risultati. Tra il 2011 e il 2016 sono stati analizzati 205 campioni di terra provenienti da 86 siti da 12 regioni italiane (Lombardia, Liguria, Piemonte, Veneto, Friuli-Venezia Giulia, Toscana, Marche, Umbria, Abruzzo, Puglia, Calabria e Sicilia). Trentadue ceppi di A. fumigatus sono risultati resistenti ad almeno un azolo. I ceppi resistenti provenivano da diverse coltivazioni (trattate o ufficialmente non trattate con fungicidi azolici), nello specifico: coltivazioni di ortaggi (12), uliveti (6), meleti (3), aranceti (2) e altri frutteti (3), vigneti (2), compost di rose (2), campi di grano (1) e parchi cittadini (1). Il sequenziamento del gene Cyp51A ha confermato che la resistenza era associata alla mutazione TR34/L98H in 29 ceppi e alla mutazione G54E in un isolato proveniente da un vigneto della Valpolicella (VR). E’ tuttora in corso l’analisi molecolare di due ceppi isolati in Umbria.
Conclusioni. Lo sviluppo della resistenza in aree geografiche differenti dimostra che la resistenza ambientale associata principalmente alla mutazione TR34 / L98H è diffusa in tutto il nostro Paese
Four-year persistence of Candida albicans genotype causing bloodstream infections in a surgical ward proven by multi-locus sequence typing
No full textFour-year persistence of a single Candida albicans genotype causing bloodstream infections in a surgical ward proven by multilocus sequence typing
No full textThe present study represents the first application of multilocus sequence typing to retrospectively investigate a suspected outbreak of Candida albicans bloodstream infection cases that occurred in the same hospital ward between July 1987 and October 1991. Results demonstrated that eight bloodstream infections were caused by the same strain, endemic in the ward, over a 4-year period
Sensibilità in vitro agli antifungini di isolati clinici di Cryptococcus Neoformans
No full textObiettivi: determinare la sensibilità in vitro agli antifungini di isolati clinici di Cryptococcus neoformans raccolti tra il 2010 e il 2016 dal “FIMUA Cryptococcosis network” e calcolare i valori di cutoff epidemiologico (ECV).
Metodi. Centottantatre isolati di C. neoformans (77 di genotipo VNI, 1 VNII, 47 VNIV, 56 ibridi VNIII) sono stati sottoposti a saggi di sensibilità in vitro a fluconazolo (FLZ), itraconazolo (ITZ), voriconazolo (VRZ) e 5-fluorocitosina (5-FC) mediante la metodica della microdiluizione in brodo descritta da Zaragoza et al. (Antimicrob. Agents Chemother. 2011): terreno di crescita yeast nitrogen base (YNB) + glucosio (0,5%) portato a pH 7.0 con NaOH, inoculo finale di 104 CFU/ml, incubazione a 30°C ed in agitazione (14000 rpm) ogni 30 min. La 5-FC è stata saggiata in YNB + glucosio (2%), pH 5.6 (Viviani M.A., J. Chemother. 2003). La lettura è stata effettuata dopo 48 h mediante spettrofotometro a λ di 492 nm. E’ stata considerata l’inibizione del 50% della crescita rispetto al controllo (MIC 50). Sono stati calcolati la media geometrica (GM) e l’ECV, definito come la MIC (mg/L) che comprende almeno il 95% degli isolati (Pfaller M.A., Drug Resist Update 2010).
Risultati. I range di MIC, ECV e % di isolati con MIC≤ECV sono riportati in tabella.
Nei 3 genotipi sono stati osservati differenti pattern di sensibilità. Gli isolati VNIV hanno mostrato valori di MIC di tutti gli azoli inferiori rispetto agli altri genotipi: FLZ GM 1,45 vs 2,89 per VNIII e 2,5 per VNI, VRZ GM 0,03 vs 0,06 per VNIII e 0,05 per VNI, e ITZ GM 0,04 vs 0,09 per VNIII and 0,12 per VNI. I tre isolati con MIC>ECV per FLZ erano di genotipo VNIII, 2 di questi avevano anche MIC di VRZ superiore all’ECV. Un altro ceppo VNIII e due ceppi VNI avevano MIC>ECV per VRZ. Solamente un ceppo VNI aveva un valore di MIC una diluizione superiore rispetto all’ECV per ITZ. Tre isolati VNI e uno VNIV avevano MIC>ECV per 5-FC.
Conclusioni. I risultati di questo studio su isolati wild-type di C. neoformans confermano la bassa frequenza di resistenza agli antifungini. La conoscenza della distribuzione delle MIC degli isolati wild-type di C. neoformans e l’ECV sono utili per monitorare la resistenza e determinare i breakpoint clinici
Acquired echinocandin resistance in a Candida krusei blood isolate confirmed by mutations in the fks1 gene
No full textWe describe a case of bloodstream infection caused by a Candida krusei strain that developed echinocandin resistance during caspofungin therapy. Three mutations were found in the HS1 region of the fks1 gene, two of them have never been reported either in C. krusei nor in C. albicans
In vitro activity of conventional antifungal drugs and natural essences against the yeast-like alga Prototheca
No full textBACKGROUND: Two outbreaks of mastitis due to the yeast-like alga Prototheca zopfii recently occurred in dairy herds in Lombardia (Italy) involving 180 and 150 lactating cows, respectively. OBJECTIVES: To determine the in vitro susceptibility of Prototheca isolates to conventional antifungal agents and to essential oils. METHODS: Twenty P. zopfii isolated from milk during these outbreaks, six P. zopfii isolated from fresh water and two Prototheca sp. reference strains were submitted to antifungal susceptibility testing by broth microdilution assay following the CLSI guidelines for yeasts. RESULTS: The tested isolates were shown to be resistant to fluconazole and caspofungin. A wide range of voriconazole MICs was observed. In contrast, amphotericin B, itraconazole and posaconazole appeared active with MICs < or = 1 mg/L. Bergamot and tea tree oils seemed to exert an interesting activity against this yeast-like alga. CONCLUSIONS: Difficulties in treating animals with conventional drugs and the potent in vitro activity of essential oils demonstrated here raise the interest in further investigations on the therapeutic use of these non-conventional natural products
1985-2016 Geotrichum spp : nuova identificazione molecolare e studio della sensibilità in vitro
No full textLa tassonomia dei funghi filamentosi lievito-simili del genere Geotrichum ha subito negli anni numerose revisioni (Blastoschizomyces, Dipodascus ecc). Recentemente l’analisi di sequenze della regione ITS ha consentito di distinguere G. clavatum associato all’anamorfo Saprochaete clavata da G. capitatum associato a Magnusiomyces capitatus. Frequentemente le due specie vengono confuse a causa della loro somiglianza fenotipica e anche il ricorso alla biologia molecolare può essere fuorviante per la presenza di database limitati o non corretti (Desnos-Olivier 2014).
Le recenti segnalazioni in Lombardia di un numero crescente di fungemie da Geotrichum/Saprochaete/Magnusiomyces ci ha indotto ad analizzare i ceppi clinici di queste specie isolati dal 1985 al 2016 con l’obiettivo di una corretta identificazione mediante biologia molecolare e di saggiare la sensibilità in vitro agli antifungini.
Per l’identificazione molecolare il DNA genomico è stato amplificato e la regione ITS1-5.8S-ITS2 è stata sequenziata utilizzando i primers ITS1e ITS4. Le sequenze ottenute sono state confrontate con le sequenze presenti nel CBS database.
La sensibilità in vitro a 10 antifungini è stata saggiata mediante microbrododiluizione (metodica EUCAST, CLSI e YeastOne). Per saggiare l’attività di isavuconazolo è stato impiegato anche Etest.
Dei 41 ceppi, isolati ognuno da un singolo paziente, 25 sono stati identificati come M. capitatus, 15 come S. clavata e 1 come G. candidum.
Tra i 21 isolati da emocoltura è stata osservata una prevalenza di S. clavata (15 ceppi, isolati prevalentemente da pazienti ematologici e in un periodo successivo all’anno 2003) rispetto a M. capitatus (6 ceppi, isolati soprattutto da pazienti chirurgici e negli anni ’80-90). M. capitatus è risultato prevalente (19/20) tra gli isolati da altri materiali biologici, rappresentati in particolare da secrezioni respiratorie.
Le sensibilità in vitro hanno confermato la resistenza intrinseca di queste specie alle echinocandine, hanno evidenziato una buona sensibilità agli azoli itra, posa e vori. Per quanto riguarda isavuconazolo e flucitosina si evidenziano differenti pattern di sensibilità tra le due specie, S. clavata ha MIC di flucitosina inferiori e MIC di isavuconazolo superiori rispetto a M. capitatus.
Con sempre maggior frequenza sono segnalate le infezioni da Saprochaete/Magnusiomyces in particolare dall’Europa meridionale. Tuttavia risulta difficile confrontare l’eziologia data le difficoltà di identificazione.
Dall’analisi della nostra casistica emerge una differente distribuzione delle due specie (S. clavata e M. capitatus) nei differenti materiali biologici e un considerevole aumento negli anni più recenti della S. clavata da emocoltura in particolare da pazienti ematologici. La resistenza intrinseca di queste specie alle echinocandine, antifungini di sempre maggior impiego, potrebbe essere il motivo dell’emergenza di queste infezioni rare
Ambiente e Aspergillo
No full textAspergillus è fungo filamentoso, presente in diverse nicchie ecologiche in tutto il mondo, in particolare in materiali organici come suolo e vegetazione in decomposizione. Tra le oltre 300 specie di Aspergillus, A. fumigatus è la causa più comune di un ampio spettro di malattie umane (aspergillosi allergica, cronica o invasiva), la cui gravità dipende dal sistema immunitario dell'ospite.
Aspergillus è anche un importante agente patogeno per le piante, anche se il principale rischio per l’uomo riguarda la contaminazione di alimenti e mangimi da micotossine prodotte dai funghi stessi.
La resistenza azolica negli isolati ambientali e clinici di Aspergillus fumigatus è riconosciuta come un problema emergente in tutto il mondo. Lo sviluppo della resistenza può venire dall'ambiente a causa dell'uso massiccio di fungicidi azolici in agricoltura e il meccanismo di resistenza è principalmente correlato alle mutazioni del gene cyp51A. La resistenza di A. fumigatus nell'ambiente è stata documentata anche in Italia. Uno studio recente mostra un tasso di resistenza di A. fumigatus ad itraconazolo del 16,9%. Gli isolati resistenti provenivano da coltivazioni diverse, trattate o ufficialmente non trattate con fungicidi azolici.
Il rischio per i pazienti di acquisire ceppi multi-azolo-resistenti dall'ambiente potrebbe avere un grave impatto sulla gestione dell'infezione invasiva potenzialmente letale. Il tasso del 16,9% riscontrato in Italia richiede un adeguato monitoraggio della suscettibilità antimicotica degli isolati clinici
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