1,720,971 research outputs found
Throughput optimization of a multistage data visualisation pipeline
No full textRecent technological advances allowed vast increases of the size of datasets acquired by flow cytometry. With more cells and features captured, manual exploration and analysis of the data become challenging; multiple unsuper- vised methods were thus created to simplify the task. This thesis describes BlosSOM, a software that further improves the analysis possibilities by allow- ing interactive CUDA-accelerated supervision of the most common analysis approaches - dimensionality reduction, clustering, and annotation. The thesis overviews the features of BlosSOM implemented by the thesis author for the previous research project and details new developments, mainly a new dynamic workload balancing approach that allows BlosSOM to easily scale to very complex datasets while maintaining interactive framerate. To- gether with other improvements, BlosSOM is a production-ready software that offers all essential tools to analyze the flow cytometry data
Cottage reservation system
No full textiv Title: Cottage reservation system Author: Marian Dolník Department: Department of Distributed and Dependable Systems Supervisor: doc. RNDr. Jan Kofroň, Ph.D., Department of Distributed and Dependable Systems Abstract: Our master's thesis has twofold division, it consists of the thesis and the implementation of reservation system for cottages. The reservation system is a tool for an administration of rental objects. Amongst the basic functionality provided by the system for cottage owners, belongs creating, editing and removing cottages. Further functionality offers adding information about price exceptions on defined periods of time; bonuses or discounts for customers; feedback questions related to the quality of accommodation. In relation to final customers, system allows them to search for cottage objects in accordance to a selected set of accommodation conditions. Consequently, it allows them to create online reservations and payments. System functionality is ensured by a combination of three components, server, web and mobile applications. Server application covers the logic of the system. Web application allows user to access the functionality, which is defined primarily for the needs of providers of the accommodation. Mobile application is designed specifically for tenants. Written part of our..
Systém pro rezervaci chat
No full textiv Title: Cottage reservation system Author: Marian Dolník Department: Department of Distributed and Dependable Systems Supervisor: doc. RNDr. Jan Kofroň, Ph.D., Department of Distributed and Dependable Systems Abstract: Our master's thesis has twofold division, it consists of the thesis and the implementation of reservation system for cottages. The reservation system is a tool for an administration of rental objects. Amongst the basic functionality provided by the system for cottage owners, belongs creating, editing and removing cottages. Further functionality offers adding information about price exceptions on defined periods of time; bonuses or discounts for customers; feedback questions related to the quality of accommodation. In relation to final customers, system allows them to search for cottage objects in accordance to a selected set of accommodation conditions. Consequently, it allows them to create online reservations and payments. System functionality is ensured by a combination of three components, server, web and mobile applications. Server application covers the logic of the system. Web application allows user to access the functionality, which is defined primarily for the needs of providers of the accommodation. Mobile application is designed specifically for tenants. Written part of our...iii Názov práce: Systém pre rezerváciu chát Autor: Marián Dolník Katedra: Katedra distribuovaných a spolehlivých systémů Vedúci diplomovej práce: doc. RNDr. Jan Kofroň, Ph.D., Katedra distribuovaných a spolehlivých systémů Abstrakt: Diplomová práca pozostáva z dvoch častí, písomnej práce a implementácie rezervačného systému pre chatové objekty. Rezervačný systém je nástrojom pre správu chatových objektov na prenájom. Medzi základnú funkcionalitu, ktorú systém poskytuje vlastníkom chatových objektov patrí vytvorenie, editácia a odstraňovanie chatových objektov. Ďalšia funkcionalita zabezpečuje vytváranie informácií o cenových výnimkách na definované obdobia; bonusoch či zľavách pre zákazníkov; otázkach spätnej väzby ohľadom kvality ubytovania. Z pohľadu koncových zákazníkov systém umožňuje prehľadávať chatové objekty na základe vybraných podmienok a následne na nich vytvárať online rezervácie a platby. Funkcionalita systému je zaistená prostredníctvom troch častí, serverovej, webovej a mobilnej aplikácie. Serverová časť sa stará o celú logiku systému. Webová aplikácia sprístupňuje užívateľom funkcionalitu definovanú predovšetkým pre poskytovateľov ubytovania a mobilná aplikácia je navrhnutá výhradne pre koncových užívateľov. Písomná práca dokumentuje rôzne fázy vývoja rezervačného systému. Samostatná...Department of Distributed and Dependable SystemsKatedra distribuovaných a spolehlivých systémůFaculty of Mathematics and PhysicsMatematicko-fyzikální fakult
Optimalizace výkonu proudového zpracování dat pro vizualizaci
No full textRecent technological advances allowed vast increases of the size of datasets acquired by flow cytometry. With more cells and features captured, manual exploration and analysis of the data become challenging; multiple unsuper- vised methods were thus created to simplify the task. This thesis describes BlosSOM, a software that further improves the analysis possibilities by allow- ing interactive CUDA-accelerated supervision of the most common analysis approaches - dimensionality reduction, clustering, and annotation. The thesis overviews the features of BlosSOM implemented by the thesis author for the previous research project and details new developments, mainly a new dynamic workload balancing approach that allows BlosSOM to easily scale to very complex datasets while maintaining interactive framerate. To- gether with other improvements, BlosSOM is a production-ready software that offers all essential tools to analyze the flow cytometry data.Nedávný technologický pokrok umožnil výrazné zvětšení datasetů získa- ných pomocí průtokové cytometrie. Stále se zvětšující množství zachycených buněk a jejich vlastností zapříčinilo, že manuální analýza těchto dat je ob- tížná. Ke zjednodušení analýzy se běžně využívají metody strojového učení bez učitele. V této práci popisujeme software BlosSOM, který dále rozšiřuje možnosti analýzy dat (nejen) průtokové cytometrie. Mezi hlavní přednosti patří CUDA-akcelerovaný interaktivní přístup k nejběžnějším metodám pro analýzu dat - redukce dimenzionality, shlukování, a anotování. Tato práce obsahuje detailní popis softwaru BlosSOM a klade si za cíl blíže popsat nově vyvinuté části, zejména dynamické vyvažování pracovní zátěže. To umožňuje zpracovávat a analyzovat i velmi komplexní datasety, aniž by počet snímků za sekundu klesl pod interaktivní úroveň. BlosSOM je nyní možné využít i v produkčním prostředí, neboť nabízí všechny nezbytné nástroje pro analýzu dat z průtokové cytometrie.Katedra distribuovaných a spolehlivých systémůDepartment of Distributed and Dependable SystemsMatematicko-fyzikální fakultaFaculty of Mathematics and Physic
Interactive clustering approaches in single-cell cytometry
No full textFlow cytometry allows inexpensive monitoring of large and diverse cell populations using fluorescent markers, providing immense applications in studying biological properties of blood and tissues as well as diagnostics in the clinical setting. Recent methodological advances highlight automatic clustering as a tool of choice for data analysis, and many clustering algorithms were developed for various use cases. However, the applicability of such algorithms in biology and medicine remains challenging unless the tools expose user-friendly, interactive interfaces that are accessible to domain experts. The goal of the thesis is to review the available methods that allow such interaction and supervision of the clustering process by the user, specifically focusing on interfaces desirable in clinical settings that do not require the user to interact with programming environments. As the main practical result, the thesis should design a new tool that builds upon previously developed methodology (iDendro, gMHCA), allowing the application of the researched methodology on real datasets. By using proper data visualization techniques, the end user should be able to interact with the dataset in a way that is both intuitive and useful for producing biologically relevant results
Interaktivní klastrování v single-cell proteomice
No full textFlow cytometry allows inexpensive monitoring of large and diverse cell populations using fluorescent markers, providing immense applications in studying biological properties of blood and tissues as well as diagnostics in the clinical setting. Recent methodological advances highlight automatic clustering as a tool of choice for data analysis, and many clustering algo- rithms were developed for various use cases. However, the applicability of such algorithms in biology and medicine remains challenging unless the tools expose user-friendly, interactive interfaces that are accessible to domain ex- perts. The goal of the thesis is to review the available methods that allow such interaction and supervision of the clustering process by the user, specif- ically focusing on interfaces desirable in clinical setting that does not require the user to interact with programming environments. As the main practi- cal result, the thesis should design a new tool that builds upon previously developed methodology (iDendro, gMHCA), allowing the application of the researched methodology on real datasets. By using proper data visualization techniques, the end user should be able to interact with the dataset in a way that is both intuitive and useful for producing biologically relevant results.Průtoková cytometrie umožňuje monitorování velkých, různorodých bu- něčných populací za využití fluerescenčních markerů, díky čemuž je skvělý nástroj pro studium biologických vlastností krve a tkání a také v diagnos- tice v klinickém prostředí. Nedávné pokroky v metologii zdůrazňují auto- matické clusterování jako nástroj volby pro analýzu dat a bylo vytvořeno mnoho clusterovacích algoritmů vhodných pro řešení různých úloh. Bohužel aplikace takových algoritmů v biologii a medicíně zůstává výzvou, obzvláště pokud jednotlivé nástroje neposkytují uživatelsky přístupné interaktivní roz- hraní použitelné odborníky v oboru. Cílem této práce je zhodnotit současné možnosti vývoje interaktivního prostředi za užití programovacích prostředí. Hlavním cílem této práce je nadesignovat nový nástroj, který je postaven na předchozí metologii (iDendro, gMHCA), který umožní aplikaci zkoumané metologie na skutečných datasetech. Koncový uživatel by měl být schopen s daty komunikovat za použití vhodných vizualizačních technik způsobem který je snadný a intuitivní, aby získal biologicky relevantní výsledky.Katedra buněčné biologieDepartment of Cell BiologyFaculty of SciencePřírodovědecká fakult
Rekordér Webového Prohlížeče
No full textThe goal of this thesis is to develop an intuitive RPA tool in the form of a client- server web application. This tool can be used for recording web automation workflows and their subsequent execution, modification and management. Even though there are many similar tools available, it is difficult to find one that can support a variety of web automation use cases and that is simple enough to be used by untrained users. This thesis aims to build such a solution, a tool producing recordings in the easy to understand Web Automation Workflow format and leveraging from the Web Browser Robot library Interpreter. The result is a powerful GUI recorder providing numerous useful features. 1Cílem této práce je vyvinout intuitivní RPA nástroj ve formě webové aplikace klient- server. Tento nástroj lze použít pro záznam workflows automatizace webu a jejich následné spouštění, úpravy a správu. I přesto, že mnoho podobných nástrojů je k dispozici, je ob- tížné najít takový, který by podporoval různé případy použití a který by byl dostatečně jednoduchý na to, aby ho mohli využít i netrénovaní uživatelé. Tato práce si klade za cíl vytvořit takové řešení pomocí nahrávek ve snadno srozumitelném formátu Web Auto- mation Workflow a využitím Interpreter algoritmu z Web Automation Robot knihovny. Výsledkem je výkonný GUI nahrávač, který poskytuje řadu užitečných funkcí. 1Department of Theoretical Computer Science and Mathematical LogicKatedra teoretické informatiky a matematické logikyMatematicko-fyzikální fakultaFaculty of Mathematics and Physic
Map routing
No full textWeb route planning applications have become common tools for cyclists. Although there is a relatively large number of such applications, they do not give a user enough options to choose a route according to his or her own preferences. Therefore, the aim of this thesis is to find a way to use known routing algorithms to create more individualized routes. To maintain the demands on the speed of route search, it is advisable to use heuristic algorithms that preprocess a routing graph. Furthermore, it is necessary to preprocess the routing graph for each combination of preferences in order to quickly find an optimal route with respect to entered preferences. As a proof of concept, a web application was created that uses one of the suitable heuristic algorithms (Contraction Hierarchies) to find optimal routes. The application also provides an interactive map editor and map search. The evaluation of the application showed that the proposed concept is functional, i.e., it is possible to find the required route according to the specified preferences in an acceptable time frame.
Emergency services shift plan optimization
No full textFinding the optimal scheduling of rescue service teams and vehicles is a fundamen- tal problem for any emergency service. An emergency service, with optimal scheduling, should be able to successfully handle as many incidents as possible for the least cost within a given time period, for example, one day. This thesis discusses methods to suc- cessfully find such optimal scheduling. The found methods are applied and investigated on a specific case study, the Prague Emergency Service. The methods are then compared with each other and finally, it is evaluated which methods can find the best emergency service plan and are thus the most suitable for practical use
Hledání tras v mapě
No full textWebové aplikace pro plánování trasy se pro cyklisty již stávají běžným nástrojem. K dispozici je poměrně velké množství aplikací, které však nedávají uživateli dostatečnou možnost navolit si trasu dle vlastních preferencí. Cílem této práce je proto najít způsob, jak využít známé směrovací algoritmy pro tvorbu více individualizovaných tras. Pro za- chování nároků na rychlost hledání tras je vhodné použít heuristické algoritmy, které si směrovací graf předzpracovávají. Aby bylo možné dosáhnout rychlého nalezení optimální trasy vůči zadaným preferencím, je nutno směrovací graf předzpracovat pro každou kom- binaci preferencí. Pro potvrzení tohoto konceptu byla vytvořena webová aplikace, která pro nalezení optimálních tras využívá jeden z vhodných heuristických algoritmů (Con- traction Hierarchies). Aplikace také poskytuje interaktivní mapový editor a vyhledávání v mapě. Evaluace aplikace ukázala, že navržený koncept je funkční, tj. je možné nalézt požadovanou trasu dle specifikovaných preferencí v akceptovatelném čase. 1Web route planning applications have become common tools for cyclists. Although there is a relatively large number of such applications, they do not give a user enough options to choose a route according to his or her own preferences. Therefore, the aim of this thesis is to find a way to use known routing algorithms to create more individualized routes. To maintain the demands on the speed of route search, it is advisable to use heuristic algorithms that preprocess a routing graph. Furthermore, it is necessary to preprocess the routing graph for each combination of preferences in order to quickly find an optimal route with respect to entered preferences. As a proof of concept, a web application was created that uses one of the suitable heuristic algorithms (Contraction Hierarchies) to find optimal routes. The application also provides an interactive map editor and map search. The evaluation of the application showed that the proposed concept is functional, i.e., it is possible to find the required route according to the specified preferences in an acceptable time frame. 1Department of Software EngineeringKatedra softwarového inženýrstvíMatematicko-fyzikální fakultaFaculty of Mathematics and Physic
- …
